Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeruginosa klinik izolatlarında seftazidim-avibaktam duyarlılığı için yöntem karşılaştırılması ve karbapenem direnç genlerinin araştırılması
Comparison of methods for ceftazidime-avibactam susceptibility and investigation of carbapenem resistance genes in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa clinical isolates
- Tez No: 970344
- Danışmanlar: PROF. DR. NİLAY ÇÖPLÜ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, seftazidim-avibaktam, antibiyotik direnci, karbapenemaz geni, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, ceftazidime-avibactam, antibiotic resistance, carbapenemase gene
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET Amaç: Özellikle yoğun bakım ünitelerinde ciddi enfeksiyonlara neden olan Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeruginosa'da karbapenem direnci önemli bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir. KPC ve OXA-48 genleri ile kodlanan karbapenemazlara karşı etkili seftazidim-avibaktam (CZA), bu enfeksiyonların tedavisinde yeni bir seçenektir. Ancak etkinliğinin doğru değerlendirilebilmesi için güvenilir duyarlılık testlerinin kullanılması gereklidir. Altın standart yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (SMD), pratik zorlukları nedeniyle rutin laboratuvarlarda sınırlı kullanılabilmektedir. Bu nedenle disk difüzyon (DD) ve otomatize sistem (VITEK 2) gibi alternatif yöntemlerin CZA direncini belirlemedeki performanslarının değerlendirilmesi önemlidir. Bu çalışmada, karbapenem dirençli K. pneumoniae (KDKP) ve P. aeruginosa (KDPA) izolatlarında CZA duyarlılığının tespitinde SMD ile DD ve VITEK 2 yöntemlerinin karşılaştırılması ve karbapenemaz genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile saptanması amaçlanmıştır. Böylece CZA'nın etkinlik profili belirlenerek uygun tedavi seçimleri desteklenecek ve epidemiyolojik izleme katkı sağlanacaktır. Gereç ve Yöntem: Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Aralık 2023-Mayıs 2024 tarihleri arasında rutin gönderilen klinik örneklerden elde edilen ve VITEK 2 ile meropenem ve /veya imipenem dirençli olarak saptanan 163 K. pneumoniae ve 105 P. aeruginosa izolatında SMD, DD ve VITEK 2 ile eş zamanlı olarak CZA duyarlılığı test edildi. Çalışma izolatlarından, CZA'ya duyarlı/dirençli sayıları eşit olacak şekilde rastgele seçilen 84 KDKP ve 53 KDPA izolatında, multipleks qPCR yöntemiyle KPC, NDM, VIM, IMP, OXA-48, OXA-51, OXA-23 ve OXA-58 genlerinin varlığı araştırıldı. Bulgular: SMD ile VİTEK 2 karşılaştırıldığında KDKP izolatlarında esansiyel uyum (EU) %93,2, kategorik uyum (KU) %100 saptanırken herhangi bir hata gözlenmedi. KDPA izolatlarında ise EU %93,3, KU %97,1 olarak belirlendi ve %2,8 oranında büyük hata (BH) tespit edildi. SMD ile DD karşılaştırıldığında, KDKP izolatlarında KU oranı %98,7, çok büyük hata (ÇBH) oranı %1,2, KDPA izolatlarında KU oranı %95,2, BH oranı %2,8 olarak belirlendi. KDKP izolatının %31'inde OXA-48, %17,9'unda NDM, %15,5'inde KPC, %1,1'inde OXA-23/OXA-58, %29,8'inde OXA-48 ve NDM, %2,4'ünde KPC ve NDM ve %1,1'inde OXA-23/OXA-58 ve OXA-51 genleri pozitif bulundu. KDPA izolatının %34'ünde NDM ve %1,8'inde VIM genleri saptandı. CZA dirençli KDKP izolatlarının %95,2'sinde, KDPA izolatlarının %70,3'ünde metallo-β-laktamaz (NDM/VIM) genleri pozitif saptandı. Sonuç: Verilerimize göre CZA duyarlılığının tespitinde, teknik altyapısı yeterli ve iş yükü yoğun laboratuvarlarda VITEK2 güvenle kullanılabilir. Uygulaması kolay, pratik ve maliyet etkin DD yöntemi ise belirsizlik aralığındaki sonuçların referans yöntemle doğrulanması koşuluyla rutin kullanıma uygundur. Çalışmamızda en sık saptanan karbapenemaz genleri OXA-48 ve NDM olup, bu bulgu ülkemizdeki önceki çalışmalarla uyumludur. Ayrıca sonuçlarımız, CZA'nın metallo-β-laktamaz üreten izolatlara karşı etkisiz olduğunu bildiren literatürü desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa, which cause severe infections especially in intensive care units, has become an important public health problem. Ceftazidime-avibactam (CZA), which is effective against carbapenemases encoded by the KPC and OXA-48 genes, is a new option in the treatment of these infections. However, reliable susceptibility tests must be used to accurately evaluate its efficacy. The gold standard method, broth microdilution (BMD), is limited in routine laboratories due to practical difficulties. Therefore, it is important to evaluate the performance of alternative methods such as disk diffusion (DD) and automated system (VITEK 2) in determining CZA resistance. This study aimed to compare BMD with DD and VITEK 2 methods in detecting CZA susceptibility in carbapenem-resistant K. pneumoniae (CRKP) and P. aeruginosa (CRPA) isolates, and to identify carbapenemase genes by polymerase chain reaction (PCR). Thus, the efficacy profile of CZA will be determined, supporting appropriate treatment choices and contributing to epidemiological surveillance. Materials and Methods: CZA susceptibility was simultaneously tested by BMD, DD, and VITEK 2 in 163 K. pneumoniae and 105 P. aeruginosa isolates that were identified as resistant to meropenem and/or imipenem by VITEK 2, obtained from clinical samples and routinely submitted to the Department of Medical Microbiology, Ankara Bilkent City Hospital, University of Health Sciences, between December 2023 and May 2024. Among these isolates, 84 CRKP and 53 CRPA isolates—randomly selected to include equal numbers of CZA-susceptible and resistant strains—were analyzed by multiplex qPCR for the presence of KPC, NDM, VIM, IMP, OXA-48, OXA-51, OXA-23, and OXA-58 genes. Results: Comparing BMD and VITEK 2; essential agreement (EA) and categorical agreement (CA) in CRKP isolates were 93.2% and 100%, respectively, with no errors observed. In CRPA isolates, EA was 93.3% and CA was 97.1%, while a 2.8% rate of very major error (VME) was detected. Comparing BMD and DD; CA was 98.7% and major error (ME) was 1.2% in CRKP isolates while CA was 95.2% and VME was 2.8% in CRPA isolates. Among CRKP isolates, 31% carried OXA-48, 17.9% carried NDM, 15.5% carried KPC, 1.1% carried OXA-23/OXA-58, 29.8% carried both OXA-48 and NDM, 2.4% carried both KPC and NDM, and 1.1% carried OXA-23/OXA-58 and OXA-51 genes. Among CRPA isolates, 34% carried NDM and 1.8% carried VIM genes. Metallo-β-lactamase (NDM/VIM) genes were detected in 95.2% of CZA-resistant CRKP isolates and 70.3% of CZA-resistant CRPA isolates. Conclusion: According to our data, the VITEK 2 system can be reliably used in laboratories with sufficient technical infrastructure and high workload for the detection of CZA susceptibility. The disk diffusion method, which is simple, practical, and cost-effective, is suitable for routine use if results falling within the uncertainty range are confirmed by a reference method. The most frequently detected carbapenemase genes in our study were OXA-48 and NDM, consistent with previous studies conducted in our country. Furthermore, our results support the literature indicating that CZA is ineffective against isolates producing metallo-β-lactamases.
Benzer Tezler
- Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında kolistin direncinin flow sitometri yöntemi ile araştırılması
Carbapenem resistant klebsiella pneumoniae strains' investigation of colistin resistance by flow cytometry
ŞAFAK CEREN UÇAK
Doktora
Türkçe
2023
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
- Karbapenem dirençli pseudomonas aerugınosa izolatlarında KPC (Klebsıella pneumonıae carbapenemase) geninin araştırılması
Investigation of KPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) genes in carbapenem resistant pseudomonas aeruginosa isolates
İLKNUR BIYIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI
- Ventilatör ilişkili pnömoni olgularındaki bakteriyel patojenler; direnç profillerinin moleküler değerlendirilmesi
Bacterial pathogens in ventilator-associated pneumonia; molecular assessment of resistance profiles
BESİM ÇAM
Doktora
Türkçe
2025
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ LOKMAN HİZMALİ
- Dahiliye yoğun bakım ünitesinde yatarak tedavi gören hastalardan alınan örneklerden izole edilen mikroorganizmaların dağılımı ve antibiyotik duyarlılık/direnç profillerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the distribution of microorganisms isolated from samples collected from patients hospitalized in the internal medicine intensive care unit and their antibiotic susceptibility/resistance profiles
YUSUF ÇAKMAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
İç HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KENAN ÇADIRCI
- Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürü örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların identifikasyonu, antibiyotik duyarlılıkları ve ESBL direnç durumunun araştırılması
Identification, antibiotic susceptibility and investigation of ESBL resistance of microorganisms isolated from blood culture samples of inpatients in intensive care units
OSMAN ORUÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASHABİL AYGAN