Geri Dön

Beyinde demir birikimi ile nörodejenerasyon hastalığından sorumlu yeni gen varyantlarının araştırılması

Investigation of new gene variants responsible for neurodegeneration with brain iron accumulation

  1. Tez No: 549292
  2. Yazar: NİHAN HANDE AKÇAKAYA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Nöroloji, Genetics, Neurology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

Beyinde demir birikimi ile nörodejenerasyon (NBIA), basal ganglialarda demir birikimi nedeniyle ilerleyici distoni, spastisite, parkinsonizm, nöropsikiyatrik değişiklikler ve optik atrofi veya retinal dejenerasyon ile seyreden nadir görülen bir grup kalıtımsal hastalık grubunun ortak adıdır. Hastalığın başlangıç yaşı infant dönemden geç erişkinlik dönemine kadar değişkenlik gösterir. Klinik ve genetik olarak heterojen bu hastalık grubunda her gene ait fenotipin tanımlanmış belirgin özellikleri olmakla birlikte çoğu zaman klinik olarak birbirinden ayırt etmek güçtür. Klinik bulgular doğrultusunda moleküler genetik test ile özgül hastalık alt türünün tanısını koymak mümkündür. Bu çalışma hastalık ile ilişkili genlerde klasik ve yeni nesil moleküler yöntemler kullanılarak dizi analizi ile patojenik varyasyonların tespiti yapmak hedeflenmiştir. Bu amaçla klinik olarak iyi karakterize hasta gruplarında uygun aday genler taranmıştır. Aday genlerde hastalık ile ilişkili varyasyon tespit edilemeyen seçilmiş olgularda aday genlerin sayısının çokluğundan dolayı ekzom dizileme yöntemi uygulanmıştır. Tüm genleri bir arada daha hızlı ve yüksek çıktılı olarak ekzom dizileme yöntemi ile incelenmesiyle hastalıkla birebir ilişkili patojenik varyasyon tespit edilirken, hem de fenotipi etkileyici özelliğe sahip diğer varyasyonların araştırılması hedeflenmiştir. Çalışma sonucunda 21 hastada PANK2, 9 hastada C19orf12, birer hastada ise WDR45, PLA2G6, FBXO7 ve HEXB varyasyonları saptanmıştır. Bunlardan 8 tanesi daha önce klinik ile ilişkisi bilinmeyen yeni patojen varyantlardır. Bu çalışmada genetik tanı ve fenotipik yeni tanımlamaların yanı sıra bir erkek hastada X kromozomunda yer alan WDR45 genine ait yeni de novo mozaik bir varyasyonun erkeklerde ekzom datasında X kromozomuna ait heterozigot birçok varyantla birlikte oluşu dikkatimizi çekmiştir. Yeni nesil dizileme verisinde X kromozom heterozigotluğu olarak adlandırılan bu durum tarafımızdan ilk defa yeni bir amaç doğrultusunda kullanılarak, cinsiyet kromozomu mozaiklik tespitini veri güdümlü olarak gerçekleştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Neurodegeneration with brain iron deposition accumulation (NBIA), is a rare group of hereditary diseases which is characterized by progressive dystonia, spasticity, parkinsonism, neuropsychiatric changes and optic atrophy or retinal degeneration due to iron accumulation in basal ganglias. The age of onset varies from infancy to late adulthood. Although, there may be some distinct phenotypic features associated with these genetically heterogeneous diseases, it is often difficult to distinguish each phenotype solely on clinical findings. Molecular genetic testing has been a useful method to diagnose specific disease sub-type in the light of clinical findings. This study has aimed to determine pathogenic variations associated with NIBA subtypes by utilizing classical and new generation molecular methods. For this purpose, appropriate candidate genes were screened in clinically well-characterized patient groups. Due to the high number of candidate genes, whole exome sequencing (WES) method was applied in selected cases. WES is a fast and high-throughput method to screen for all variations in exonic regions that may have a direct effect on phenotype. As a result of the study pathogenic variations in PANK2 for 21 patients, C19orf12 in 9 patients have been detected. Additionally, variations in WDR45, PLA2G6, FBXO7 and HEXB were also detected in individual families with rare subtypes of NIBA. Of these, 8 were new pathogenic variants, which have not been related to the NBIA phenotype before. Along with variations and new phenotypic definitions, a novel de novo mosaic variation in WDR45 gene has attracted our attention due to other heterozygous variants on X chromosome in male exome data. This phenomenon known as X chromosome heterozygosity level in next generation sequencing data was used by our group for the first time to detect data-driven analysis of sex chromosome mosaicity.

Benzer Tezler

  1. Beyinde demir birikimiyle giden nörodejeneratif hastalıklarda (NBIA) nicel duyarlılık haritalaması (QSM) ile demirin kantitatif ölçümü ve klinik korelasyonu

    Quantitative measurement of iron in NBIA patients with quantitative susceptibility mapping and clinical evaluation

    ÖZGE UYGUN YILDIRAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Nörolojiİstanbul Üniversitesi

    Nöroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜHAL YAPICI

  2. Investigation of motor neuron diseases by wes: genetic dissection of a Turkish ALS cohort

    Tüm ekzom dizileme ile motor nöron hastalıklarının analizi: Türk ALS kohortunun genetik incelenmesi

    FULYA AKÇİMEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU

    PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK

  3. Polikistik over sendromu ve hiperprolaktinemi birlikteliği ve prolaktinoma ayırıcı tanısı

    Coexistance of polycystic ovary disease and hyperprolactinemia and differential diagnosis of prolactinoma

    LEVENT DEMİRTAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıYüzüncü Yıl Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA ÖZTÜRK

  4. Beyinde demirin sebep olduğu hücre ölümüne kalsiyum kanal blokerlerinin etkisi

    The Effect of calcium antagonists on the cell death induced by iron administration into the brain

    MEHMET ÖMER BOSTANCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    FizyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. FARUK BAĞIRICI