Meme kanserinde CDK inhibitörüne direnç oluşturan genlerin miRNA susturma yöntemiyle tedavi etkinliğinin artırılması
Increasing treatment efficacy of genes causing resistance to CDK inhibitor in breast cancer by miRNA silencing
- Tez No: 973663
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇIĞIR BİRAY AVCI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Onkoloji, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Oncology, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Breast Cancer, microRNA, miR-640, miRNA replacement therapy
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışma, miR-640'ın CDK4/6 inhibitör direnciyle ilişkili genleri aşağı regüle etme potansiyelini incelemeyi; miR-640'ın, CDK4/6 inhibitörü abemaciclib'e karşı gelişen direnç üzerindeki etkilerini incelemek için fonksiyonel analizlerle miR-640'ın apoptotik, anti-metastatik, anti-proliferatif etkilerini ve abemasiklib ile sinerjik etkilerini araştırmayı amaçlamıştır. Yöntem: GEO veri tabanındaki GSE126125 accesion numaralı veri seti GEO2R aracı ile analiz edilerek miRNA-640 tespit edildi. Daha sonra miDB, TargetScan ve TargetMiner gibi veri tabanlarından miR-640'ın potansiyel hedef genlerinin listesi oluşturuldu. Bu listeden de CDK inhibitör direnciyle ilişkili genler filtrelendir. MTT yöntemi ve dose-response curve analizi ile abemasiklib'in IC50 değerleri ve miR-640 ile kombinasyonunun % canlılık oranı hesaplandı. Annexin V (apoptoz), hücre döngüsü ve yara iyileşmesi (hücre göçü) fonksiyonel analizleri ile MCF7 ve MDA-MB-231 hücre hatlarında miR-640'ın etkileri analiz edildi. Sonrasında RT-qPCR yöntemi ile CDK4/6 inhibitör direnciyle ilişkili miR-640'ın potansiyel hedef genlerinin ifade düzeyleri analiz edildi. Deneyler üç tekrarlı çalışıldı. Gen ekspresyon analizleri 2-ΔΔCT metodu ile yapıldı. Abemasiklib uygulanan, miRNA uygulanan ve Abemasiklib+miRNA kombinasyonu uygulanan örnekler ile uygulanmamış örnekler arasındaki karşılaştırma için tek yönlü ANOVA kullanıldı. Tüm analizler ve girafikler, GraphPad Prism yazılımı kullanılarak gerçekleştirildi. Bulgular: Her iki hücre hattında da başarılı transfeksiyon gerçekleştirildi ve miR-640 ekspresyonunda önemli bir artış gözlendi (MCF7'de ~50 kat, MDA-MB-231'de ~42 kat). Transfeksiyonun ardından miR-640'ın ve abemasiklib ile kombinasyonunun hücre göçünü inhibe ettiğini, apoptozu indüklediğini ama hücre döngüsünde belli bir fazda tutuklama yapmadığı gözlemlendi. Ek olarak, gen ekspresyon analizleri, MCF7 hücre hattında CDK4, CDK6, CDKN2B, CDK9, E2F2, SMAD2, WEE1, WNT7b, ZFP91, PDK1, MAP3K1, AURKA; MDA-MB-231 hücre hattında ise PDK1 geninde güçlü olmakla beraber CDK6, CDKN2B, SMAD2, ZFP91, MAP3K1, AURKA genlerinde aşağı düzenleme gözlendi. Sonuç: Bu çalışma, miR-640'ın meme kanserinde tümör baskılayıcı bir rol üstlendiğini ortaya koyan ilk çalışmadır. Elde edilen bulgular, miR-640'ın CDK4/6 inhibitörüne dirençle ilişkili genleri aşağı düzenleyerek hücre proliferasyonunu ve göçünü baskıladığını, aynı zamanda apoptozu indüklediğini göstermektedir. Bu sonuçlar doğrultusunda, miR-640'ın meme kanseri tedavisinde potansiyel bir terapötik ajan olarak, tek başına ya da abemasiklib ile kombinasyon halinde kullanılabileceği önerilmektedir. Anahtar Kelimeler; Meme Kanseri; mikro RNA; miR-640; miRNA replasman tedavisi.
