Farklı kanser hücre hatlarında array karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (array CGH) analizi
Array comparative genomic hybridi-zation (array CHG) analysis in di̇fferent cancer cell lines
- Tez No: 960433
- Danışmanlar: PROF. DR. EMİNE ARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Son yıllarda genomik instabilitenin kanser gelişimindeki önemi daha iyi anlaşılmış ve buna bağlı olarak tümörlerdeki yapısal genetik değişimlerin detaylı biçimde incelenmesine yönelik ilgi artmıştır. Array Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (Array CGH) yöntemi, tüm genom düzeyinde yüksek çözünürlükte kopya sayısı değişimlerini (CNV) tespit edebilen, invazif olmayan bir moleküler analiz tekniği olarak öne çıkmaktadır. Bu tez çalışmasının temel amacı, genetik varyasyonların kanserin doku spesifisitesine göre nasıl farklılık gösterdiğini ortaya koymak ve bu doğrultuda kanser biyolojisinde rol oynayan kritik CNV'lerin tanımlanmasıdır. Çalışmada, farklı doku kökenlerine sahip K562 (kronik miyeloid lösemi), MCF7 (meme kanseri) ve HeLa (servikal kanser) hücre hatları karşılaştırmalı olarak analiz edilmiştir. Agilent SurePrint G3 Human CGH Microarray platformu kullanılarak yapılan analizler sonucunda, her üç hücre hattında da belirgin yapısal genetik değişiklikler saptanmıştır. K562 hücre hattında, kan hücrelerine özgü bölgelerde anlamlı kazanım ve kayıplar tespit edilmiştir. MCF7 hücre hattında, meme kanserine özgü bazı önemli gen bölgelerinde CNV'ler gözlenmiş ve bu değişimlerin hastalığın moleküler alt tipleriyle ilişkili olabileceği değerlendirilmiştir. HeLa hücre hattında ise çok sayıda yapısal bozukluk bulunmasına rağmen, bu değişimlerin servikal kanserle doğrudan ilişkisi saptanamamıştır. Elde edilen bulgular, kopya sayısı değişimlerinin kanserin doku kökenine göre farklılık gösterebildiğini ve bazı varyasyonların potansiyel biyobelirteçler olarak değerlendirilebileceğini ortaya koymaktadır. Gelecek çalışmalar kapsamında bu verilerin primer tümör dokularıyla karşılaştırmalı olarak analiz edilmesi ve gen ekspresyon profilleriyle entegre edilmesi, varyantların fonksiyonel ve klinik etkilerinin daha derinlemesine anlaşılmasına katkı sağlayacaktır. Ayrıca, belirlenen aday bölgelerin qPCR veya RNA sekanslama gibi ileri düzey moleküler analizlerle doğrulanması, bulguların biyolojik geçerliliğini artıracaktır.
Özet (Çeviri)
In recent years, the importance of genomic instability in cancer development has become increasingly well understood, leading to a growing interest in the detailed investigation of structural genetic alterations in tumors. Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) has emerged as a non-invasive molecular analysis technique that enables the detection of copy number variations (CNVs) across the entire genome with high resolution. The primary aim of this thesis is to explore how genetic variations differ based on the tissue specificity of cancer and to identify critical CNVs involved in cancer biology. In this study, three cancer cell lines of different tissue origins—K562 (chronic myeloid leukemia), MCF7 (breast cancer), and HeLa (cervical cancer)—were comparatively analyzed. Genomic DNA samples were examined using the Agilent SurePrint G3 Human CGH Microarray platform, and the analyses revealed distinct structural genetic alterations in all three cell lines. In K562 cells, significant gains and losses were identified in genomic regions associated with blood cell lineages. In MCF7 cells, CNVs were detected in gene regions specific to breast cancer, which were considered potentially related to molecular subtypes of the disease. In HeLa cells, numerous structural abnormalities were observed; however, these alterations could not be directly associated with cervical cancer. This finding is consistent with the known high degree of aneuploidy and genetic heterogeneity in the HeLa cell line. The results of this thesis demonstrate that copy number variations vary according to the tissue origin of cancer and that certain genetic alterations may serve as potential biomarkers for specific cancer types. For future studies, integrating these findings with data from primary tumor tissues and gene expression profiles will enhance the understanding of the functional and clinical significance of CNVs. Furthermore, validating the identified candidate regions using advanced molecular techniques, such as qPCR or RNA sequencing, will strengthen the biological relevance of the results.
Benzer Tezler
- Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment
Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini
MELİS DENİZCİ ÖNCÜ
Doktora
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR
- İnsan meme hücreleri MCF-7 ve MDA-MB-435'in mikrorna (MİRRA ) profilleri
Microrna(mirna) profiling of human breast MCF-7 and MDA-MB-435 cells
ŞERİFE BUKET BOZKURT
- İnsan yumurtalık kanseri hücre hatlarında (MDAH 2774 VE OVCAR 3) leptinin apoptoza olan etkileri
The effect of leptin on apoptozes i̇n human ovarian canser cell lines (MDAH 2774 AND OVCAR 3)
AYTAN NAJAFALIYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Kadın Hastalıkları ve DoğumEge ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA COŞAN TEREK
- Mesane kanserinde immunoterapiye yanıtta kanser kök hücrelerinin rolü
Role of cancer stem cells in response to immunotherapy in bladder cancer
YEGANE KOULİEVA ÖZCAN
- Leptin hormonunun OVCAR-3 ve MDAH-2774 over kanseri hücre serilerinde hücre çoğalmasına etkileri ve sitokin/büyüme faktörü değişimleri
Effects of leptin on cell proliferation and cytokine levels in human ovarian cancer cell lines ovcar-3 and mdah-2774
FATİH DİNÇER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Kadın Hastalıkları ve DoğumEge ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA COŞAN TEREK