Role of long non-coding RNA negative regulator of antiviral response (NRAV) in the regulation of interferon inducible gene expression in braf-mutant melanoma
Uzun kodlanmayan RNA antiviral yanıtı negatif düzenleyici (NRAV)'nin braf-mutant melanomada interferon ile uyarılan genlerin ifadelerinin düzenlenmesindeki rolü
- Tez No: 969735
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ATAKAN EKİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Bağışıklık yanıtı, Kodlamayan RNA, Melanom, RNA, Tümör hücreleri-kültürü yapılmış, Tümör mikroçevresi, İnterferon-gamma, İnterferonlar, Immune response, Non-coding RNA, Melanoma, RNA, Tumor cells-cultured, Tumor microenvironment, Interferon-gamma, Interferons
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışması, uzun kodlamayan RNA'lardan (lncRNA) biri olan NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response)'in BRAF mutasyonu taşıyan melanom hücrelerinde interferon (IFN) uyarılı gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini incelemek-tedir. NRAV daha önce viral enfeksiyon modellerinde interferon yanıtını baskıladığı gösterilmiş bir molekül olmasına rağmen, tümör immünolojisindeki rolü net olarak ortaya konmamıştır. Bu çalışma, NRAV'ın melanom bağlamında bağışıklık sistemine karşı nasıl işlev gördüğünü deneysel olarak değerlendiren ilk çalışmalardan biridir. TCGA-SKCM veri seti üzerinde yapılan biyoinformatik analizlerde, yüksek NRAV ekspresyonunun IFN-α, IFN-γ ve inflamasyon yollarını baskıladığı; bununla birlikte düşük hasta sağkalımıyla ilişkili olduğu gösterilmiştir. A375 melanom hücre hattında oluşturulan NRAV aşırı ekspresyon ve susturma modellerinde yapılan IFN-α ve IFN-γ uygulamaları sonrası, interferon uyarılı genlerin ekspresyon düzeylerinde belirgin farklılıklar gözlenmiştir. NRAV susturulduğunda bu genlerin ekspresyonu artarken, aşırı ekspresyon durumunda baskılanmıştır. Ancak hücre canlılığı ve prolife-rasyon deneylerinde NRAV'in fazla etki yaratmadığı görülmüştür. Hatta literatürün aksine NRAV baskılanmasının kısmi olarak melanom hücre proliferasyonunu arttırdı-ğı görülmüştür. Bu durum NRAV'in hücre canlılığı ve proliferasyona etkisinin tümör tipine özgü olabileceğini ve belki de immünojenik hücre ölümüyle ilişkili olabileceği-ni düşündürmektedir. Epigenetik analizler, NRAV'ın özellikle H3K27me3 düzeylerini artırarak kromatin bazlı baskılama mekanizmalarıyla işlev görebileceğinin ortaya koymuştur. Ayrıca LC-MS/MS analizleri, NRAV'ın YTHDF2 gibi m6A okuyucu pro-teinlerle fiziksel olarak etkileşime girebileceğini göstermiştir. NRAV, interferon yanı-tını hem epigenetik hem de post-transkripsiyonel düzeyde baskılayan bir lncRNA ola-rak melanomda immün kaçışı destekleyici potansiyele sahiptir. Bu nedenle terapötik hedef ve biyobelirteç adayıdır.
Özet (Çeviri)
This study investigates the regulatory role of NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response), a long non-coding RNA (lncRNA), in interferon (IFN)-stimulated gene expression in BRAF-mutant melanoma. While NRAV has previously been linked to suppression of antiviral IFN responses, its function in tumor immunology remains unexplored. This work represents one of the first experimental efforts to characterize NRAV's immune-modulatory role in melanoma. Bioinformatic analyses using the TCGA-SKCM dataset revealed that high NRAV expression is associated with downregulation of IFN-α, IFN-γ, and inflammato-ry gene signatures, along with reduced overall survival. In A375 melanoma cells, NRAV overexpression and knockdown models showed that NRAV represses the ex-pression of ISGs following IFN treatment. Knockdown increased ISG expression, while overexpression led to their suppression. Interestingly, cell viability and proliferation assays revealed limited or unexpected effects. NRAV knockdown slightly enhanced proliferation, contrary to its proposed suppressive function, suggesting a context-dependent role potentially linked to immunogenic cell death. Mechanistically, ChIP showed increased H3K27me3 levels of ISGs in NRAV-overexpressing cells, indicating transcriptional repression. LC-MS/MS analysis further demonstrated NRAV's physical interaction with YTHDF2, a key m6A reader protein. In summary, NRAV appears to modulate IFN responses via both epigenetic and post-transcriptional mechanisms, potentially facilitating immune evasion in melano-ma. These findings support its candidacy as a prognostic biomarker and therapeutic target. Further studies using CRISPR models, co-culture systems, and in vivo experi-ments are needed to clarify its functional impact.
Benzer Tezler
- Examining the roles of NRAV long non-coding rna in type-1 interferon response in NRAs-mutant melanoma and investigating the relevance of long non-coding RNA expression patterns to cancer survival
NRAV uzun kodlamayan RNA'sının nras mutant melanomunda tip-1 interferon yanıtındaki rollerinin incelenmesi ve uzun kodlamayan RNA ifade örüntülerinin kanserde hayatta kalımla ilgisinin araştırılması
EMRE KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ATAKAN EKİZ
- Meme kanserinde antikanser etkinlik gösterebilecek mikroRNA'ların araştırılması
Investigation of microRNAs that may have anticancer activity in breast cancer
SENEM NOYAN
Doktora
Türkçe
2019
Moleküler TıpAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Bipolar bozukluk tanılı hastalarda sirkadiyen ritim genleri ve sirkadiyen ritim ilişkili uzun kodlanmayan rna'ların kronotip, biyolojik ve sosyal ritim özellikleri arasındaki ilişki
The relationship between circadian rhythm genes and circadian rhythm-associated long non-coding rnas with chronotype, biological, and social rhythm in patients diagnosed with bipolar disorder
ASLIHAN AĞCABAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
PsikiyatriGaziantep ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHADIR DEMİR
- Psoriazis vulgaris hastalarında nükleer faktör kappa B (NF- κb) ile ilişkili kodlamayan RNA'ların (ncRNA) analizi
Analysis of nuclear factor kappa B (NF-κb) associated non-coding rnas (ncRNA) in patients with psoriasis vulgaris
SEVİLAY ERTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
DermatolojiPamukkale ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hastalıklar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİDA KAÇAR
- A study on RNA and protein effectors of transcription factor activity and gene expression
Transkripsiyon faktörü aktivitesi ve gen ifadesinde RNA ve protein etkenleri üzerine bir çalışma
AYŞE DERYA CAVGA
Doktora
İngilizce
2019
BiyolojiKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY