Geri Dön

Telomeraz ile ilişkili bazı genlerdeki yüksek riskli zararlı SNP'lerin biyoinformatik yöntemlerle belirlenmesi

Identification of high-risk damaging SNPs in telomerase-related some genes by bioinformatics methods

PDF İndir

  1. Tez No: 956332
  2. Yazar: GAMZE KARATABAN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ORÇUN AVŞAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hitit Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 102

Özet

Telomerler, genomik bütünlüğü korumak için kromozomal uçlarda koruma sağlar. Shelterin proteinleri ile kompleks halinde olan proksimal çift sarmallı ve distal tek sarmallı bölgeleri içerir ve yüksek düzeyde korunmuştur. Telomer bölge gen ekspresyonunda, yaşlanmada, tümör oluşumunda ve hücre çoğalmasında rol oynar. Telomerlerin kromozomların diğer kısımlarından farkı, telomerik DNA'nın hücre döngüsüne bağlı kaybı ve yeniden oluşturulmasıdır. Telomeraz, telomerik DNA dizilerini sentezleyen ve sınırsız çoğalma potansiyeli için moleküler temeli sağlayan bir RNA-bağımlı DNA polimeraz olup çoğu ökaryotta doğrusal kromozom uçlarının bakımı için gerekli olan temel ters transkriptazdır. Telomeraz, integral bir RNA alt birimi olan telomeraz RNA'sı (TER, hTR, TERC), katalitik bir protein alt birimi olan telomeraz ters transkriptaz (TERT) ve türlere özgü birkaç yardımcı protein içeren benzersiz bir hücresel ters transkriptazdır. Bu tez çalışmasında telomeraz enzimi ile ilişkili genler olan TERT, Diskerin Psödouridin Sentaz 1 (DKC1), Isı Şoku Proteini 90 Alfa Ailesi Sınıf A Üyesi 1 (HSP90AA1), Ribozomal Protein L22 (RPL22), Telomeraz Proteini Bileşeni 1 veya Telomeraz İlişkili Protein 1 (TEP1), Staufen1 (STAU1) genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu tez çalışması sonucunda ise telomeraz enzimi ile ilişkili TERT, DKC1, STAU1 genlerinde bulunan SNP'lerin çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkileri belirlenmiştir. Sonuç olarak ise DKC1 geni için rs121912293 (F36V), rs121912295 (G402E), rs121912298 (M350I), rs121912300 (M350T), rs146700772 (S280R), rs199422248 (K314R), rs199422249 (D359N), rs199422250 (P384S), rs2728534 (I226S), rs17850575 (V285F) varyantlarının; TERT geni için rs19422293 (R486C) varyantının; STAU1 geni için iv rs61748376 (L165P), rs369362574 (N286S) varyantlarının yüksek riskli zararlı etkili olabileceği belirlenmiştir. Bu zararlı etkilere protein stabilitesinin azaltılması, asetilasyon kaybı, metilasyon kaybı örnek verilebilir. Bu çalışmada belirlenen zararlı etkili SNP'lerin telomeraz enziminin dahil olduğu biyolojik süreçleri olumsuz yönde etkileyebileceği tahmin edilmektedir. Bu patojenik varyantların telomer biyolojisi hastalıklarının patogenezinde risk faktörü olarak değerlendirilebileceğini düşünmekteyiz. Bu tez çalışmasında elde edilen sonuçların in vitro ve in vivo ileri çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

Telomeres protect chromosomal ends to maintain genomic integrity. They contain proximal double-stranded and distal single-stranded regions, complexed with Shelterin proteins, and are highly conserved. The telomere region plays a role in gene expression, aging, tumor formation, and cell proliferation. The difference of telomeres from other parts of chromosomes is the loss and reconstitution of telomeric DNA due to the cell cycle. Telomerase is an RNAdependent DNA polymerase that synthesises telomeric DNA sequences and provides the molecular basis for unlimited replication potential and is the essential reverse transcriptase required for the maintenance of linear chromosome ends in most eukaryotes. Telomerase is a unique cellular reverse transcriptase that includes an integral RNA subunit, telomerase RNA (TER, hTR, TERC), a catalytic protein subunit, telomerase reverse transcriptase (TERT), and several species-specific accessory proteins. In this thesis study, genes associated with the telomerase enzyme, TERT, Pseudouridine Synthase Dyskerin 1 (DKC1), Heat Shock Protein 90 Alpha Family Class A Member 1 (HSP90AA1), Ribosomal Protein L22 (RPL22), Telomerase Protein Component 1 or Telomerase Associated Protein 1 (TEP1), It was aimed to determine the effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in Staufen1 (STAU1) genes on the function, secondary structure, stabilization and evolutionary conservation of proteins using various bioinformatics tools. As a result of this thesis, the effects of SNPs in TERT, DKC1, and STAU1 genes related to telomerase enzyme on the function, secondary structure, stabilization, and evolutionary conservation of proteins were determined by using various bioinformatics tools. As a result, rs121912293 (F36V), rs121912295 (G402E), rs121912298 (M350I), rs121912300 (M350T), rs146700772 (S280R), rs199422248 (K314R), rs199422249 (D359N), rs199422250 (P384S), rs2728534 (I226S), rs17850575 (V285F) variants for DKC1 gene; rs19422293 (R486C) variant for TERT gene; rs61748376 (L165P), rs369362574 vi (N286S) variants for STAU1 gene. These deleterious effects include decreased protein stability, loss of acetylation, and loss of methylation. It is predicted that the deleterious SNPs identified in this study may adversely affect biological processes involving the telomerase enzyme. We suggest that these pathogenic variants may be considered as risk factors in the pathogenesis of telomere biology diseases. The results obtained in this thesis need to be confirmed by further in vitro and in vivo studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    867050

    Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells

    Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi

    ECE GİZEM POLAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA

  2. Tez No

    267699

    Stromal Antijen 1 (STAG 1) geninin hücre proliferasyonu, transformasyonu ve DNA hasar yanıtındaki fonksiyonel rolünün belirlenmesi

    Determining the functional role of Stromal Antigen 1 (STAG 1) gene in cell proliferation, transformation and DNA damage responses

    NİHAL AKTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    OnkolojiÇukurova Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELEK KÖKSAL ERKİŞİ

  3. Tez No

    816995

    Arabidopsis thaliana mutantlarında telomer/telomeraz sistemi ile ilişkili gen anlatımı değişimlerinin incelenmesi

    Investigation of telomere/telomerase system related gene expression changes in Arabidopsis thaliana mutants

    ZEYNEP BEGÜM ŞEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NESLİHAN TURGUT KARA

  4. Tez No

    193787

    Mide kanserinde genomik değişikliklerin telomeraz aktivitesi üzerine etkisi

    Effects of genomic changes on telomerase activity in gastric cancer

    GÜVEM GÜMÜŞ AKAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    OnkolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. AJLAN TÜKÜN

  5. Tez No

    164569

    Helicobacter pylorisi pozitif olan gastiritli vakalarda telomeraz aktivitesi

    Telomerase activity at helicobacter pylori pozitive gastritis

    EBRU KALE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    BiyokimyaDicle Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. NAİME CANORUÇ

Geri Dön