Bazı tiyazol türevlerinin X-ışını kristalografisi, yoğunluk fonksiyon teorisi ile yapılarının aydınlatılması ve moleküler docking çalışmaları
X-ray crystallography of some thiazole derivatives,structure elucidation by density functional theory andmolecular docking studies
- Tez No: 957723
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜL ÖZKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İzmir Katip Çelebi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Bu çalışmada, iki yeni tiyazol bazlı heterosiklik bileşik (TYZ1 ve TYZ2) sentezlendi ve tek kristal X-ışını kırınımı yoluyla tam olarak karakterize edildi; bu da moleküler geometrileri ve kristal paketleme düzenlemeleri hakkında ayrıntılı bilgiler sağladı. Hirshfeld yüzey analizi ve karşılık gelen 2B parmak izi çizimleri, moleküller arası etkileşimleri görselleştirmek ve ölçmek için kullanıldı ve hidrojen bağı, π–π istiflenmesi ve van der Waals temaslarından gelen baskın katkıları ortaya koydu. 3QX3 proteinine karşı moleküler docking çalışmaları, her iki bileşik için de olumlu bağlanma afiniteleri gösterdi; TYZ2 üstün bağlanma enerjisi ve π istiflenmesi ve önemli aktif bölge kalıntılarına sahip çoklu hidrojen bağları dahil olmak üzere daha kapsamlı kovalent olmayan etkileşimler sergiledi. B3LYP/6-31G(d,p) düzeyinde YFT hesaplamaları, moleküler geometrileri optimize etmek, elektrostatik potansiyel yüzeylerini analiz etmek ve sınır moleküler orbitallerini (FMO'lar) keşfetmek için gerçekleştirildi, docking sonuçlarını daha da destekledi ve elektronik özellikler ve reaktivite profilleri hakkında değerli bilgiler sağladı. Birleştirilmiş kristalografik, hesaplamalı ve moleküler docking araştırmaları, bu tiyazol türevlerinin potansiyel biyoaktif iskeleler olarak daha fazla geliştirilmek üzere umut verici yapısal özelliklere sahip olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, two novel thiazole-based heterocyclic compounds (TYZ1 and TYZ2) were synthesized and fully characterized through single-crystal X-ray diffraction, providing detailed insights into their molecular geometries and crystal packing arrangements. Hirshfeld surface analysis and corresponding 2D fingerprint plots were employed to visualize and quantify the intermolecular interactions, revealing dominant contributions from hydrogen bonding, π–π stacking, and van der Waals contacts. Molecular docking studies against the 3QX3 protein demonstrated favorable binding affinities for both compounds, with TYZ2 exhibiting superior binding energy and more extensive non-covalent interactions, including π-stacking and multiple hydrogen bonds with key active site residues. DFT calculations at the B3LYP/6-31G(d,p) level were performed to optimize molecular geometries, analyze electrostatic potential surfaces, and explore frontier molecular orbitals (FMOs), further supporting the docking outcomes and providing valuable insights into electronic properties and reactivity profiles. The combined crystallographic, computational, and molecular docking investigations indicate that these thiazole derivatives possess promising structural features for further development as potential bioactive scaffolds.
Benzer Tezler
- Bazı siklobütan bileşiklerin X-ışını kırınımı ve spektroskopik yöntemler kullanılarak deneysel ve teorik olarak incelenmesi
Experimental and theoretical investigation of some cyclobutane compounds using X-ray diffraction and spectroscopic methods
OKAN ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Fizik ve Fizik MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHARREM DİNÇER
- Bazı tiyazoltiyon ve siklobütan türevlerinin kristalografik ve kuantum mekaniksel yöntemlerle yapısal karakterizasyonu
Structural characterization of some thiazolethione and cyclobutane derivatives by crystallographic and quantum mechanical methods
BETÜL ŞEN
Doktora
Türkçe
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUHİTTİN AYGÜN
- Bazı yeni tiyoeter köprülü imidazo[2,1-b][1,3,4]tiyadiazol halkası içeren bileşiklerin sentezi, karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Synthesis, characterization of some novel compounds containing thioether bridged imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazole ring and investigation of their biological activity
HASAN TÜNEL
- Bazı tiyazollerin nitrolanma kinetiklerinin teorik incelenmesi
A Theoretical investigation of nitration kinetics of some thiazoles
AYŞE KAYA (ATAR)
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
KimyaEskişehir Osmangazi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMİL ÖĞRETİR
YRD. DOÇ. DR. NEVİN KANIŞKAN
YRD. DOÇ. DR. SELMA YARLIGAN
- Bazı sübstitüe imidazolilmerkaptoasetiltiyosemikarbazid ve tiyazolidon türevlerinin yapısal özellikleri
Structural characteristics of some substituted imidazolylmercaptoacetylthiosemicarbazide and thiazolidone derivates
TAYLAN İYİKÖŞKER
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSEL GÜRSOY