Examining the roles of NRAV long non-coding rna in type-1 interferon response in NRAs-mutant melanoma and investigating the relevance of long non-coding RNA expression patterns to cancer survival
NRAV uzun kodlamayan RNA'sının nras mutant melanomunda tip-1 interferon yanıtındaki rollerinin incelenmesi ve uzun kodlamayan RNA ifade örüntülerinin kanserde hayatta kalımla ilgisinin araştırılması
- Tez No: 958028
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ATAKAN EKİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Deri kanseri (melanom), bağışıklık tepkilerinden kaçma yeteneğiyle bilinen agresif bir cilt kanseridir. Tip I interferonlar (IFN'ler) (IFN-A/B), antitümör bağışıklığını artırmada önemli bir rol oynar, ancak bu yolağın melanomdaki uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar) tarafından düzenlenmesi yeterince anlaşılmamıştır. NRAV (Antiviral Yanıtın Negatif Düzenleyicisi, Negative Regulator of Antiviral Response), daha önce viral enfeksiyon sırasında IFN ile uyarılan genleri (IFN stimulated genes, ISG'ler) baskıladığı gösterilen, ancak melanom gibi kanser bağlamlarında karakterize edilmeyen bir lncRNA'dır. Mevcut tez çalışmasında, NRAS mutasyona uğramış SKMEL147 hücreleri kullanılarak NRAV'ın melanomdaki tip I IFN sinyallemesi üzerindeki etkisini araştırmak amaçlanmıştır. Bulgular, NRAV aşırı ifadesinin erken zaman noktalarında IFN-A uyarımını takiben baskılanmış ISG (IFIT2, IFIT3, MX1), HLA-A ve PD-L1 ifadesine yol açtığını göstermektedir. NRAV aşırı ifade edilen hücreler ayrıca azalmış çoğalma ve artmış hücre ölümü sergilediler. Proteomik analizin ardından RNA çöktürme (RNA pulldown), mitofaji ve translasyonda yer alan belirgin bir NRAV'le ilişkili protein seti ortaya çıkardı ve NRAV'nin potansiyel tepkime hedeflerini vurguladı. Ek olarak, makine öğrenme algoritmaları tarafından yapılan biyoenformatik analiz, özellikle tip I IFN yanıtında bir oyuncu olan IRF9 ile birleştirildiğinde, ifadesi melanom hastalarında iyileştirilmiş veya kötüleştirilmiş sağkalımla ilişkili olan birkaç IFNA ile ilişkili lncRNA'yı tanımladı. Bu bulgular birlikte, NRAV'nin melanom ve tip I IFN yanıtındaki düzenleyici rolünü ve IFN ile ilişkili lncRNA'ların daha geniş prognostik önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Melanoma is an aggressive skin cancer known for its ability to evade immune responses. Type I interferons (IFNs) (IFN-A/B) play a significant role in enhancing the antitumor immunity, but the regulation of this pathway by long non-coding RNAs lncRNAs) in melanoma is poorly understood. NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response) is an lncRNA previously shown to suppress IFN-stimulated genes (ISGs) during viral infection, but not characterized in cancer contexts such as melanoma. In the current thesis study, it was aimed to explore the impact of NRAV on type I IFN signaling in melanoma using NRAS-mutated SKMEL147 cells. Findings show that NRAV overexpression led to suppressed ISG (IFIT2, IFIT3, MX1), HLA-A, and PD-L1 expression following IFN-A stimulation at early time points. NRAV overexpressed cells also exhibited reduced proliferation and increased cell death. RNA pulldown followed by proteomics analysis revealed a distinct set of NRAV-associated proteins involved in mitophagy and translation, highlighting potential reactome targets of NRAV. Additionally, bioinformatics analysis by machine learning algorithms identified several IFN-A lncRNAs whose expression correlates with improved or worse survival in melanoma patients, especially when combined with IRF9, which is a player in type I IFN response. Together, these findings highlight NRAV's regulatory role in melanoma and type I IFN response and the broader prognostic significance of IFN-related lncRNAs.
Benzer Tezler
- Yakın ilişkilerde bağlanmanın yordayıcıları olarak ebeveynlere bağlanma ve umudun rollerinin incelenmesi
Examining the roles of attachment to parents and hope as predictors of attachment in close relationships
SERAY BİNGÖL SEZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Eğitim ve Öğretimİzmir Demokrasi ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MİNE MUYAN YILIK
- Çocukluk çağı travmalarının kişilik bozuklukları ile ilişkisinde pekiştireç duyarlılığı, bağlanma biçimleri, savunma mekanizmaları ve kimlik bocalamasının rollerinin incelenmesi
Examining the roles of reinforcement sensitivity, attachment styles, defense mechanisms, and identity confusion in the relationship between childhood trauma and personality disorders
İSA ÇAKIR
Doktora
Türkçe
2024
Psikolojiİstanbul Sabahattin Zaim ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF BİLGE
- Halk eğitimi merkezi kurslarına katılan kursiyerlerin devam bağlılığı üzerinde usta öğreticilerin rolünün incelenmesi
Examining the roles of masters on the continuation commitment of trainees attending public education center courses
HASRET ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Eğitim ve ÖğretimKocaeli ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SONER POLAT
- Paydaş bakış açısıyla turizm destinasyon yönetim örgütlerinin rollerinin incelenmesi
Examining the roles of tourism destination management organizations from a stakeholder perspective
TARIK ŞENGEL
Doktora
Türkçe
2024
Turizmİstanbul ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM ÇİFÇİ
- Umut,algılanan stres ve baş etme tutumlarının psikolojik belirtilerdeki yordayıcı rolünün incelenmesi
Examining the predictor roles of hope, perceived stress, and coping styles on psychological symptoms
ESİNNAZ BÜLBÜLOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
PsikolojiMaltepe ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BAŞAK BAHTİYAR