Thrips meridionalis (thysanoptera: thripidae) türünün bütün mitokondriyal genomu ve filogenetik analizi
Complete mitochondrial genome and phylogenetic analysis of the species thrips meridionalis (thysanoptera: Thripidae)
- Tez No: 976436
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İNCİ ŞAHİN NEGİŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Ziraat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bitki Koruma Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Thrips meridionalis (Thysanoptera: Thripidae) Avrupa'nın sıcak bölgelerinde bitkilerle beslenen ve tarımsal açıdan önemli bir thrips türüdür. Bu çalışmada, Türkiye'nin Konya ilinden toplanan örnekler morfolojik olarak teşhis edilmiş ve yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak tam mitokondriyal genomları dizilenmiş ve anotasyonu yapılmıştır. Dairesel mitokondriyal genom 15,229 baz çifti uzunluğunda olup, tipik böcek gen repertuarını içermektedir: 13 protein kodlayan gen (PCG), 2 ribozomal RNA (rRNA) ve 22 transfer RNA (tRNA). Gen sınırları ve yönlenimi MITOS2 ve GeSeq araçlarıyla belirlenmiştir; MITOS2, 22 tRNA'nın tamamını tespit ederken, GeSeq daha az sayıda tRNA özelliği saptamış ve bu durum araçlara özgü eşik ve algoritma farklılıklarını yansıtmaktadır. Gen organizasyonu ve iplik (strand) dağılımını özetlemek üzere bir gen özellik tablosu ve tRNA haritası hazırlanmıştır. Filogenetik çıkarım için diziler ilgili GenBank kayıtlarıyla birleştirilmiş ve MEGA X yazılımında UPGMA yöntemiyle 1000 bootstrap tekrarı kullanılarak analiz edilmiştir. T. meridionalis örneklerinin, eş tür veya yakın akraba kayıtlarla kümelendiği görülmüş; bu durum morfolojik teşhisi doğrulamış ve tür düzeyindeki tanımlamayı desteklemiştir. Dolayısıyla bu çalışma, T. meridionalis'in tam mitokondriyal genomuna ilişkin gerçekleştirilen ilk analitik araştırmadır.
Özet (Çeviri)
Thrips meridionalis (Thysanoptera: Thripidae) is a plant-feeding thrips species of agricultural significance in the warm regions of Europe. In this study, specimens collected from Konya Province, Türkiye, were morphologically identified, and the complete mitochondrial genome was assembled and annotated using next-generation sequencing technology. The circular mitochondrial genome is 15,229 base pairs in length and contains the typical insect gene repertoire: 13 protein-coding genes (PCGs), 2 ribosomal RNAs (rRNAs), and 22 transfer RNAs (tRNAs). Gene boundaries and orientation were determined using MITOS2 and GeSeq; MITOS2 detected all 22 tRNAs, whereas GeSeq identified fewer tRNA features, likely reflecting tool-specific threshold and algorithmic differences. A gene-feature table and a tRNA map were constructed to summarize gene organization and strand distribution. For phylogenetic inference, sequences were combined with corresponding GenBank records and analyzed with 1000 bootstrap replications using the UPGMA method in MEGA X. The T. meridionalis specimens clustered with conspecific or closely related records, confirming the morphological diagnosis and supporting species-level delineation.Accordingly, this study represents the first analytical investigation of the complete mitochondrial genome of T. meridionalis.
Benzer Tezler
- Determination of thrips (Thysanoptera) species and effect of some control methods on abundance of thrips in pepper field in Tokat province
Tokat ili biber yetiştirilen alanlarda görülen trips türleri (Thysanoptera)nin belirlenmesi, yaygın bazı mücadele yönterinin trips yoğunluğu üzerine etkisinin
SARAH DISKO YOUNUS
Doktora
İngilizce
2023
ZiraatTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DÜRDANE YANAR
PROF. DR. EKREM ATAKAN
- Mersin ili bağ üretim alanlarında thrips (Thysanoptera) türleri, popülasyon değişimleri ve zarar oranlarının araştırılması
The determination of thrips (Thysanoptera) species, their population fluctuations and damage rates in vineyard areas in Mersin province, Turkey
İBRAHİM TEKE
- Honaz (Denizli)'da kiraz çiçek, yaprak ve meyvelerindeki trips (Thysanoptera) türlerinin saptanması ve yayılış ile bulunuş oranlarının belirlenmesi üzerinde araştırmalar
Investigation on determinaton of the thrips species on flowers, leaves and fruits of sweet cherry trees in Honaz (Denizli) and determination of spreading ratio and incidence of the thrips (Thysanoptera)
EZGİ MAYA
- Kemalpaşa (İzmir) yöresinde kirazın çiçeklenme ve meyve dönemlerindeki trips (Thysanoptera) türlerinin saptanması, yayılış ve bulunuş oranlarının belirlenmesi üzerinde araştırmalar
Investigations on determination, spread and incidence of the thrips (Thysanoptera) species determined on blooming and fruit periods of cherry trees in kemalpaşa (izmir) region
BAŞAK ŞAHİN
- Balıkesir yöresi taş ve yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarındaki trips (Thysanoptera) türlerinin saptanması, yayılış ve bulunuş oranlarının belirlenmesi üzerinde araştırmalar
Investigations on determination, spread and presence rates of the trips (Thysanoptera) species determined on stone and pome fruit trees in Balikesir region
BAŞAK ÇİNKUL
Doktora
Türkçe
2020
ZiraatBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SAKİN VURAL VARLI