İn siliko analiz yöntemleriyle ınsan CYP2D6 geninde yanlış anlamlı snp'lerin fonksiyonel etkilerinin tahmini
Prediction of the functional impact of missense SNPs in the human CYP2D6 gene using in silico analysis methods
- Tez No: 960087
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışmasında, insanlarda ilaç metabolizmasında görev alan önemli bir enzim olan CYP2D6 genine ait yanlış anlamlı (missense) tek nükleotid polimorfizmleri (SNP'ler) in silico yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Çalışmanın amacı, bu gendeki missense varyantların yapısal ve fonksiyonel etkilerini tahmin araçları yardımıyla değerlendirmek ve potansiyel olarak zararlı etkiler gösteren varyantları belirlemektir. Çalışma kapsamında, CYP2D6 genine ait varyantlar çeşitli biyoinformatik veri tabanlarından elde edilmiştir. Bu varyantların etkilerini belirlemek için SIFT, PolyPhen-2, MutPred2, Panther, FATHMM gibi tahmin araçları kullanılarak toplam 54 SNP'ye ait 167 missense varyant incelenmiştir. Fonksiyonel analizlere ek olarak, belirlenen zararlı varyantların protein stabilitesi üzerindeki etkilerini anlamak için MUpro, I-Mutant 2.0, CUPSAT gibi araçlar kullanılmıştır. Ayrıca, evrimsel korunmuşluk analizi için ConSurf, protein-protein etkileşimleri için STRİNG, gen-gen etkileşimleri için GeneMANIA ve son olarak 3 boyutlu yapısal değerlendirme için HOPE platformları kullanılmıştır. Çoklu analizlerin sonucunda R296S, R296C, R441C ve R365G varyantları beş farklı analiz aracı tarafından zararlı olarak sınıflandırılmış ve çalışmada ön plana çıkan kritik mutasyonlar olarak belirlenmiştir. Bu varyantlar, yapısal ve işlevsel etkileri açısından detaylı olarak değerlendirilmiş ve potansiyel farmakogenetik önemi vurgulanmıştır. Elde edilen bulguların, bireysel ilaç yanıtlarını daha iyi anlamaya yönelik farmakogenetik çalışmalara ve kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarına katkı sağlaması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
In this thesis study, missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the CYP2D6 gene, which encodes an important enzyme involved in drug metabolism in humans, were analyzed using in silico methods. The aim of the study was to determine potentially deleterious variants by evaluating their structural and functional effects with the help of predictive tools. Within the scope of the study, various variants of the CYP2D6 gene were identified from bioinformatics databases. The potential impact of these variants was evaluated using prediction tools such as SIFT, PolyPhen-2, MutPred2, PANTHER, and FATHMM. A total of 54 SNPs corresponding to 167 missense variants were examined. For functional analysis, tools such as MUpro, I-Mutant 2.0, and CUPSAT were used to assess the impact of the identified deleterious variants on protein stability. Additionally, ConSurf was used for evolutionary conservation analysis, STRING for protein–protein interactions, and GeneMANIA for gene–gene interaction analysis. The HOPE platform was utilized for 3D structural evaluations. As a result of multiple analyses, the variants R296S, R296C, R441C, and R365G were identified as deleterious by five different prediction tools and were selected for further structural evaluation. The structural and functional impacts of these critical mutations were analyzed in detail, and their potential pharmacogenetic importance was emphasized. The findings of this study are expected to contribute to pharmacogenetic research and personalized medicine practices by enabling better interpretation of individual drug responses.
Benzer Tezler
- Determination of possible marker miRNA candidates in human colon cancer with bioinformatic analysis methods and investigation of target genes in colon cancer cell lines
Biyoinformatik analiz yöntemleriyle insan kolon kanserinde olası belirteç miRNA adaylarının belirlenmesi ve hedef genlerin kolon kanseri hücre hatlarında araştırılması
SARAH AHMED TULFAH
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YILDIRIM
DR. ÖĞR. ÜYESİ PELİN TELKOPARAN AKILLILAR
- Polisiklik aromatik hidrokarbonlardan krizen ve benzo-a-pirenin, köpek ve insan plasental östrojen reseptörü ifadesi etkilerinin araştırılması ve estradiol ölçümü için biyosensör geliştirilmesi
Investigation of the effects of polycyclic aromatic hydrocarbons chrysene and benzo-A-pyrene on dog and human placental estrogen receptor expression and development of biosensors for estradiol measurement
YAĞMUR TURGUT
Doktora
Türkçe
2021
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEGÜM YURDAKÖK DİKMEN
- Bazı HIV-1 düşük düzey viremi suşlarında etravirin'e karşı dirençlerin in-silico ve in- vitro yöntemlerle araştırılması
Researching of resistance to etravirine in some HIV-1 low-level viremia strains by in-silico and in-vitro methods
OFCAN OFLAZ
- Bartın bölgesinde yayılış gösteren bazı taksonların bitkisel çay potansiyelinin araştırılması
Investigation of herbal tea potential of some taxa distributing in the Bartin region
AVNİ YILDIZBAŞ
Doktora
Türkçe
2026
Gıda MühendisliğiBartın ÜniversitesiOrman Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH İSTEK
- Synthesis of new azole derivatives as EGFR, VGFR inhibitors, evaluation of their biological activities and molecular docking studies
EGFR, VGFR inhibitörleri olarak yeni azol türevlerinin sentezi, biyolojik etkilerinin değerlendirilmesi ve moleküler doking çalışmaları
NOUR ELHUDA KHALED MAHMOUD DAOUD
Doktora
İngilizce
2026
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZAFER ASIM KAPLANCIKLI
PROF. DR. ULVİYE ACAR ÇEVİK