Özet (Çeviri)
Objective: This study aims to investigate the potential of miR-640 to downregulate genes associated with CDK4/6 inhibitor resistance, and to investigate miR-640's apoptotic, anti-metastatic, anti-proliferative effects and synergistic effects with abemaciclib through functional analyses to examine miR-640's effects on resistance to the CDK4/6 inhibitor abemaciclib. Method: miRNA-640 was identified by analyzing the data set with accession number GSE126125 in the GEO database using the GEO2R tool. Subsequently, a list of potential target genes for miR-640 was generated from databases such as miDB, TargetScan, and TargetMiner. Genes associated with CDK inhibitor resistance were filtered from this list. The IC50 values of abemasib and the percentage of viability in combination with miR-640 were calculated using the MTT method and dose-response curve analysis. The effects of miR-640 were analyzed in MCF7 and MDA-MB-231 cell lines using Annexin V (apoptosis), cell cycle, and wound healing (cell migration) functional assays. Subsequently, the expression levels of potential target genes of miR-640 associated with CDK4/6 inhibitor resistance were analyzed using the RT-qPCR method. Experiments were performed in triplicate. Gene expression analyses were performed using the 2-ΔΔCT method. One-way ANOVA was used to compare samples treated with abemaciclib, miRNA, and the combination of abemaciclib+miRNA with untreated samples. All analyses and graphs were performed using GraphPad Prism software. Result: Successful transfection was achieved in both cell lines, and a significant increase in miR-640 expression was observed (~50-fold in MCF7, ~42-fold in MDA-MB-231). Following transfection, miR-640 and its combination with abemaciclib were observed to inhibit cell migration and induce apoptosis, but did not arrest the cell cycle at any specific phase. Additionally, gene expression analyses showed that in the MCF7 cell line, CDK4, CDK6, CDKN2B, CDK9, E2F2, SMAD2, WEE1, WNT7b, ZFP91, PDK1, MAP3K1, and AURKA; In the MDA-MB-231 cell line, strong downregulation was observed in the PDK1 gene, along with downregulation in the CDK6, CDKN2B, SMAD2, ZFP91, MAP3K1, and AURKA genes. Conclusion: This study is the first to demonstrate that miR-640 plays a tumor-suppressive role in breast cancer. The findings indicate that miR-640 suppresses cell proliferation and migration by downregulating genes associated with resistance to CDK4/6 inhibitors, while also inducing apoptosis. Based on these results, it is suggested that miR-640 could be used as a potential therapeutic agent in breast cancer treatment, either alone or in combination with abemaciclib.
Benzer Tezler
- Siklin bağımlı kinaz (CDK) 4/6 inhibitörü kullanan metastatik meme kanseri tanılı hastalarda HER2 ekspresyonunun tedavi yanıtı üzerine etkisi
The effect of HER2 expression on treatment response in patients with metastatic breast cancer using cyclin-dependent kinase (CDK) 4/6 intibitors
GÖZDE DEMİREKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
OnkolojiAkdeniz Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMA SEZGİN GÖKSU
- Palbosiklib ve Ribosiklib'in hormon reseptörü pozitif meme kanseri hücre hatlarında moleküler etkinlik ve hücre içi yolaklar açısından karşılaştırılması
Comparison of Palbosiklib and Ribosiklib in terms of molecular activity and intracellular pathways in hormone receptor positive breast cancer cell lines
AHMET ANIL ÖZLÜK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
OnkolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞAZİYE BURÇAK KARACA
- Hormon reseptörü (+) HER2 (-) metastatik meme kanserinde 1. basamak CDK4/6 inhibitörü tedavisinde yanıta etki eden prediktif ve prognostik faktörler
Hormone receptor (+) HER2 (-) in metastatic breast canceraffecting the response in 1ST stage CDK 4/6 inhibitortreatment predictive and prognostic factors
KÜBRA TUBA ÇAYİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
OnkolojiSakarya Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEYHUN VARIM
- İleri evre meme kanserlerinde CDK 4/6 inhibitörlerinin sağkalıma katkısı
The impact of CDK 4/6 inhibitors on survival outcomes in patients with advanced breast cancer
ELİF ŞEYMA OVALI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
İç HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERNA BOZKURT DUMAN
- Investigation of novel rnai and nanoparticle approaches for their anti-proliferative and drug-sensitizing effects in breast cancer
Meme kanserinde özgün rnai ve nanopartikül yaklaşımlarının anti proliferatif ve ilaç-hassasiyetine yönelik etkilerinin incelenmesi
ERMIRA JAHJA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI