Gliomada IDH2 R172K mutasyonunun erken dönem teşhisine yönelik damlacıklı dijital PCR temelli moleküler tanı metodu geliştirilmesi
Development of a droplet digital PCR-based molecular diagnostic method for early detection of IDH2 R172K mutation in glioma
- Tez No: 967366
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHSİN KONUK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nörobilim Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Nörobilim Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
Bu tez çalışmasında, gliomaların tanısında öneme sahip IDH2 R172K mutasyonunun tespitine yönelik yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip damlacıklı dijital PCR (ddPCR) temelli moleküler tanı medotu geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gliomalar, merkezi sinir sisteminde yer alan glial hücrelerden köken alan ve genellikle malign seyreden tümörlerdir. Türkiye'de gliomaya bağlı insidans ve mortalite oranlarının yüksek olması, bu tümörlerin erken tanısını daha da önemli hale getirmektedir. Çalışmada, düşük oranlarda bulunan mutasyonların doğru ve güvenilir şekilde tespitine olanak sağlayan damlacıklı dijital PCR (ddPCR) yöntemi kullanılmıştır. IDH2 genindeki hedef mutasyona özgü primer ve problar tasarlanarak, ddPCR yöntemiyle özgül ve kantitatif analizler gerçekleştirilmiştir. Uygulanan yöntem ile, düşük yoğunlukta bulunan mutasyonların güvenilir şekilde tespit edilebildiği ve analizlerin yüksek tekrarlanabilirlik gösterdiği belirlenmiştir. Ayrıca ddPCR sisteminin, geleneksel PCR yöntemlerine kıyasla daha düşük örnek hacmiyle daha hassas sonuçlar verdiği gözlemlenmiştir. Elde edilen bulgular, geliştirilen ddPCR yönteminin düşük konsantrasyondaki IDH2 R172K mutasyonlarını güvenilir ve tekrarlanabilir biçimde tespit ettiğini göstermiştir. Optimizasyon sonuçları, metodun minimal örnek hacminde yüksek hassasiyet sunduğunu ortaya koymuştur. Performans analizleri doğruluk, duyarlılık ve ölçüm belirsizliği açısından metodun klinik kullanım için uygun olduğunu gösterilmiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışması kapsamında geliştirilen ddPCR tabanlı moleküler tanı yöntemi ile gliomalarda yaygın olarak görülen IDH2 R172K mutasyonunun doğru, hassas ve tekrarlanabilir şekilde tespiti mümkün hale gelmiştir. Bu metodun, glioma tanısı, biyobelirteç temelli tarama ve hasta takibinde yaygın olarak kullanılabileceği önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
This thesis study aims to develop a highly sensitive and specific droplet digital PCR (ddPCR)-based molecular diagnostic method for the detection of the IDH2 R172K mutation, which is important in the diagnosis of gliomas. Gliomas are tumors originating from glial cells in the central nervous system and generally exhibit malignant behavior. The high incidence and mortality rates associated with gliomas in Turkey make the early diagnosis of these tumors even more critical. In this study, the ddPCR method, which allows for the accurate and reliable detection of mutations present at low levels, was employed. Mutation-specific primers and probes targeting the IDH2 gene were designed, and specific and quantitative analyses were conducted using the ddPCR technique. The applied method demonstrated reliable detection of low-abundance mutations with high reproducibility. Additionally, it was observed that the ddPCR system provides more sensitive results with smaller sample volumes compared to conventional PCR methods. The results showed that the developed ddPCR method reliably and reproducibly detects low-frequency IDH2 R172K mutations. Optimization results revealed that the method offers high sensitivity with minimal sample volume. Performance analyses indicated that the method is suitable for clinical use in terms of accuracy, sensitivity, and measurement uncertainty. In conclusion, the ddPCR-based molecular diagnostic method developed within the scope of this thesis enables accurate, sensitive, and reproducible detection of the commonly observed IDH2 R172K mutation in gliomas. It is suggested that this method be widely used in glioma diagnosis, biomarker-based screening, and patient monitoring.
Benzer Tezler
- Liquid biopsy analysis in Glioma: Pre-operative detection of IDH1, IDH2 and tert gene mutations in circulating free tumor DNA
Glıoma'da likit biyopsi analizi: Kanda dokaşan serbest tümör DNA'sındaki IDH1, IDH2 ve tert gen mutasyonlarının pre-operatif tespiti
MAİDE NUR PAKSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikBahçeşehir ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TİMUÇİN AVŞAR
- Investigation of isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) mutation induced molecular and cellular changes in glioma
Glioma'da ızositrat dehidrogenaz 1 (IDH1) mutasyonunun sebep olduğu moleküler ve hücresel değişikliklerin incelenmesi
TANSU BİLGE KÖSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikBahçeşehir ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TİMUÇİN AVŞAR
- Evaluation of a cell migration- and autophagy-related kinase as a novel drug target in pediatric glioma
Pediatrik gliomada hücre göçü ve otofajiye bağlı kinazın yeni bir ilaç hedefi olarak değerlendirilmesi
GAMZE DEVECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK
- Suramin'in C6 gliomada telomeraz aktivitesi üzerine etkisi
Effect of suramin on telomerase activity in C6 glioma
MİNE ERGÜVEN
- Functional genetic screens to uncover the roles of chromatin modifiers in IDH-mutant glioma
IDH-mutant gliomada kromatin değiştiricilerin rollerini ortaya çıkarmak için fonksiyonel genetik taramalar
FULYA MİNA KÜÇÜKTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
