Geri Dön

Gen bankası materyalinde dondurma ve saklama koşullarının DNA temelli değerlendirilmesi ve yeni materyal eklenmesi

DNA-based evaluation of freezing and storage conditions in gene bank material and adding new material

PDF İndir

  1. Tez No: 964590
  2. Yazar: AYLİN DEMİRAY
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BENGİ ÇINAR KUL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 109

Özet

Bu çalışmada Yerli Gen Kaynaklarımızı korumak amacıyla başlatılmış TÜRK-HAYGEN projesinin devamlılığını sağlamak hedeflenmiştir. TÜRK-HAYGEN projesi tamamlandıktan sonra Gen Bankası, Uluslararası Hayvancılık Araştırma ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü'nde 2012 yılında kurulmuş ve doğal afetlere tedbir olarak TUBİTAK MAM yerleşkesinde duplikasyonu oluşturulmuştur. Gen bankasında 10 yılı aşkın süredir donuk bekleyen materyalin canlılık kontrolleri 2020 Kasım ayından itibaren rutin olarak devam etmekte ancak TÜRK-HAYGEN projesinin başladığı hedeflerden biri olan 'yerli gen kaynaklarımızın korunması ve gerekli görüldüğü durumlarda gen bankasındaki materyal ile hayvan üretilmesi' hedefine yönelik çalışmalar henüz bulunmamaktadır. Bu proje ile gen bankasındaki materyalin canlılık kontrollerine ek olarak laboratuvar koşullarında üretilmesi hedefiyle materyalin dondurma ve saklama koşullarının DNA üzerinde etkilerine yönelik çalışmalar yaparak olumsuz bir durum tespit edilirse iyileştirme planlaması hedeflenmektedir. Bu amaca yönelik Gen Bankasında bulunan sığırlara ait total DNA izolatı (n=60) ve Mezanşimal (Kıkırdak Fibroblast) hücre örnekleri (n=60) kullanılacaktır. Örneklerin seçiminde genetik faktörlerin ve ilgili laboratuvara bağlı faktörlerin eliminasyonu için Yerli Kara, Boz Irk, Doğu Anadolu Kırmızısı(DAK), Güney Anadolu Kırmızısı(GAK), Güney Sarısı ve Zavot sığır ırklarında eşit oranda(10'ar adet) hayvan seçilmesi çalışmada kontrol grubu amacıyla, yine aynı ırk sığırlardan yukarıda belirtilen örneklem gruplarına paralel olarak sahadan da taze örnekler toplanacaktır. Dondurulup saklanmış ve taze hazırlanmış örnek grupları arasında DNA hasarı yönünden farklılık olup olmadığı total DNA düzeyinde, altın standart olan Comet Assay ile araştırılacaktır. Dondurularak saklanan hücre örneklerinin comet assay analizi ve DNA tamirinden sorumlu APE1 geni ifade farklılığı açısından DNA hasarı yönünden araştırılması ve Türkiye'de yapılacak Gen bankası materyaline ait ilk DNA hasarına yönelik yapılan çalışma olacaktır. Ayrıca sahadan toplanan örnekler Gen Bankasına yeni materyal olarak eklenecek olup, Gen Bankasından kullanılan DNA örnekleri kullanıldıktan sonrasında ve hücre örnekleri ise pasajlanıp çoğaltıldıktan sonra tekrar dondurularak saklanmaya devam edilecektir. Elde edilen materyal ve Gen Bankasından donmuş olarak çalışılacak örnekler uygun protokollerle çözdürülüp çalışılacaktır. Çalışmanın sonunda elde edilen verilerle dondurma ya da saklama koşullarının iyileştirilmesine yönelik alternatif seçenekler önerilebilecektir. Elde edilen DNA örneklerinden TURK-HAYGEN kapsamında çalışılan mikrosatellit lokusları için PCR kurulup fragment analizi ile lokus uzunlukları moleküler karakterizasyon analizleri için hesaplanacaktır.

Özet (Çeviri)

In this study, it is aimed to ensure the continuity of the TÜRK-HAYGEN project, which was initiated to protect our Native Gene Resources. After the TÜRK-HAYGEN project was completed, GenBank was established at the International Livestock Research Institute in 2012 and its duplication was created at the TUBITAK MAM campus as a precaution against natural disasters. The viability checks of the material that has been frozen in the gene bank for more than 10 years have been continuing routinely since November 2020, but there are no studies yet on the target of 'protecting our local gene resources and producing animals with the material in the gene bank when deemed necessary', which is one of the targets of the TÜRK-HAYGEN project. With this project, with the aim of producing the material in the gene bank under laboratory conditions in addition to viability controls, it is aimed to plan the improvement if a negative situation is detected by conducting studies on the effects of freezing and storage conditions of the material on DNA. For this purpose, bovine total DNA isolate (n=60) and Mesenchymal (Cartilage Fibroblast) cell samples (n=60) will be used in the GenBank. For the elimination of genetic factors and factors related to the relevant laboratory in the selection of the samples, equal proportions (10 each) of Native Black, Gray Breed, Eastern Anatolian Red (DAK), Southern Anatolian Red (GAK), Southern Yellow and Zavot cattle breeds were selected as the control group in the study. For this purpose, fresh samples will be collected from the same breed cattle in parallel with the sample groups mentioned above. Whether there is a difference in terms of DNA damage between frozen-stored and freshly prepared sample groups will be investigated by Comet assay analysis. In addition, the samples collected from the field will be added to the GenBank as new material, and the cell samples used from the GenBank will continue to be frozen and stored after they have been passaged and reproduced. The obtained material and the frozen samples from the GenBank will be thawed and studied with appropriate protocols. With the data obtained at the end of the study, alternative options for freezing or improving storage conditions can be suggested. From the DNA samples obtained, PCR will be set up for microsatellite loci studied within the scope of TURK-HAYGEN, fragment analysis and locus lengths will be calculated for molecular characterization analyses. In line with the results, clone animal production from the gene bank material or an organ production under laboratory conditions will be possible. Before these studies, it is necessary for further studies to determine whether there is any damage at the DNA level from freezing and storage conditions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    5817

    Osman Tosun Gen Bankasındaki 97-192 sıra numaralı arpa materyalinde bazı morfolojik ve fizyolojik özelliklerin belirlenmesi

    Determination of some morphological and physiological characters in Barley material 97-192 accession numbered in gene bank of Osman Tosun

    SABRİ ÇAKIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1988

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. H. HÜSEYİN GEÇİT

  2. Tez No

    10200

    Anadolu ve Trakya kökenli buğday genetik materyalinde kimi agronomik özellikler üzerinde incelemeler

    Başlık çevirisi yok

    NAZAN DAĞÜSTÜ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1990

    BotanikUludağ Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİS RUHİ EKİNGEN

  3. Tez No

    266192

    Bazı yerel biber (Capsicum annuum L.) populasyonlarında karakterizasyon çalışmaları

    Characterization studies of some local pepper (Capsicum annuum L.) populations

    SEYFULLAH BİNBİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    ZiraatAdnan Menderes Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜLİN BAŞ

  4. Tez No

    853087

    Bazı yem bitkilerinde ıslah çalışmalarından elde edilen tohumların canlılıkları üzerine depolama sürelerinin etkisi

    The effect of storage period on the vitality of seeds obtained from breeding studies in some forage plants

    YASIR HAZIM MOHSIN MOHSIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatSelçuk Üniversitesi

    Bitki Islahı ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDULLAH ÖZKÖSE

  5. Tez No

    392751

    Ricotia L. (Brassicaceae) cinsinin filogeni ve filocoğrafyası

    Phylogeny and phylogeography of genus Ricotia L. (Brassicaceae)

    BARIŞ ÖZÜDOĞRU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. SADIK ERİK

    PROF. GALİP AKAYDIN

Geri Dön