Tütün bitkisinde lignin modifikasyonu için comt geninin CRISPR/CAS9 yöntemi kullanılarak susturulması
The silencing of comt gene for lignin modification in tobacco plant using CRISPR/CAS9 method
- Tez No: 956585
- Danışmanlar: PROF. DR. SEVGİ MARAKLI, DR. MERVE YILMAZER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tütün bitkisi (Nicotiana tabacum L.), dünya genelinde yaygın olarak yetiştirilen ve farklı amaçlar ile kullanılan bitkilerden biridir. Bitkilerin yapısında bulunan lignin, karmaşık ve düzensiz bir biyopolimerdir. Bitkilere yapısal sağlamlık kazandırır. Aynı zamanda çevresel streslere ve patojenlere karşı dirençte de rol oynar. Bununla birlikte bu sağlam yapı, bitkilerin parçalanmasında çok fazla kimyasalın kullanımına neden olmaktadır. Bu tezin amacı, model bir organizma olan tütün (Nicotiana tabacum L.) bitkisinde lignin sentezinde görevli kafeik asit O-metiltransferaz (COMT) geninin düzenli aralıklı palindromik tekrar kümeleri- CRISPR ilişkili protein 9 (CRISPR-Cas9) aracılı genom düzenleme yöntemi ile susturulmasıdır. Bu amaçla, tütün bitkisinde lignin biyosentezinde görevli COMT geninin dizileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) veri tabanından elde edildi ve“benchling”programı kullanılarak bu genin 1. ekzonuna özgü tek kılavuz RNA (sgRNA) tasarlandı. COMT genine özgü tasarlanan primerler ile kesim-ligasyon reaksiyonları kurularak sgRNA kaseti elde edildi. Kesim-ligasyon reaksiyonu ile CRISPR plazmidine sgRNA kaseti entegre edildi ve pYLCRISPR_NtCOMT2 plazmidi elde edildi. pYLCRISPR_NtCOMT2 plazmidinin, Agrobacterium tumefaciens GV3101 bakterisi ile tütünlere transformasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen tütünlerden DNA izolasyonu gerçekleştirildi ve izole edilen DNA'lar dizilemeye gönderildi. Dizileme sonrası elde edilen diziler, NCBI veri tabanında bulunan BLASTn programı kullanılarak karşılaştırıldı ve genin başarılı bir şekilde susturulduğu belirlendi. Bu tez çalışmasında, COMT geni model bir bitki olan tütünde ilk defa susturulmuştur. Elde edilen bilgiler, bitki biyoteknolojisi alanına katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The tobacco plant (Nicotiana tabacum L.) is one of the most widely cultivated and utilized plants worldwide for various purposes. Lignin, a complex and irregular biopolymer found in plant structures, provides mechanical strength to plants and plays a role in resistance against environmental stresses and pathogens. However, this robust structure also leads to the need for excessive use of chemicals during plant breakdown processes. The aim of this thesis is to silence the COMT (caffeic acid O-methyltransferase) gene, which is involved in lignin biosynthesis in tobacco, a model organism, using the CRISPR-Cas9 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats - CRISPR-associated protein 9) genome editing method. For this purpose, sequences of the COMT gene responsible for lignin biosynthesis in tobacco were obtained from the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database, and a sgRNA (single guide RNA) specific to the first exon of this gene was designed using the Benchling software. A sgRNA cassette was generated through restriction-ligation reactions using primers specific to the COMT gene. The sgRNA cassette was integrated into the CRISPR plasmid via restriction-ligation, resulting in the construction of the pYLCRISPR_NtCOMT2 plasmid. This plasmid was then transformed into tobacco plants via Agrobacterium tumefaciens strain GV3101. Genomic DNA was isolated from the transformed tobacco plants, and the isolated DNA samples were sent for sequencing. The resulting sequences were compared using the BLASTn tool on the NCBI database, and successful gene silencing was confirmed. In this thesis, the COMT gene was silenced for the first time in tobacco, a model plant. The findings are expected to contribute to the field of plant biotechnology.
Benzer Tezler
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Türkiye'de aile planlaması çalışmalarında erkeklerin önemi, hastane personeli ile fabrika işçilerinin doğum kontrol yöntemlerine karşı tutum ve davranranışlarında farklılığın araştırılması
Başlık çevirisi yok
KAMİL MALKOÇLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Demografiİstanbul ÜniversitesiAile Sağlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERİN KÖSEBAY
- Samsun ve çevresinde tarla sarmaşığı (conuolvulus arvensis L.)'na karşı biyolojik savaşa esas olacak fauna tespiti
Investigations on the insect fauna of the field binweed (Conuolvulus arvensis L.) related to its biological control in Samsun Province
YASEMİN UFUK GERMAN
- İsmayıl Hakkı Baltacıoğlu'nun kültür ve eğitim kavramı üzerine bir inceleme
An Examination of the concepts of culture and education of Ismayıl Hakkı Baltacıoğlu
ABDULLAH DİKİCİ
Doktora
Türkçe
1986
Eğitim ve ÖğretimUludağ ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUAT ANAR