Kedi ve köpeklerde Cryptococcus spp.'nin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of Cryptococcus spp.in cats and dogs with conventional and molecular methods
- Tez No: 959773
- Danışmanlar: PROF. DR. KADİR SEMİH GÜMÜŞSOY, PROF. DR. AYŞE NEDRET KOÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Veteriner Hekimliği, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Cryptococcus, Kedi, Köpek, Naganishia albida, Papiliotrema laurentii, Cryptococcus, Cat, Dog, Naganishia albida, Papiliotrema laurentii
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 191
Özet
Bu çalışmada, kedi ve köpeklerin nazal sürüntü örneklerinden Cryptococcus cinsi mantarların izolasyonu, elde edilen izolatların moleküler karakterizasyonu, Cryptococcus cinsi mantarların tür düzeyinde identifikasyonu ve ülkemizde beslenen kedi ve köpeklerde kriptokokozisin epidemiyolojik varlığının ortaya konulması amaçlandı. Bu amaçla; Kayseri, Mersin, Antalya ve İstanbul illerinde faaliyet gösteren özel veteriner klinikleri ya da hayvan hastanelerinden hotel veya hospitalizasyon hizmeti alan 106 kedi ve 100 köpek olmak üzere toplam 206 hayvana ait nazal sürüntü örnekleri materyal olarak kullanıldı. Ayrıca, bu hayvanlarla ilgili olarak hayvan sahiplerinden anatomopatolojik bilgi alınması amacıyla anket çalışması yapıldı. Hayvanlardan alınan nazal sürüntülerden Cryptococcus türlerinin izolasyonu amacıyla, Niger Seed Agar (NSA)'a herbir örnekten direkt ekim yapıldı ve 25 °C'de 14 gün süreyle aerobik ortamda inkubasyona tabi tutuldu. Agarlar 48 saat inkubasyondan sonra her gün koloni üremeleri yönünden incelendi. NSA'da üreyen kolonilerin kültürlerini saflaştırmak için Sabouraud Dekstroz Agar (SDA)'a tek koloni izolatları olarak alt kültürleri yapıldı. İnkubasyon süresi sonunda, 112 maya ve maya-benzeri mikroorganizmaya ait koloniler elde edildi. Elde edilen tüm izolatların fenotipik identifikasyon amacıyla İndia ink boyaması, üreaz, kromojenik agar koloni yapısı, lam-kültür ve 37 oC'de üreme kabiliyetleri incelendi. Moleküler identifikasyon amacıyla Internal Transcribed Spacer (ITS2) hedef genomik bölgesinin Polymerase Chain Reaction (PCR) ve Sanger sekansı yapıldı. İzolatların identifikasyonu için Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) analizinden yararlanıldı. Fenotipik ve moleküler testlerin tamamında Cryptococcus spp. olarak değerlendirilen izolatlar API 20 C AUX mantar identifikasyon testleri kullanılarak identifiye edildi ve doğrulamaları APIWEB veri tabanında gerçekleştirildi. Maya ve maya benzeri mikroorganizmalara ait izolatların fenotipik ve moleküler yöntemlerle identifikasyonu sonucunda 37 tür tanımlandı. Üç izolat ise cins düzeyinde identifiye edildi. Ancak iki izolat ne tür ne de cins düzeyinde tespit edilemedi. Bu türlerin 22'si köpeklerden saptanırken beşi de kedilerden izole edildi. Hem kedi hem de köpek örneklerinden identifiye edilebilen izolatlar 10 türe ayrıldı. Kedi ve köpeklerden izole edilen Aureobasidium pullulans, Filobasidium magnum, Rhodotorula mucilaginosa, Debaryomyces hansenii, Candida parapsilosis, Rhodotorula glutinis, Yarrowia lipolytica, Naganishia albida, Papiliotrema laurentii, Diutina catenulata, Trichosporon asahii, Meyerozyma carpophila, Trichosporon aquatile, Sarocladium strictum, Vishniacozyma victoriae, Meyerozyma guilliermondii, Nakaseomyces glabratus, Naganishia adeliensis, Torulaspora delbrueckii, Candida metapsilosis ve Apiotrichum domesticum hem insanlar hem de hayvanlar için olası patojen türlerdi. Ayrıca Debaryomyces vindobonensis, Rhodotorula diobovata, Rhodotorula frigidialcoholis, Rhodotorula kratochvilovae, Vishniacozyma tephrensis, Rhodotorula paludigena, Barnettozyma californica, Rhodotorula graminis, Filobasidium stepposum, Phragmotaenium oryzicola, Sampaiozyma ingeniosa, Aureobasidium intercalariosporum, Papiliotrema fonsecae, Rhodotorula alborubescens, Vishniacozyma carnescens ve Zalaria obscura kedi ve köpeklerin nazal kavitelerinden izole edilen diğer türlerdi. Çalışmamızda köpeklerden toplam da 12 (%12) N. albida ve bir (%1) P. laurentii izole edildi. Ancak kedilerde bu etkenler tespit edilmedi. Ayrıca hem kedi hem de köpeklerden Cryptococcus neoformans veya Cryptococcus gatti izole edilemedi. N. albida Antalya'da %66 (8/12), Kayseri'de %25 (3/12) ve İstanbul'da %8,33 (1/12) oranında izole edilirken, Mersin'den temin edilen örneklerde ilgili etkene rastlanmadı. Dişi köpeklerin erkek köpeklere oranla nasal kavitelerinde N. albida izolasyonunun üç kat daha fazla olduğu belirlendi. Melez (%15,55), Rottweiler (%20), English Setter (%50), Rus Finosu (%50) ve American Pitbull Terrier'da (%100) N. albida 'nın pozitif olduğu saptandı. Travma (yumuşak doku hasarı) (%12,5), parvoviral enteritis (%28,57), halsizlik/iştahsızlık (%50), epistaksis (burun kanaması) (%100) ve kutanöz mantar enfeksiyonu (%100) şikayeti ile hayvan hastaneleri ya da veteriner kliniklerine getirilen köpeklerde genel popülasyonun üzerinde (%12) N. albida prevalansı tespit edildi. Anatomopatolojik anketler sonucu örnek alınan köpeklerin genel popülasyonu ile N. albida izole edilen köpeklerin popülasyonunun bir yıllık klinik geçmişleri karşılaştırıldığında genel köpek popülasyonuna oranla tek başına deri lezyonları veya solunum semptomları bulunan ya da her üç sistemin etkilendiği (solunum, deri ve sinir sistemi) köpeklerde N. albida izolasyonunun daha yüksek oranda olduğu görüldü. Çalışmamızda fungal türlerin kedi ve köpek nazal kavitesinin mikobiyotasındaki varlığının halk ve hayvan sağlığı açısından risk oluşturduğu sonucuna varılmıştır. Ayrıca kedi ve köpeklerin burun boşluklarından izole edilen bazı fungal türlerin varlığı kedi ve köpeklerin nazal mikobiyotasının ve bu türlerin ülkemizdeki olası nişlerinin belirlenmesine yönelik daha çok araştırmanın gerekli olduğunu düşündürmektedir. Bu çalışma kedi ve köpeklerde patojen Cryptococcus türleri üzerine gerçekleştirilen ülkemizdeki ilk çalışmadır. N. albida'nın klinik veteriner hekimlik uzmanları tarafından ülkemizde olası bir patojen olarak değerlendirilmesi açısından önemli olduğu sonucuna varılmıştır. Çalışmamız sonuncunda, belirlenen bu patojenlerin Türkiye'deki epidemiyolojisi ve ekolojisinin iyi anlaşılabilmesi için konu ile ilgili daha kapsamlı araştırılmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aimed to isolate Cryptococcus genus fungi from nasal swab samples of cats and dogs, to molecularly characterize the isolates obtained, to identify Cryptococcus genus fungi at species level, and to reveal the epidemiological presence of cryptococcosis in cats and dogs bred in our country. For this purpose, nasal swab samples of a total of 206 animals, 106 cats and 100 dogs, receiving hotel or hospitalization services from private veterinary clinics or animal hospitals operating in the provinces of Kayseri, Mersin, Antalya and Istanbul, were used as material. In addition, a survey was conducted to obtain anatomopathological information from animal owners about these animals. For the isolation of Cryptococcus species from nasal swabs taken from animals, each sample was directly inoculated onto Niger Seed Agar (NSA) and incubated at 25 °C for 14 days in an aerobic environment. Agars were examined for colony growth every day after 48 hours of incubation. To purify the cultures of colonies grown on NSA, they were subcultured onto Sabouraud Dextrose Agar (SDA) as single colony isolates. At the end of the incubation period, 112 colonies of yeast and yeast-like microorganisms were obtained. For phenotypic identification, India ink staining, urease testing, chromogenic agar colony morphology, slide culture, and growth ability at 37 °C were examined for all isolates obtained. For molecular identification, Polymerase Chain Reaction (PCR) and Sanger sequencing of the Internal Transcribed Spacer (ITS2) target genomic region were performed. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) analysis was used for the identification of isolates. Isolates evaluated as Cryptococcus spp. in all phenotypic and molecular tests were identified using API 20 C AUX fungal identification tests and their verification was performed in the APIWEB database. As a result of the identification of isolates of yeast and yeast-like microorganisms by phenotypic and molecular methods, 37 species were identified. Three isolates were identified at genus level. However, two isolates could not be identified at either species or genus level. Twenty-two species were identified from dogs, while five were isolated from cats. Isolates that could be identified from both cat and dog samples were separated into 10 species. Aureobasidium pullulans, Filobasidium magnum, Rhodotorula mucilaginosa, Debaryomyces hansenii, Candida parapsilosis, Rhodotorula glutinis, Yarrowia lipolytica, Naganishia albida, Papiliotrema laurentii, Diutina catenulata, Trichosporon asahii, Meyerozyma carpophila, Trichosporon aquatile, Sarocladium strictum, Vishniacozyma victoriae, Meyerozyma guilliermondii, Nakaseomyces glabratus, Naganishia adeliensis, Torulaspora delbrueckii, Candida metapsilosis and Apiotrichum domesticum isolated from cats and dogs were possible pathogenic species for both humans and animals. Additionally, Debaryomyces vindobonensis, Rhodotorula diobovata, Rhodotorula frigidialcoholis, Rhodotorula kratochvilovae, Vishniacozyma tephrensis, Rhodotorula paludigena, Barnettozyma californica, Rhodotorula graminis, Filobasidium stepposum, Phragmotaenium oryzicola, Sampaiozyma ingeniosa, Aureobasidium intercalariosporum, Papiliotrema fonsecae, Rhodotorula alborubescens, Vishniacozyma carnescens and Zalaria obscura were other species isolated from the nasal cavities of dogs and cats. In our study, a total of 12 (12%) N. albida and one (1%) P. laurentii were isolated from dogs. However, these agents were not detected in cats. Additionally, Cryptococcus neoformans or Cryptococcus gatti could not be isolated from both cats and dogs. While N. albida was isolated at a rate of 66% (8/12) in Antalya, 25% (3/12) in Kayseri and 8.33% (1/12) in Istanbul, the relevant agent was not detected in the samples obtained from Mersin. It was determined that N. albida isolation was three times more common in the nasal cavities of female dogs than in male dogs. N. albida was found to be positive in crossbreeds (15.55%), Rottweiler (20%), English Setter (50%), Russian Poodle (50%) and American Pitbull Terrier (100%). N. albida prevalence was found to be higher than the general population (12%) in dogs brought to animal hospitals or veterinary clinics with complaints of trauma (soft tissue damage) (12.5%), parvoviral enteritis (28.57%), weakness/anorexia (50%), epistaxis (nose bleeding) (100%) and cutaneous fungal infection (100%). When the one-year clinical histories of the population of dogs from which N. albida was isolated were compared with the general population of dogs from which samples were taken as a result of anatomopathological surveys, it was observed that N. albida isolation was higher in dogs with skin lesions alone or respiratory symptoms or in dogs with all three systems affected (respiratory, skin and nervous system) compared to the general dog population. Our study concluded that the presence of fungal species in the mycobiota of the nasal cavities of cats and dogs poses a risk to public and animal health. In addition, the presence of some fungal species isolated from the nasal cavities of cats and dogs suggests that more research is necessary to determine the nasal mycobiota of cats and dogs and the possible niches of these species in our country. This is the first study in our country conducted on pathogenic Cryptococcus species in cats and dogs. It was concluded that N. albida is important to be evaluated as a possible pathogen by clinical veterinary experts in our country. As a result of our study, it was understood that these identified pathogens needed to be further investigated to better understand their epidemiology and ecology in Türkiye.
Benzer Tezler
- Kedi ve köpeklerde akut spinal kord travmalarında meloksikamın etkinliğinin klinik olarak değerlendirilmesi
Clinical evaluation of the effectiveness of meloxicam in acute spinal cord trauma in cats and dogs
DİLRUBA PERVAZ ALTUNYUVA
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaCerrahi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OKTAY DÜZGÜN
- Kedi ve köpeklerde açık kırıkların sağaltım teknikleri ve sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of treatment techniques and results of open fracturesof cats and dogs
BURAK GÜRKAŞ
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaCerrahi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT KARABAĞLI
PROF. DR. KÜRŞAT ÖZER
- Kedi ve köpeklerde merkezi sinir sistemi lezyonlarına ilişkin manyetik rezonans görüntüleme ile elde edilen bulguların değerlendirilmesi
Evaluation of magnetic resonance imaging findings related with central nervous system lesionsin cats and dogs
BURCU EZGİ EREGAR
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaCerrahi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM GÜZEL
- Kedi ve köpeklerde tümör olgularının tomografik olarak değerlendirilmesi
Tomographic evaluation of tumor cases in cats and dogs
ALİ ÇABUK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiCerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSA KORKMAZ
- Kedi ve köpeklerde ortopedik vakaların prevalansı
Prevalence of orthopedic cases in cats and dogs
AYA ADEL AHMED HASSAN SHALABI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiCerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM DEMİRKAN