Genetik nedenli olduğu düşünülen ve ağır hastalık bulguları gösteren yenidoğanlarda hızlı tüm ekzom dizilemenin tanıdaki yeri
Role of rapid whole exome sequencing in critically ill newbornswith a preliminary diagnosis of genetic syndrome
- Tez No: 966606
- Danışmanlar: PROF. DR. TAHİR ATİK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Çocuk Genetik Hastalıkları Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Giriş: Tüm ekzom dizileme (Whole Exome Sequencing-WES), insan genomundaki yaklaşık 20.000 genin eş zamanlı dizilenmesini sağlayarak monogenik hastalıkların tanısında önemli bir araç haline gelmiştir. Son yıllarda klinik uygulamalarda kullanım sıklığı artmakla birlikte, özellikle çoklu sistem tutulumu ve konjenital anomalileri olan olgularda tanıya ulaşmadaki başarısı %30–50 arasında bildirilmektedir. Ancak yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde WES'in rutin kullanımı henüz yaygınlaşmamıştır. Kritik durumdaki yenidoğanlarda hızlı ve doğru tanıya ulaşmak, hem tedavi sürecini yönlendirmek hem de prognoz ve aile danışmanlığı açısından hayati önem taşımaktadır. Bu çalışmada, yenidoğan yoğun bakım servisinde yatan ve monogenik hastalık şüphesi taşıyan hastalarda hızlı WES'in tanı ve tedavi sürecine katkısının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Bu çalışmada, yenidoğan yoğun bakım servisinde yatmakta olan ve monogenik hastalık şüphesi taşıyan, klinik bulgular ve aile öyküsü ile desteklenen 8 hasta incelenmiştir. Hastaların tümü çocuk genetik hastalıkları uzmanı tarafından muayene edilerek fizik muayene bulguları kaydedilmiş; laboratuvar ve klinik verileri hasta dosyalarından elde edilerek olgu rapor formlarına aktarılmıştır. Hastalara hızlı WES uygulanmış ve analizler, klinik bulgular ile birlikte yeni nesil dizileme veritabanları kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 8 hastanın 6'sı kız, 2'si erkekti; yaşları doğumdan itibaren 1 ile 60 gün arasında değişmekte olup, yaş ortalaması 25,5 gündü. Üç hastada ebeveynler arasında akrabalık öyküsü mevcuttu. WES sonucunda beş hastada (Olgu 1, 4, 5, 7 ve 8) klinik bulgularla ilişkili patojenik veya olası patojenik varyantlar saptandı. Üç hasta (Olgu 5, 6 ve 7) WES sonucu çıkmadan önce, bir hasta (Olgu 1) ise WES sonucu çıktıktan sonra yaşamını yitirmiştir. Olguların WES sonuçlanma süresi ortalama 6 hafta olup, bu süre 4 ila 12 hafta arasında değişmekteydi. Hastaların %50'sinde genotip-fenotip ilişkisini destekleyen varyantlar saptanmıştır. Sonuç: Bu çalışma, WES'in, özellikle etiyolojisi belirlenememiş ve ileri düzey yenidoğan yoğun bakım gereksinimi olan hastalarda tanısal süreci hızlandırarak klinik yönetimi olumlu etkilediğini göstermektedir. Hızlı genetik tanı sayesinde uygun tedaviye erken başlanmakta, gereksiz ilaç kullanımı azaltılmakta ve genetik danışmanlık süreçleri daha etkin yürütülebilmektedir. Elde edilen genetik veriler, ayrıca taşıyıcılık taramaları gibi ikincil sağlık uygulamalarına da katkı sağlamaktadır. Bu bağlamda, hızlı WES'in, nadir genetik hastalıkların erken tanı ve yönetiminde artan bir öneme sahip olduğu ve multidisipliner klinik-genetik yaklaşımın vazgeçilmez bir parçası haline geldiği sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Introduction: Whole Exome Sequencing (WES), which enables the simultaneous sequencing of approximately 20,000 genes in the human genome, has become a significant tool in the diagnosis of monogenic disorders. Although its clinical use has increased in recent years, especially in cases with multisystem involvement and congenital anomalies, diagnostic yield remains between 30% and 50%. However, WES is not yet routinely implemented in neonatal intensive care units (NICUs). In critically ill neonates, rapid and accurate diagnosis is vital for guiding treatment decisions, prognosis, and genetic counseling. This study aimed to evaluate the contribution of rapid WES to the diagnostic and therapeutic process in NICU patients with suspected monogenic diseases. Methods: Eight patients admitted to the NICU with clinical findings and family histories suggestive of monogenic disorders were included in this study. All patients underwent physical examinations by a pediatric genetics specialist. Clinical and laboratory data were collected from patient files and recorded in case report forms. Rapid WES was performed for each patient, and sequencing data were analyzed using next-generation sequencing databases in conjunction with clinical findings to establish a molecular diagnosis. Results: Of the eight patients included, six were female and two were male. Ages ranged from 1 to 60 days, with a mean of 25.5 days. A history of consanguinity was present in three cases. Pathogenic or likely pathogenic variants associated with the clinical presentation were identified in five patients (Cases 1, 4, 5, 7, and 8). Three patients (Cases 5, 6, and 7) died before WES results were available, and one patient (Case 1) died shortly after WES findings were reported. A diagnostic yield of 50% (4/8) was observed. The average turnaround time for WES results was 6 weeks, ranging from 4 to 12 weeks. Conclusion: This study demonstrates that WES accelerates the diagnostic process and positively impacts clinical management in critically ill neonates, particularly when the etiology is unclear. Early molecular diagnosis facilitates the initiation of targeted therapies, prevents unnecessary treatments, and enhances the effectiveness of genetic counseling. Furthermore, WES data can guide secondary healthcare practices, including carrier screening. Rapid WES is increasingly playing a vital role in the early diagnosis and management of rare genetic disorders and contributes significantly to healthcare delivery as part of a multidisciplinary clinical-genetic approach.
Benzer Tezler
- The role of oxidative stress factors in the pathophysiology of Ocular Rosacea, analysis of tears and other materials
Oküler Rosacea patofizyolojisinde oksidatif stres faktörlerinin rolü, gözyaşı ve diğer materyallerin analizi
NİLÜFER YEŞİLIRMAK
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaGazi ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESLİHAN BUKAN
PROF. DR. JEAN-LOUIS BOURGES
- Hashimoto tiroiditli çocuklarda klinik ve laboratuar inceleme ve tedavi izlem sonuçlarının değerlendirimesi
Study of the clinical and laboratory findings of hashimoto's thyroiditis and the evaluation of treatment and long term follow-up in children and adolescents
ALİ SATAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RÜVEYDE BUNDAK
- Yaygın değişken immün yetmezlik tanılı hastalarda LRBA defektinin araştırılması
Investigation of LRBA defect in patients with common variable immunodeficiency
DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ
Doktora
Türkçe
2017
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe Üniversitesiİmmünoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN
- Kalıtsal risk faktörlerinin (Faktör V 1691 G->A; 4070 G->A; protrombin 20210 G->A; endotelyal nitrik oksit sentaz 894 G->T; plazminojen aktivatör inhibitör-1 - 675 4G/5G; doku plazminojen plazminojen aktivatörü Alu I/D) akciğer embolisine etkisinin T
Effect of gene alterations (Factor V 1691 G->A; prothrombin 20210 G->A; endothelial nitric oxide synthase 894 G->T; plasminogen activator inhibitor-1 -675 4G/5G; tissue plasminogen activator AluI/D) to pulmonary embolism in Turkish patients
ERKAN YILMAZ
Doktora
Türkçe
2004
BiyolojiGazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. LEYLA AÇIK
PROF.DR. NEJAT AKAR
- Molecular characterization of a boron-resistant yeast mutant obtained by evolutionary engineering
Evrimsel mühendislik ile elde edilmiş bor stresine dirençli mutant mayanın moleküler karakterizasyonu
MUSA TARTIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR