Examining the roles of negative regulator of antiviral response (NRAV) long non-coding RNA in type-2 interferon response in neuroblastoma ras (NRAS)-mutant melanoma and investigating the relationship of long non-coding RNA expression patterns with immunotherapy response
Neuroblastoma ras (NRAS) mutasyonlu melanomda negatıve regulator of antıvıral response (NRAV) uzun kodlamayan RNA'nın tip-2 interferon yanıtındaki rollerinin incelenmesi ve uzun kodlamayan RNA ifade örüntülerinin immünoterapi yanıtıyla ilişkilerinin araştırılması
- Tez No: 969644
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ATAKAN EKİZ, DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, uzun kodlamayan RNA (lncRNA) NRAV'ın tip II interferon (IFN-γ) sinyal yolaklarını düzenlemedeki rolünü ve bunun melanoma biyolojisi ile immünoterapi etkinliği üzerindeki etkilerini incelemektedir. NRAS mutasyonuna sahip SKMEL147 melanoma hücre hattı kullanılarak, IFN-γ uyarımı öncesi ve sonrası koşullarda interferonla uyarılan genlerin (ISG) ekspresyonu, hücre proliferasyonu ve hücre ölümü üzerindeki değişiklikleri değerlendirmek amacıyla NRAV aşırı ifade eden hücre modelleri oluşturulmuştur. NRAV'ın aşırı ifadesi, IFIT2, IRF1 ve PD-L1 gibi kritik ISG'leri baskılayarak IFN-γ–STAT1 sinyal yolunun inhibe edildiğini göstermiştir. Fonksiyonel olarak, NRAV hücre büyümesini azaltmış ve hücre ölümünü nekroza kaydırmıştır; bu bulgu koloni oluşum deneyleri ve akış sitometrisi ile doğrulanmıştır. RNA pulldown sonrası yapılan proteomik analiz, NRAV ile ilişkili proteinlerin otofaji, translasyon ve mitokondriyal stres yanıtlarında rol aldığını ortaya koyarak, NRAV'ın hücre kaderini post-transkripsiyonel düzeyde düzenleyebileceğini göstermiştir. Melanoma immünoterapisi veri setlerine uygulanan makine öğrenmesi, LINC02273, LINC01833 ve MIR210HG gibi immünoterapiye yanıtla ilişkili olabilecek çok sayıda lncRNA'yı belirlemiş, ZFAT-AS1 ve CSRP3-AS1 gibi yeni adayları da ortaya koymuştur. Bu bulgular, NRAV'ın hem IFN aracılı bağışıklığı baskılayıcı hem de nekrotik hücre ölümünü düzenleyici ikili işlevine dikkat çekmekte olup, onu gelecekteki mekanistik ve terapötik çalışmalar için potansiyel bir hedef haline getirmektedir. Bu araştırma, melanomada bağışıklık düzenleyici lncRNA'ların anlaşılmasını derinleştirerek, immünoterapi direncinde biyobelirteç ve hedef keşfi için yeni yollar açmaktadır.
Özet (Çeviri)
This work examines the function of the long non-coding RNA (lncRNA) NRAV in regulating type II interferon (IFN-γ) signaling and its effects on melanoma biology and immunotherapy efficacy. Utilizing the NRAS-mutant SKMEL147 melanoma cell line, we developed NRAV-overexpressing models to evaluate alterations in interferon-stimulated gene (ISG) expression, proliferation, and cell mortality under both basal and IFN-γ–stimulated conditions. NRAV overexpression specifically downregulated critical ISGs, including IFIT2, IRF1, and PD-L1, indicating inhibition of the IFN-γ–STAT1 signaling pathway. NRAV functionally decreased cell growth and shifted cell death towards necrosis, a conclusion corroborated by colony formation experiments and flow cytometry. Proteomic study subsequent to RNA pulldown revealed NRAV-associated proteins implicated in autophagy, translation, and mitochondrial stress responses, suggesting post-transcriptional regulatory functions of NRAV in determining cell fate. Machine learning applied to melanoma immunotherapy datasets discovered many lncRNAs, including LINC02273, LINC01833, and MIR210HG, as possible biomarkers for treatment response, alongside novel candidates such as ZFAT-AS1 and CSRP3-AS1. These findings underscore NRAV's dual function as an inhibitor of IFN-mediated immunity and a regulator of necrotic cell death, establishing it as a candidate for future mechanistic and therapeutic investigations.
Benzer Tezler
- Examining the roles of NRAV long non-coding rna in type-1 interferon response in NRAs-mutant melanoma and investigating the relevance of long non-coding RNA expression patterns to cancer survival
NRAV uzun kodlamayan RNA'sının nras mutant melanomunda tip-1 interferon yanıtındaki rollerinin incelenmesi ve uzun kodlamayan RNA ifade örüntülerinin kanserde hayatta kalımla ilgisinin araştırılması
EMRE KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ATAKAN EKİZ
- Examining the interaction partners of essential chromatin regulators in triple- negative breast cancer
Üçlü negatif meme kanserinde temel kromatin düzenleyicilerinin etkileşim partnerlerinin incelenmesi
BERİL ESİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiKoç ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Ergenlerde beden memnuniyetsizliği ve uyumsuz yeme davranışları arasındaki ilişkide baş etme stratejilerinin aracı rolünün incelenmesi
Examining the mediatory role of coping strategies in the relationship between body dissatisfaction and malfunctional eating behaviors in adolescents
HURİYE ESİN BELER ŞANVEREN
- Restoran müşterilerinin kalite algısı ile müşteri sadakati arasındaki ilişkide müşterilerin duygu durumu ve müşteri memnuniyetinin düzenleyici aracı etkisi: Ankara'da lüks sınıf restoran müşterilerine yönelik bir araştırma
The regulatory effect of customers' mood and customer satisfaction on the relationship between quality perception of restaurant customers and customer loyalty: A research for luxury class restaurant customers in Ankara
NİHAN DENİZ AYDOĞDU
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Gastronomi ve Mutfak SanatlarıBaşkent ÜniversitesiGastronomi ve Mutfak Sanatları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL TOKMAK
- Kripto paralarla online alışveriş davranışının incelenmesi: davranışsal akıl yürütme teorisi (BRT) ve olanakları gerçekleştirme teorisi (AAT) perspektifinden bir model önerisi
Examining online shopping behavior with cryptocurrencies: a model proposal from the perspective of behavioral reasoning theory (BRT) and affordances actualization theory (AAT)
HAMZA ÇAKMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Yönetim Bilişim SistemleriSivas Cumhuriyet ÜniversitesiYönetim Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT FATİH TUNA
DR. ÖĞR. ÜYESİ SELİM ÇAM