Analysis of erbin gene expression regulation by micrornasin breast cancer
Meme kanserinde erbin gen ifadesinin mikrorna'lertarafından düzenlenmesi
- Tez No: 970383
- Danışmanlar: DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Meme kanseri, farklı hastalık sonucu tahminleri ve tedavi yanıtlarıyla ilişkili olan farklı moleküler alt tipleri, belirli gen belirteçleri ve mutasyonlarla karakterize heterojen bir hastalıktır. ERBIN (ERBB2IP) geni, epitel hücre polaritesini ve adezyonunu koruyan, bazolateral konumlu bir iskelet/adaptör proteinini kodlar ve ayrıca MAPK ile TGF-β dahil olmak üzere birçok temel sinyal yolaklarını düzenler. ERBIN gen ifade seviyesi, HER2-pozitif meme kanseri dahil olmak üzere, hastalıklarda duruma bağlı olarak değişiklik göstermektedir. Ancak, anormal ERBIN ifade düzeylerine yol açan mekanizmalar yeterince araştırılmamıştır. Bu çalışma, farklı meme kanseri alt tiplerinde ERBIN geninin ifadesini düzenleyen belirli miRNA'ları belirlemeyi ve miRNA-ERBIN ekseni içindeki ek düzenleyici etkileşimleri araştırmayı amaçlamaktadır. Bu amaçla, kamuya açık meme kanseri hasta veri setlerindeki ERBIN gen ifadesi; moleküler alt tip, TP53 mutasyon durumu ve hormon reseptörü durumuna göre analiz edilmiştir. ERBIN ile miRNA ekspresyonu arasındaki korelasyon analizi, çeşitli miRNA hedef tahmin araçlarının sonuçlarıyla birleştirilerek ERBIN gen ifadesini potansiyel olarak düzenleyen miRNA adayları belirlenmiştir. Bu adayların, klinik özelliklere göre ERBIN ile ters ilişkilerini anlamak amacıyla, agresif alt gruplarda ifade durumları değerlendirilmiştir. Ayrıca, MDA-MB-231 hücrelerinde ERBIN gen ekspresyonunun baskılanması sonrasında yapılan miRNA-seq çalışması, ERBIN ile seçilmiş miRNA'lar arasındaki potansiyel düzenleyici geri besleme döngülerini ortaya koymuştur. Genel olarak, bu çalışmanın sonuçları agresif meme kanserinde ERBIN'in post-transkripsiyonel düzenlenmesine dair kapsamlı bir bakış sunmakta ve miRNA–ERBIN ilişkilerinin potansiyel biyobelirteç veya terapötik hedefler olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is a heterogeneous disease characterized by distinct molecular subtypes, defined by specific gene markers and mutations associated with different prognoses and treatment responses. The ERBIN (ERBB2IP) gene encodes a basolateral scaffold/adaptor protein that maintains epithelial cell polarity and adhesion, while also regulating key signaling pathways, including MAPK and TGF-β signaling. Its expression changes across diseases, including HER2-positive breast cancer. However, the mechanisms underlying aberrant ERBIN expression levels remain poorly investigated. This study aimed to identify specific miRNAs regulating ERBIN expression in distinct breast cancer subtypes and to understand further regulatory interactions within the miRNA-ERBIN axis. ERBIN expression patterns in publicly available breast cancer patient datasets were analyzed across molecular subtypes, TP53 mutation status, and hormone receptor status to address this aim. Expression correlation analysis between ERBIN and miRNA expression, and the results from miRNA target prediction tools, identified potential miRNAs that may regulate ERBIN expression in breast cancer. These candidates were further analyzed for their expression in aggressive subgroups to evaluate their inverse association with ERBIN, considering clinical characteristics. In addition, miRNA-seq analysis following ERBIN knockdown in MDA-MB-231 cells revealed potential regulatory feedback loops between ERBIN and selected miRNAs. Overall, the results provide comprehensive insight into the post-transcriptional regulation of ERBIN in breast cancer and suggest that the miRNA-ERBIN relationships provide a potential biomarker or therapeutic target.
Benzer Tezler
- Nöroblastom mikroRNA ilişkisi
Relationship between neuroblastoma and microRNA
KEMAL ERGİN
Doktora
Türkçe
2015
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE NUR OLGUN
- Ciddi hiperbilirübinemili yenidoğanlarda mikroRNA ekspresyon profilleri
MicroRNA expression profiles in newborns with severe hyperbilirubinaemia
AYKUT DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HACER ERGİN
- Mining the Toxoplasma gondii genome for microRNA regulatory patterns
Toxoplasma gondii genomundan düzenleyici microRNA şablonlarının çıkarılması
İLHAN ERKİN ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. JENS ALLMER
PROF. DR. BİLGE KARAÇALI
- Functional analysis of ERBIN gene in breast cancer drug resistance
ERBİN geninin meme kanseri ilaç direncinde fonksiyonel analizi
GİZEM SUNAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ
- Identifying gene regulatory communities from microarray time-series expression profiles using hidden Markov models
Düzenleyici gen topluluklarının saklı Markov modelleri kullanılarak zaman serisi mikrodizi ekspresyon profillerinden belirlenmensi
OSMAN MAHMUT ERYURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyoistatistikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENGİN ERZİN
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY