Functional genetic screens to uncover the roles of chromatin modifiers in IDH-mutant glioma
IDH-mutant gliomada kromatin değiştiricilerin rollerini ortaya çıkarmak için fonksiyonel genetik taramalar
- Tez No: 818856
- Danışmanlar: PROF. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Gliomalar, merkezi sinir sistemi tümörleri arasında yer alan ve dört farklı sınıfa ayrılan bir grup tümördür. Özellikle en agresif tür olan dördüncü sınıf glioblastoma, önemli bir sağlık tehdidi oluşturur. Gliomalar içinde yer alan IDH-mutant gliomalar, tedavilere daha olumlu ve hassas bir yanıt gösterme eğilimindedir, bu da onları hedefe yönelik tedaviler için ilgi çekici kılar. Bu tez, özel olarak tasarlanmış bir CRISPR-Cas9 epigenetik kütüphane olan EPIKOL kullanarak IDH-mutant gliomaların hassasiyetine yol açan temel epigenetik düzenleyicilerin araştırılmasına odaklanmaktadır. Tezin ilk bölümünde, A172 glioma hücre hattından IDH-wildtype ve IDH-mutant hücreler üretilmiştir. Ardından, bu hücre hatları üzerinde EPIKOL kütüphanesi ile CRISPR-Cas9 aracılı tarama yapılarak IDH-wildtype ve IDH-mutant glioma hücrelerinin hayati öneme sahip temel epigenetik düzenleyicileri belirlenmiştir. Aday genler daha sonra hücre canlılığı ve koloni oluşturma kabiliyeti gibi işlevsel in vitro deneylerle doğrulanmıştır. Doğrulanan genler arasında, histon modifikasyonu ve gen ekspresyon düzenlemesi ile ilişkili komplekslerde rol alan RBBP7, IDH-mutant glioma hücreleri için potansiyel bir temel hedef olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, ileri deneyler ve analizlerle IDH-mutant gliomalar için yeni terapötik hedeflerin belirlenmesine temel oluşturacaktır. Moleküler mekanizmalar hakkında daha derinlemesine bilgi edinmek için RBBP7'nin transkriptomik etkileşimleri RNA-seq analizi ile incelenecektir. Temel epigenetik düzenleyicilerin araştırılması, bu zorlu beyin tümörüyle mücadelede hedefe yönelik tedavilere yönelik umut vaat eden yollar sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Gliomas, a malignant group of central nervous system tumors, pose a significant health threat, particularly grade IV glioblastoma, which is the most aggressive type. Among gliomas, IDH-mutant gliomas exhibit a more favorable response to therapies, making them an intriguing target for precision treatments. This thesis delves into the investigation of essential epigenetic modifiers that may underlie vulnerabilities in IDH-mutant gliomas using a custom designed CRISPR-Cas9 epigenetic library called EPIKOL. In the first part of the thesis, IDH-wildtype and IDH-mutant cells were generated from the A172 glioma cell line. Subsequently, CRISPR-Cas9 mediated screening with the EPIKOL library was performed on these cell lines to identify epigenetic modifiers that are essential for IDH-wildtype and/or IDH-mutant glioma cells. The candidates were then validated through functional in vitro assays, focusing on cell viability and colony formation ability. Among the validated genes, RBBP7, which plays a role in complexes involved in histone modification and gene expression regulation, emerged as a potential essential regulator of IDH-mutant glioma cells. Overall, the findings from this study lay the foundation for identifying novel therapeutic targets for IDH-mutant glioma through further experiments and analyses. Future work will dissect out the gene regulatory function of RBBP7 in IDH-mutant cells using RNA sequencing. The investigation of essential epigenetic modifiers offers promising avenues for precision treatments in combating this challenging form of brain tumor.
Benzer Tezler
- Functional genetic screens of chromosome 1q in breast cancer via 2D and 3D in vitro models
İki boyutlu ve üç boyutlu in vitro modeller ile meme kanserinde kromozom 1q'nun fonksiyonel genetik taraması
HANDE ÖZKAN
Doktora
İngilizce
2024
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE KORKMAZ
- The structure-function relationships underlying drosophila larval chemotaxis
Başlık çevirisi yok
İBRAHİM TASTEKİN
- Analysis of PI(3,5)P2 throughout mitosis
PI(3,5)P2'nun mitoz boyunca analizi
CANSU DİLEGE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE KOCA ÇAYDAŞI
YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- Meme kanseri olgularında genomdaki klinik önemi bilinmeyen değişiklikler sinyal yolakları ile ilişkili midir?
Are changes of unknown clinical significance in the genome related to signaling pathways in breast cancer cases?
SEZEN GÜNTEKİN ERGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN
- Translation control of the nuclear pore complex component pom34 by the spindle pole body duplication machinery
Çekirdek poru kompleksi üyesi pom34'ün maya sentrozomu eşleme mekanizması tarafından translasyonel kontrolü
BENGÜ SEZEN
Doktora
İngilizce
2009
BiyolojiRuprecht-Karls-Universität-HeidelbergMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELMAR SCHIEBEL
DR. OLİVER GRUSS