Psikrotolerant pseudomonas sivasensis R11S16 izolatından yqia/ycfp geninin moleküler klonlanması, heterolog ifadesi, karakterizasyonu ve antibiyotik giderim potansiyelinin araştırılması
Molecular cloning, heterologous expression, characterization and antibiotic removal potential of the yqia/ycfp gene from the psychrotolerant pseudomonas sivasensis r11s16 isolate
- Tez No: 967597
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALİ OSMAN ADIGÜZEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Sunulan bu çalışma kapsamında; Kaçkar dağlarından izole edilerek 16S rRNA gen dizisi temelinde Pseudomonas sivasensis R11S16 olarak tasarlanan psikrotolerant bakteri suşundaki esteraz enzimi kodlama potansiyeli olan yqiA/ycfP genleri pET20b(+) vektörüne klonlanarak E.coli BL21(DE3)'te ifade edilmiştir. Enzim aktivitesi analizlerinde substrat olarak p-nitrofenil bütirat kullanılmıştır. Bir ünite (U) enzim aktivitesi, substrattan dakikada 1 µmol p-nitrofenol salınımına neden olan enzim miktarı olarak tanımlanmıştır. Toplam protein miktarı ise Bradford yöntemi ile tahmin edilmiştir. Buna göre, amfisilinli LB besiyerinde 100 mM IPTG varlığında rekombinant molekülü/vektörü barındıran E. coli klonunun 25 °C ve 150 rpm'de 12 saat inkübasyonu ile üretilen enzim miktarı 0,510 U/mL olarak tespit edilmiştir. Histidin etiketi yardımıyla saflaştırılan enzim kısmen karakterize edilmiştir. Enzimin en iyi aktivite gösterdiği sıcaklığın 20 °C, pH'nın ise 9 olduğu tespit edilmiştir. Reaksiyon karışımında %1 NaCl varlığının enzim aktivitesini arttırdığı tespit edilmiş olup, NaCl'nin %16'ya kadar arttırılması enzim aktivitesinde önemli bir düşüşe neden olmamıştır. Metal iyonları arasından; Ba2+, Ca2+, K+, Mg2+ ve Co+2'ın (1 ve 10 mM) enzim aktivitesini arttırdığı, Cu2+, Fe2+ ve Ni2+nin ise azalttığı belirlenmiştir. Sürfektanlar arasından; Tween 20 ve SDS'in 1 ve 10 mM, Triton X-100'ün ise 10 mM konsantrasyonda enzim aktivitesini azalttığı, öte yandan 1 mM Triton X-100'ün aktiviteyi düzenlediği gözlemlenmiştir. Ayrıca; reaksiyon karışımına son konsantrasyonları %10 ya da %30 olacak şekilde etanol, metanol, kloroform, aseton, izopropanol, DMSO ve bütanol ilavesinin enzim aktivitesinde önemli seviyede azalmaya neden olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, the yqiA/ycfP genes, which has the potential to code for the esterase enzyme in the psychrotolerant bacterial strain isolated from the Kaçkar Mountains and designed as Pseudomonas sivasensis R11S16 based on the 16S rRNA gene sequence, was cloned into the pET20b(+) vector and expressed in E. coli BL21(DE3). In enzyme activity analyses, p-nitrophenyl butyrate was used as the substrate. One unit (U) of enzyme activity was defined as the amount of enzyme that causes the release of 1 µmol p-nitrophenol from the substrate per minute. The total protein amount was estimated by the Bradford method. Accordingly, the amount of enzyme produced by incubating the E. coli clone harboring the recombinant molecule in the presence of 100 mM IPTG in ampicillin-containing LB medium at 25 °C and 150 rpm for 12 hours was determined as 0.510 U/mL. The enzyme purified with the help of histidine tag was partially characterized. It was determined that the temperature at which the enzyme showed the best activity was 20 °C and pH 9. It was found that the presence of 1% NaCl in the reaction mixture increased the enzyme activity, and increasing NaCl up to 16% did not cause a significant decrease in the enzyme activity. Among the metal ions; it was determined that Ba2+, Ca2+, K+, Mg2+and Co2+ (1 and 10 mM) increased the enzyme activity, while Cu2+, Fe2+and Ni2+ decreased it. Among the surfactants; it was observed that Tween 20 and SDS at 1 and 10 mM, and Triton X-100 at 10 mM concentrations decreased the enzyme activity, while 1 mM Triton X-100 regulated the activity. In addition; it was determined that the addition of ethanol, methanol, chloroform, acetone, isopropanol, DMSO and butanol to the reaction mixture at final concentrations of 10% or 30% caused a significant decrease in enzyme activity.
Benzer Tezler
- Kutup izolatı Pseudomonas fragi AC'de soğuk şok proteinleri (CSP2 ve CSP5)'nin moleküler ve in silico karakterizasyonu
Molecular and in silico characterization of cold shock proteins (CSP2 and CSP5) in polar isolate Pseudomonas fragi AC
ÖMER KONUKSEVER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLIHAN KURT KIZILDOĞAN
- Doğu Anadolu Bölgesinde bulunan su kaynaklarından soğuğa adapte olmuş bakterilerin izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve enzim üretme potansiyellerinin araştırılması
Examining the isolation, molecular characterization and research of potentials of enzyme production of cold adapted bacteria from water resources in Eastern Anatolia
SELMAN MUSLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ADIGÜZEL
- Kaçkar Dağları'ndan psikrofilik ve psikrotolerant bakterilerin izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve biyoteknolojik potansiyelinin belirlenmesi
Isolation, molecular characterization and determination of biotechnological potential of psychrophilic and psychrotolerant bacteria from Kaçkar Mountains
EMRE KARAKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HAYRETTİN SAYGIN
- Kutup tatlı su ve deniz suyu örneklerinden psikrofil ve psikrotolerant mikroorganizmaların izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of psychrophile and psycrotolerant microorganisms from polar fresh water and sea water samples
FULYA ÖZAYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLIHAN KURT KIZILDOĞAN
- Recombinant production and characterization of chitinase enzyme from Pseudomonas mandelii KGI_MA19
Pseudomanas mandelii KGI_MA19 organızmasına ait kitinaz enziminin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
EMİNE TUĞÇE SARAÇ CEBECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER