Hipermetilasyon farklılıklarına göre mide kanserine yönelik erken tanı amaçlı metilasyona özgü qpcr kiti geliştirilmesi
Development of a methylation-specific qpcr kit for early diagnosis of gastric cancer based on hypermethylation differences
- Tez No: 973044
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESRA AYDEMİR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoteknoloji, Genetics, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Gastrik Kanser, Metilasyon Spesifik qPCR, RPRM, SFRP2, Sıvı Biyopsi, Gastric Cancer, Liquid Biopsy, Methylation-Specific qPCR, RPRM, SFRP2
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Biruni Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler ve Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gastrik kanser (GK), karmaşık ve heterojen yapısıyla dünya genelinde en sık görülen beşinci kanserdir. Yüksek mortalitenin başlıca nedeni, hastalığın genellikle ileri evrelerde tanı almasıdır. GK gelişiminde genetik faktörlerin yanı sıra epigenetik mekanizmalar da önemli rol oynar. Özellikle promotör bölgelerde gerçekleşen DNA metilasyonu, gen ekspresyonunu baskılayarak tümör oluşumuna katkı sağlar. Bu nedenle, epigenetik değişimlerin moleküler düzeyde anlaşılması, erken tanı, tedavi ve önleme açısından kritik öneme sahiptir. Bu tez çalışmasında, kronik atrofik gastrit ve primer mide kanseri tanısı almış hastalardan elde edilen doku ve serum örneklerinde RUNX3, P16, RASSF1A, RPRM, CDH1, PCDH10, SFRP2, hMLH1, APC ve RNF180 genlerinin promotör metilasyon durumları analiz edilmiştir. Metilasyon durumları klinik evre, tümör boyutu ve lenf nodu tutulumu gibi parametrelerle ilişkilendirilmiş; sağlıklı bireylerden alınan serum örnekleri kontrol grubu olarak kullanılmıştır. DNA izolasyonu ve bisülfitleme sonrası QMSP yöntemiyle metilasyon analizleri belirlendi. Kronik atrofik gastritli hastalara kıyasla GK hastalarının doku örneklerinde tüm genlerde anlamlı hipermetilasyon tespit edilmiştir (P < 0,001). Serum örneklerinde SFRP2 ve RPRM genlerinin metilasyon oranları üç grup arasında anlamlı farklılık göstermiştir. SFRP2 metilasyonu GK hastalarının %71,87'sinde, kronik gastrit grubunun %16,6'sında ve kontrol grubunun %8,8'inde; RPRM metilasyonu ise sırasıyla %66,6, %13,3 ve %7,5 oranlarında bulunmuştur. Bu iki gen birlikte analiz edildiğinde, GK ve kontrol grubunu ayırmada %78,9 duyarlılık, %90 özgüllük ve 0,931 AUC; GK ile kronik gastrit ayrımında %78,79 duyarlılık, %83,33 özgüllük ve 0,879 AUC elde edilmiştir (P <0,0001). SFRP2 ve RPRM genlerinin birlikte kullanımının, yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip potansiyel bir erken tanı aracı olabileceği sonucuna varıldı.
Özet (Çeviri)
Gastric cancer (GC), with its complex and heterogeneous structure, is the fifth most common cancer worldwide. The main reason for its high mortality rate is that the disease is often diagnosed at advanced stages. In addition to genetic factors, epigenetic mechanisms also play an important role in the development of GC. DNA methylation in promoter regions, in particular, suppresses gene expression and contributes to tumor formation. Therefore, understanding epigenetic changes at the molecular level is critical for early diagnosis, treatment, and prevention. In this thesis study, promoter methylation statuses of RUNX3, P16, RASSF1A, RPRM, CDH1, PCDH10, SFRP2, hMLH1, APC, and RNF180 genes were analyzed in tissue and serum samples obtained from patients diagnosed with chronic atrophic gastritis and primary gastric cancer. Methylation statuses were correlated with clinical stage, tumor size, and lymph node involvement, while serum samples from healthy individuals were used as the control group. DNA isolation and bisulfite treatment were performed, followed by methylation analysis using the QMSP method. Significant hypermethylation in all genes was detected in the tissue samples of GC patients compared to those with chronic atrophic gastritis (P < 0.001). Methylation levels of SFRP2 and RPRM genes in serum samples showed significant differences among the three groups. SFRP2 methylation was detected in 71.87% of GC patients, 16.6% of the chronic gastritis group, and 8.8% of controls; RPRM methylation rates were 66.6%, 13.3%, and 7.5%, respectively. When these two genes were analyzed together, sensitivity, specificity, and AUC values were 78.79%, 90.00%, and 0.931 for GC vs. control groups; and 78.79%, 83.33%, and 0.879 for GC vs. chronic gastritis discrimination (P < 0.0001). It was concluded that combined use of SFRP2 and RPRM genes may provide a potential early diagnostic tool with high sensitivity and specificity.
Benzer Tezler
- Çeşitli kanser hücre hatlarında endoplazmik retikulum stresi ve otofajik yolaklardaki epigenetik değişikliklerin karşılaştırılması
Comparison of epigenetic changes in endoplasmic reticulum stress and autophagic pathways in various cancer cell lines
NAZMİ ÖZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Genetikİnönü ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENGÜL YÜKSEL
- Akciğer kanseri hücre hatlarında ALX3 geninin ifade ve promotor bölgesinin metilasyon düzeyinin araştırılması
Investigation of the expression of the ALX3 gene and the metilation level of the promotor region in lung cancer cell lines
ELİF BEYZA KARTALOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikBursa Uludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF UZ YILDIRIM
- Diabetik polinöropatide hiperventilasyonun“threshold elektrotonus”üzerine etkisinin eşik izleme yöntemi“threshold trackıng”ile değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of hyperventilation in diabetic polyneuropathy on“threshold electrotonus”by threshold tracking method
GÖKÇEN AKÇA
- Tuz stresine maruz bırakılan amaranthus hypochondriacus genotipinin epigenetik bakımından incelenmesi
Epigenetic investigation of the amaranthus hypochondriacus genotype exposed to salt stress
İBRAHİM MUNİS
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
ZiraatŞırnak ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURTAZA HACIZADE
- Jeneralize ve fokal dirençli epilepside nöropsikolojik eeg aktivasyon yöntemleri ile refleks uyaran ve görüntüleme özelliklerinin araştırılması
Investigation of reflex triger and imaging properties in generalized and focal resistant epilepsy with neuropsychological eeg activation methods
EMEL UR ÖZÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
NörolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL BAYKAN BAYKAL