Investigation of liver metastasis-related transcriptional and translational profiles in colorectal cancer
Kolorektal kanserde karaciğer metastazı ile ilişkili transkripsiyonel ve translasyonel profillerin araştırılması
- Tez No: 964540
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, PROF. DR. SAFİYE NEŞE ATABEY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Onkoloji, Biology, Genetics, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Anabilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 180
Özet
Kolorektal kanser (KRK), dünya çapında kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenlerinden biridir. Yüksek metastaz kapasitesi, hasta prognozunu önemli ölçüde kötüleştirmekte ve tedavi edici seçenekleri sınırlamaktadır. Bu metastatik süreci yönlendiren moleküler programların kapsamlı bir şekilde araştırılması, yeni biyo-belirteçler ve tedaviler geliştirmek için kritik öneme sahiptir. Bu tez çalışması, metastatik potansiyelin ve karaciğeri taklit eden stromal ipuçlarının KRK'nin transkripsiyonel ve translasyonel profillerini nasıl yeniden şekillendirdiğini karakterize etmeyi amaçlamıştır. Bu çalışmada, fonksiyonel in vitro deneyleri ve halka açık hasta kohortlarından (TCGA, GEO, CCLE) elde edilen transkriptomik (RNA-seq) ve translatomik (polizom profilleme) verilerin in silico analizlerini birleştiren çoklu-omik bir yaklaşım kullanılmıştır. Bulgularımız, metastatik modellerin hibrit bir epitelyal-mezenkimal (E/M) fenotip sergilediğini ve karaciğer stromal faktörlerinin klonojenik sağkalımı desteklediğini ortaya koymuştur. Bunların yanında, metastatik koşullarda translasyon ve protein sentezi ile ilgili yolakların transkripsiyon düzeyinde düzensizlik gösterdiği bulunmuştur. Translatomik analizler, metastatik ve p53-negatif hücrelerin invazyon ve adezyonla ilişkili mRNA'ları seçici olarak transle ederken proliferasyonla ilgili olanları baskıladığı bir“ilerle ya da büyü”(go versus grow) durumu ortaya çıkarmıştır. Sonuçta, bu tez çalışması, translasyonel yeniden programlamayı KRK metastazının temel bir özelliği olarak tanımlamakta, hastalığın moleküler mekanizmalarına dair yeni bilgiler sunmakta ve translasyon mekanizmasını gelecekteki terapötik stratejiler için umut verici bir hedef olarak vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC) is one of the most common causes of cancer related death globally. The metastatic spread of CRC is a key driver of lethality and the main factor that limits curative treatment options. Elucidating the molecular processes that drive this metastatic progression is therefore of great relevance for the discovery of novel prognostic biomarkers and development of targeted therapies. The aim of this thesis was to characterize how metastatic potential and liver mimicking stromal signals reshape the transcriptional and translational landscape of CRC. We used a multi-omics experimental and computational strategy that involved functional in vitro assays, in silico validations and modeling of transcriptomic (RNA-seq) and translatomic (polysome profiling) data generated in experimental models coupled with publicly available patient datasets. We first established that metastatic models show a hybrid epithelial-mesenchymal (E/M) state and that the hepatic stroma supports the clonogenic survival of cancer cells. We then discovered that many pathways related to protein synthesis and translation are transcriptionally dysregulated in the metastatic context. However, through translatomic interrogation of global translation we identified an underlying“go versus grow”trade-off under which metastatic and p53 knockout CRC cells upregulate translation of mRNAs that encode proteins involved in invasion and adhesion while simultaneously downregulating those that encode proteins that support proliferation. In conclusion, this thesis identifies translational reprogramming as an intrinsic feature of CRC metastasis, providing new mechanistic insights and highlighting the translational machinery as an appealing target for future therapy.
Benzer Tezler
- Kras mutant kolorektal kanser karaciğer metastazıolan hastalarda mirna'ların rolünün retrospektif araştırılması
Retrospective investigation of the role of mirnas in kras mutant colorectal cancer patients
HATİCE ASLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
OnkolojiBursa Uludağ Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADEM DELİGÖNÜL
- Hepatoselüler karsinom hücrelerinde lncRNA PVT1/ miR145-5p/ABCC-1 gen hattının kemoterapi ve kanser mekanizması üzerindeki etkileri
The impacts of the lnc-RNA PVT1/miR145-5p/ABCC-1 gene pathway on chemotherapy and cancer mechanisms in hepatocellular carcinoma cells
MILAD ASADI
- Deneysel meme tümörü modeline bağlı gelişen karaciğer metastazında gliko-gen ifadelerinin ve glikoprotein yapılarının belirlenmesi ve biyobelirteç potansiyellerinin araştırılması
Determination of glyco-gene expressions and glycoprotein structures in liver metastasis due to experimental breast tumor model and investigation of biomarker potential
NEBİYE PELİN TÜRKER
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELVAN BAKAR
- Proteazom inhibitörü ile flavonoid bileşiği kombinasyonunun kanser hücresi canlılığı ve ilaç yanıtı üzerindeki etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of the proteasome inhibitor and flavonoid compound combination on cancer cell viability and drug response
KÜBRA TOPRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER YAĞCI
PROF. DR. BETÜL YILMAZ
- miR-21 ifadesi arttırılan HEPG2 karaciğer kanseri hücresinde oleandrinin hücre sağkalım ve hücre ölüm mekanizmalarına etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of oleandrin on cell survival and cell death mechanisms in HEPG2 liver cancer cell with increased miR-21 expression
EBRAR KARAKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGE RENCÜZOĞULLARI