Abiyotik stres altında fasulyede (phaseolus vulgaris L.) bulunan ZF-HD transkripsiyon faktörü gen ailesinin genom çapında analizi ve ekspresyon profili
Genome-wide analysis and expression profiling of the ZF-HDtranscription factor gene family in common bean (phaseolusvulgaris l.) under abiotic stress
- Tez No: 966181
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKER BÜYÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
Fasulye bitkisi (Phaseolus vulgaris L.), hem dünyada hem de Türkiye'de besin değeri ve ekonomik önemi bakımından büyük bir yere sahiptir. ZF-HD proteinleri, bitki büyümesi, gelişimi ve stres tepkilerinde hayati düzenleyici roller oynayan bir protein ailesidir. İlk olarak Flaveria bitkisinde keşfedilen bu proteinler, iki korunmuş alana sahiptir. Bunlardan birincisi C2H2 tipi Zinc Finger, DNA'ya bağlanır ve protein-DNA etkileşimlerini artırır. İkincisi ise homeodomain, yaklaşık 60 korunmuş amino asit içeren ve DNA'ya bağlanan bir alandır. Ayrıca protein-protein etkileşimlerinde de rol oynar. ZF-HD proteinleri, DNA bağlanma ve transkripsiyon düzenleme özellikleriyle dikkat çeker, ayrıca bitkilerin hormon sinyalleşmesi ve çevresel streslere karşı adaptasyonunda önemli rol oynar. Bu tez çalışmasında, fasulye bitkisinde ZF-HD gen ailesine ait 19 üye tespit edilmiştir. Çalışmada PvZF-HD genlerinin filogenetik ilişkileri, proteinlerin korunmuş motifleri, intron-ekzon yapıları, kromozomlardaki dağılımı, promotör bölgelerindeki cis-elementlerin analizi, tandem ve segmental duplikasyonlar durumları, proteinlerin üç boyutlu yapısına dayalı homoloji analizi yapıları ve miRNA analizleri uygulanmıştır. Seçilen genlerin kuraklık stresi altındaki ifade düzeyleri, RNA-seq verileri temel alınarak belirlenmiş ve bu bulgular qPCR yöntemiyle doğrulanmıştır. Bu analizler sonucunda fasulyedeki evrimsel süreçler açıklanmış ve elde edilen bulguların gelecekteki araştırmalara katkı sağlayabileceği öngörülmüştür.
Özet (Çeviri)
The common bean (Phaseolus vulgaris L.) holds significant nutritional and economic importance both globally and in Türkiye. ZF-HD proteins constitute a family of regulatory proteins that play critical roles in plant growth, development, and responses to environmental stresses. Originally identified in Flaveria species, these proteins are characterized by two conserved domains. The first is a C2H2-type zinc finger domain that binds to DNA and enhances protein-DNA interactions. The second is a homeodomain containing approximately 60 conserved amino acids, which also participates in DNA binding and facilitates protein-protein interactions. ZF-HD proteins are noteworthy for their DNA-binding capabilities and transcriptional regulatory functions, and they are involved in hormone signaling and adaptation mechanisms under environmental stress conditions in plants. In this study, 19 members of the ZF-HD gene family were identified in common bean. Comprehensive analyses were performed, including the phylogenetic relationships of PvZF-HD genes, conserved protein motifs, intron-exon structures, chromosomal distribution, cis-regulatory elements in promoter regions, patterns of tandem and segmental duplications, homology-based 3D protein structure predictions, and miRNA targeting analyses. The expression levels of selected genes under drought stress were determined based on RNA-seq data and subsequently validated using qPCR analysis. The outcomes of these investigations contribute to a deeper understanding of the evolutionary processes of ZF-HD genes in common bean and are expected to provide valuable insights for future research.
Benzer Tezler
- Fasulye'de (Phaseolus vulgaris L.) b-box gen aı̇lesı̇ üyelerı̇nı̇n genom çapında tanımlanması, gelı̇şı̇m ve stres tepkı̇lerı̇ sırasında ı̇fadelerı̇
Genome-wide identification of b-box gene family members in bean (Phaseolus vulgaris L.) and their expression during development and stress responses
ONUR ALTAY AKDAŞ
- Fasulye GST gen ailesinin genom çaplı analizi ve fasulye dehidroaskorbat redüktaz 1 (PvDHAR1) geninin tütün (Nicotiana benthamiana) bitkisinde kuraklık stresi altında aşırı ifade edilmesi
Genome-wide analysis of the bean GST gene family and over-expression of the bean dehydroascorbate reductase 1 (PvDHAR1) gene under drought stress in tobacco (Nicotiana benthamiana)
SELMAN MUSLU
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE İLHAN
- Fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) tuz stresinde ferulik asitin bazıfizyolojik, biyokimyasal ve moleküler etkilerinin belirlenmesi
Determination of some physiological, biochemical and molecular effects of ferulic acid on salt stress in bean (Phaseolus vulgaris L.)
BÜŞRA HİLAL YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatAtatürk ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA ARSLAN YÜKSEL
- Fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) melatoninin tuz stresindeki etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of melatonin on salt stress in common bean
İLYAS ASAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT AYDIN
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde Yabby ve Dof genlerinin kuraklık stresi ile olan ilişkilerinin salisilik asit etkisiyle karşılaştırmalı olarak gen ifadesi düzeyinde incelenmesi
Investigation of the Yabby and Dof transcription factors at gene expression level during drought stress conditions in Phaseolus vulgaris L. and the effect of salicylic acid
ARZU GİZEM KIRICI