Telomeraz ile ilişkili bazı genlerdeki yüksek riskli zararlı SNP'lerin biyoinformatik yöntemlerle belirlenmesi
Identification of high-risk damaging SNPs in telomerase-related some genes by bioinformatics methods
- Tez No: 956332
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ORÇUN AVŞAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hitit Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Telomerler, genomik bütünlüğü korumak için kromozomal uçlarda koruma sağlar. Shelterin proteinleri ile kompleks halinde olan proksimal çift sarmallı ve distal tek sarmallı bölgeleri içerir ve yüksek düzeyde korunmuştur. Telomer bölge gen ekspresyonunda, yaşlanmada, tümör oluşumunda ve hücre çoğalmasında rol oynar. Telomerlerin kromozomların diğer kısımlarından farkı, telomerik DNA'nın hücre döngüsüne bağlı kaybı ve yeniden oluşturulmasıdır. Telomeraz, telomerik DNA dizilerini sentezleyen ve sınırsız çoğalma potansiyeli için moleküler temeli sağlayan bir RNA-bağımlı DNA polimeraz olup çoğu ökaryotta doğrusal kromozom uçlarının bakımı için gerekli olan temel ters transkriptazdır. Telomeraz, integral bir RNA alt birimi olan telomeraz RNA'sı (TER, hTR, TERC), katalitik bir protein alt birimi olan telomeraz ters transkriptaz (TERT) ve türlere özgü birkaç yardımcı protein içeren benzersiz bir hücresel ters transkriptazdır. Bu tez çalışmasında telomeraz enzimi ile ilişkili genler olan TERT, Diskerin Psödouridin Sentaz 1 (DKC1), Isı Şoku Proteini 90 Alfa Ailesi Sınıf A Üyesi 1 (HSP90AA1), Ribozomal Protein L22 (RPL22), Telomeraz Proteini Bileşeni 1 veya Telomeraz İlişkili Protein 1 (TEP1), Staufen1 (STAU1) genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu tez çalışması sonucunda ise telomeraz enzimi ile ilişkili TERT, DKC1, STAU1 genlerinde bulunan SNP'lerin çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkileri belirlenmiştir. Sonuç olarak ise DKC1 geni için rs121912293 (F36V), rs121912295 (G402E), rs121912298 (M350I), rs121912300 (M350T), rs146700772 (S280R), rs199422248 (K314R), rs199422249 (D359N), rs199422250 (P384S), rs2728534 (I226S), rs17850575 (V285F) varyantlarının; TERT geni için rs19422293 (R486C) varyantının; STAU1 geni için iv rs61748376 (L165P), rs369362574 (N286S) varyantlarının yüksek riskli zararlı etkili olabileceği belirlenmiştir. Bu zararlı etkilere protein stabilitesinin azaltılması, asetilasyon kaybı, metilasyon kaybı örnek verilebilir. Bu çalışmada belirlenen zararlı etkili SNP'lerin telomeraz enziminin dahil olduğu biyolojik süreçleri olumsuz yönde etkileyebileceği tahmin edilmektedir. Bu patojenik varyantların telomer biyolojisi hastalıklarının patogenezinde risk faktörü olarak değerlendirilebileceğini düşünmekteyiz. Bu tez çalışmasında elde edilen sonuçların in vitro ve in vivo ileri çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Telomeres protect chromosomal ends to maintain genomic integrity. They contain proximal double-stranded and distal single-stranded regions, complexed with Shelterin proteins, and are highly conserved. The telomere region plays a role in gene expression, aging, tumor formation, and cell proliferation. The difference of telomeres from other parts of chromosomes is the loss and reconstitution of telomeric DNA due to the cell cycle. Telomerase is an RNAdependent DNA polymerase that synthesises telomeric DNA sequences and provides the molecular basis for unlimited replication potential and is the essential reverse transcriptase required for the maintenance of linear chromosome ends in most eukaryotes. Telomerase is a unique cellular reverse transcriptase that includes an integral RNA subunit, telomerase RNA (TER, hTR, TERC), a catalytic protein subunit, telomerase reverse transcriptase (TERT), and several species-specific accessory proteins. In this thesis study, genes associated with the telomerase enzyme, TERT, Pseudouridine Synthase Dyskerin 1 (DKC1), Heat Shock Protein 90 Alpha Family Class A Member 1 (HSP90AA1), Ribosomal Protein L22 (RPL22), Telomerase Protein Component 1 or Telomerase Associated Protein 1 (TEP1), It was aimed to determine the effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in Staufen1 (STAU1) genes on the function, secondary structure, stabilization and evolutionary conservation of proteins using various bioinformatics tools. As a result of this thesis, the effects of SNPs in TERT, DKC1, and STAU1 genes related to telomerase enzyme on the function, secondary structure, stabilization, and evolutionary conservation of proteins were determined by using various bioinformatics tools. As a result, rs121912293 (F36V), rs121912295 (G402E), rs121912298 (M350I), rs121912300 (M350T), rs146700772 (S280R), rs199422248 (K314R), rs199422249 (D359N), rs199422250 (P384S), rs2728534 (I226S), rs17850575 (V285F) variants for DKC1 gene; rs19422293 (R486C) variant for TERT gene; rs61748376 (L165P), rs369362574 vi (N286S) variants for STAU1 gene. These deleterious effects include decreased protein stability, loss of acetylation, and loss of methylation. It is predicted that the deleterious SNPs identified in this study may adversely affect biological processes involving the telomerase enzyme. We suggest that these pathogenic variants may be considered as risk factors in the pathogenesis of telomere biology diseases. The results obtained in this thesis need to be confirmed by further in vitro and in vivo studies.
Benzer Tezler
- Erzurum çevresinde yayılış gösteren bazı Iris türleri üzerinde karyolojik incelemeler
Başlık çevirisi yok
GÜLCAN ŞENEL
- 5-Azo deoksisitidin'in ( Baz analogu) insan 11,16 ve X kromozomları üzerindeki etkisinin C ve bromodeoksi uridin (BrdU) bant teknikleriyle araştırılması
Investigation on the effect of 5-Aza deoxycytidine (Base analogue) on human 11,16 and X chromosomes using C and bromodeoxy (BrdU) banding techniques
ÖZTÜRK ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
1992
Tıbbi BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLHAN SEZGİN
- Gebe farelerde ve ikinci kuşak dişi yavrularda DES'in kromozomal etkilerinin ve Msp 1 enzimi yardımıyla metilasyon bölgelerinin incelenmesi
Investigation on the chromosumal effects of DES in pregnant mice and second generation female offsprings and methylation regions, using Msp 1 enzyme
İSMİHAN AYDIN GÖZE
Doktora
Türkçe
1995
Tıbbi BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ÇOLAK
- Spinal müsküler atrofilerin moleküler temelinin Türk toplumunda belirlenmesi
Molecular basis of spinal muscular atrophies in Turkish population
MEHVEŞ PODA
- N-Nitrosopirolidinin (Npyr) fare kromozomlarına ve mikroçekirdek testine etkisinin belirlenmesi
The Effect of Npyr on mause chromosome and micronucleus test
MEHMET KORKMAZ