Saga hakkarica şirin&taylan, 2019 (orthoptera, tettıgonııdae, sagınae) türünde total mitokondriyal genom karakterizasyonu
Complete mitochondrial genome characterization of saga hakkarica şi̇ri̇n & taylan, 2019 (orthoptera: tettigoniidae, saginae)
- Tez No: 975468
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SAİT TAYLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hakkari Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Orthoptera takımı, Tettigoniidae familyası, Saginae alt familyasında yer alan ve Anadolu endemiği olan Saga hakkarica Şirin&Taylan, 2019, türünün total mitokondriyal genomunun karakterizasyonu ve genetik analizi yapılmıştır. Araştırma kapsamında, yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılarak S. hakkarica türüne ait mitokondriyal genom dizileri elde edilmiş, mitogenomik kütüphane oluşturulmuş ve analiz edilmiştir. Toplamda 14.508.962 okuma elde edilmiş ve sekans verisinin toplam uzunluğu yaklaşık 2.19 Gbp olarak hesaplanmıştır. Mitogenomun GC içeriği %46,8, AT içeriği ise %53,2 olarak tespit edilmiştir. Okumaların kalite dağılımında, Q20 değeri %95,7, Q30 değeri ise %89,7 olarak tespit edilmiştir. Analizler sonucunda S. hakkarica türünün mitokondriyal genomunun 15.755 bç uzunluğunda olduğu ve 37 gen bölgesi içerdiği saptanmıştır. S. hakkarica türünün mitokondriyal genomunda 22 transfer RNA (tRNA) geni, 2 ribozomal RNA (rRNA) geni, 13 protein kodlayan gen (7 NADH dehidrogenaz alt birim geni (nad1–nad6, nad4L), 3 sitokrom c oksidaz alt birim geni (cox1–cox3), 1 sitokrom b (cob) geni, 2 ATP sentaz alt birim geni (atp6, atp8)) ve replikasyon orijin bölgesi tespit edilmiştir. Ayrıca mitokondriyal genomda yer alan 37 gen bölgesinden 23 tanesinin forward (F) zincirinde yer aldığı, geri kalan 14 genin ise reverse (R) zincirinde bulunduğu tespit edilmiştir. S. hakkarica mitogenomu, sahip olduğu CDS, tRNA ve rRNA gen sayıları açısından literatürde bildirilen Orthoptera mitogenomlarıyla büyük ölçüde benzerlik göstermektedir. Başlama ve sonlanma kodonları da genel bir benzerlik sergilemekle birlikte, içerik düzeyinde bazı farklılıklar tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma ile ilk kez S. hakkarica türünün total mitokondriyal genomunun yapısal ve fonksiyonel özellikleri ortaya konmaya çalışılmış ve Saginae alt familyasından elde edilen ikinci mitogenom veri seti olması açısından, gelecekte yapılacak genetik ve filogenetik araştırmalar için kaynak oluşturulmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study, the complete mitochondrial genome of Saga hakkarica Şirin & Taylan, 2019, an Anatolian endemic species belonging to the order Orthoptera, family Tettigoniidae, subfamily Saginae, was characterized and genetically analyzed. Within the scope of the research, next-generation sequencing (NGS) technologies were employed to obtain the mitochondrial genome sequences of S. hakkarica, from which a mitogenomic library was constructed and analyzed. A total of 14,508,962 reads were generated, with an overall sequence length of approximately 2.19 Gbp. The mitogenome exhibited a GC content of 46.8% and an AT content of 53.2%. Quality assessment of the sequencing data revealed Q20 and Q30 scores of 95.7% and 89.7%, respectively. The analyses revealed that the mitochondrial genome of S. hakkarica is 15,755 bp in length and comprises 37 genes. These include 22 transfer RNA (tRNA) genes, 2 ribosomal RNA (rRNA) genes, 13 protein-coding genes [7 NADH dehydrogenase subunit genes (nad1–nad6, nad4L), 3 cytochrome c oxidase subunit genes (cox1–cox3), 1 cytochrome b (cob) gene, and 2 ATP synthase subunit genes (atp6, atp8)], along with a replication origin region. Furthermore, it was determined that 23 of the 37 genes are located on the forward (F) strand, while the remaining 14 genes are situated on the reverse (R) strand. The mitogenome of S. hakkarica shows a high degree of similarity to Orthoptera mitogenomes reported in the literature in terms of the number of CDS, tRNA, and rRNA genes. Although the start and stop codons exhibit overall similarity, certain differences at the sequence level were identified. In conclusion, this study presents, for the first time, the structural and functional characteristics of the complete mitochondrial genome of S. hakkarica. As the second mitogenome dataset obtained from the subfamily Saginae, it provides an important resource for future genetic and phylogenetic studies.
Benzer Tezler
- Hakkariİ ilinde bulunan bazı çekirge türlerinin Saga hakkarica (Sirin & Taylan 2019), Uvarovistia zebra (Uvarov, 1916), Bradyporus (Callimenus) latipes (Stål, 1875), Isophya hakkarica (Karabağ, 1962), Pezodrymadusa indivisa (Karabağ, 1961), yağ asit profilinin saptanması
Determination of the fatty acid profile of some locust species Saga hakkarica (Sirin & Taylan 2019), Uvarovistia zebra (Uvarov, 1916), Bradyporus (Callimenus) latipes (Stål, 1875), Isophya hakkarica (Karabağ, 1962), Pezodrymadusa indivisa (Karabağ, 1961) found in Hakkari province
SADIK ORHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyokimyaHakkari ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYHAN GÜLER
- Saga (Orthoptera, Tettigoniidae, Saginae) cinsi Ephippigera tür grubunun 16S rDNA filogenisi ve morfolojik tür hipotezlerinin moleküler verilerle sınanması
16S rDNA phylogeny and testing the morphospecies hypothesis with molecular data in the Ephippigera species group of genus Saga (Orthoptera, Tettigoniidae, Saginae)
BURCU BİNİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyolojiHakkari ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SAİT TAYLAN
- Hakkari ilinde yayılış gösteren Tettigoniidae (Insecta, Orthoptera) familyasına ait türlerin morfolojik tür hipotezlerinin davranışsal verilerle sınanması
Testing the morphological species hypotheses of species belong the Tettigoniidae family (Insecta, Orthoptera) distributed in Hakkari province with behavioral data
CAHİT AVCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiHakkari ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SAİT TAYLAN
- Basın meslek ahlakı ve özdenetimin günümüzdeki uygulamaları
Professionelle ethique et otocontrole
TEMEL BİŞGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
GazetecilikMarmara ÜniversitesiGazetecilik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT İHSAN ÖZGEN
- Kafkasya, Doğu Anadolu ve Kuzeybatı İran depremlerinin kaynak mekanizması özellikleri ve yırtılma süreçleri
The source mechanism properties and rupture histories of the Caucasian, Eastern Anatolian and North Western Iranian earthquakes
ONUR TAN
Doktora
Türkçe
2004
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNCAY TAYMAZ