Karbapenem dirençli pseudomonas aerugınosa izolatlarında KPC (Klebsıella pneumonıae carbapenemase) geninin araştırılması
Investigation of KPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) genes in carbapenem resistant pseudomonas aeruginosa isolates
- Tez No: 454095
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Karbapenem direnci, Pseudomonas aeruginosa, KPC geni, KİM, Carbapenem Resistance, Pseudomonas aeruginosa, KPC gene, CIM
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Amaç: Çalışmada, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıp Laboratuvarları Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü Bakteriyoloji Laboratuvarına gönderilmiş klinik örneklerden izole edilen 200 Pseudomonas aeruginosa izolatı dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen P. aeruginosa izolatlarında karbapenem direncine neden olan karbapenemaz enzimlerinden biri olan KPC enzimini üreten KPC geninin varlığının moleküler olarak ve çalışma izolatlarının karbapenem inaktivasyon metodu (KİM) karbapenemaz üretiminin tespit edilmesi planlandı. Materyal ve Metot: İzolatların tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Vitek-MS otomatize sistemi kullanılarak yapıldı. Antibiyotik duyarlılığı Vitek2 Compakt otomatize sistemi ile test edildi. P. aeruginosa izolatları moleküler çalışmaya kadar -20°C'de saklamaya alındı. Karbapenem dirençli izolatların kaynatma yöntemiyle DNA ekstraksiyonu yapıldı. DNA ekstraksiyonundan sonra özgün primer kullanılarak optimizasyon işlemi yapıldı. Optimizasyondan sonra Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle KPC gen varlığı P. aeruginosa izolat araştırıldı. Ayrıca çalışma izolatlarının karbapenemaz üretimi fenotipik bir test olan KİM ile belirlendi. Bulgular: İzolatların en fazla olarak trakeal aspirat kültüründen (% 34,5) izole edildiği saptandı. P. aeruginosa örneklerinin en büyük bölümü dahiliye servisinden (% 36) izole edildiği belirlendi. PZR ile P. aeruginosa izolatlarının hiç birinde KPC geni belirlenemedi. Çalışma suşlarına uygulanan KİM'nun sonuçlarına göre suşların 22'si pozitif, 178'si negatif olarak saptandı. Sonuç: Bizim çalışmamızda P. aeruginosa izolatlarında KPC geni tespit edilmemiş ve KİM'na göre karbapenemaz üreten 22 pozitif izolat belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Aim: This study was included 200 Pseudomonas aeruginosa isolates, which isolated from clinical samples and sent to Bacteriology Laboratory of Medical Microbiology Department of Medical Faculty of Ondokuz Mayıs University Medical Faculty. We aimed to investigate the presence of KPC gene producing KPC enzyme, one of the carbapenemase enzymes that cause carbapenem resistance, and carbapenem inactivation method (CIM) of study isolates, in P. aeruginosa isolates which were included in the study. Material and Method: Identification of isolates was carried out using conventional methods and Vitek-MS automated system. The antibiotic susceptibility was tested with the Vitek2 Compact automated system. P. aeruginosa isolates were stored at -20 ° C until the molecular study. DNA extraction of carbapenem resistant isolates was performed by boiling method. After DNA extraction, optimization was performed using the original primers. After optimization, KPC gene was investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. In addition, carbapenemase production of isolates was determined by the CIM a phenotypic test. Results: The isolates were identified mostly from the tracheal aspirate cultures (34.5 %). The greatest proportion of P. aeruginosa specimens were isolated from internal medicine (36 %). KPC gene was not detected in none of the P. aeruginosa isolates by PCR method. According to the results of CIM, 22 were detected positive and 178 were negative. Conclusion: In our study, KPC gene was not detected in P. aeruginosa isolates however 22 isolates were identified as carbapenamase producing according to the CIM results.
Benzer Tezler
- 2018-2021 yılları arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü ve alt solunum yolu örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik duyarlılık verileri ve direnç profiline COVİD-19 pandemisinin etkisi
The effect of the COVİD-19 pandemic on the antibiotic susceptibility data and resistance profile of gram-negative bacteria isolated from blood cultures and lower respiratory tract samples sent from the intensive care units of OUR hospital between 2018-2021
DİDEM ÖZKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYFER BAKIR
- Yenidoğan yoğunbakım ünitesinden gönderilen örneklerden izole edilen bakteriyel ve fungal etkenlerin tanımlanması, antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi ve olası direnç genlerinin moleküler analizi
Description of bacterial and fungal agents isolated from the samples sent from the newborn intensive care unit, determination of their antimicrobial sensitivity, and molecular analysis of possible resistance genes
ERGİN KARACAN
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKafkas ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH BÜYÜK
PROF. DR. YASEMİN BAYRAM
- Karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında VIM, IMP, NDM, KPC, OXA-48 ve GES tipi karbapenemazların moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of VIM, IMP, NDM, KPC, OXA-48 and GES carbapenemases in carbapenem resistant pseudomonas aeruginosa isolates with molecular methods
GÜLŞAH MALKOÇOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF AKTAŞ
- Karbapeneme dirençli pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam'a karşı in vitro duyarlılık yöntemlerinin karşılaştırılması ve bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Comparison of in vitro susceptibility methods against ceftazidime avibactam in carbapenem-resistant pseudomonas aeruginosa strains and investigation of some carbapenemase genes
İSMAİL AYTAÇ ACAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiHitit ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDE AFŞARLAR
- Klinik pseudomonas aeroginosa izolatlarının antibiyotik direncinde resistance nodulation division (RND) dışa atım pompası etkinliğinin araştırılması
Nvestigation of the effectiveness of resistance nodulation division (RND) extraction PUMP on antibiotic resistance of clinical pseudomonas aeruginosa isolates
MUHAMMED FURKAN KÜRKÇÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞRUL HOŞBUL