Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Hastanesi'nde izole edilen Salmonella spp.'lerin tüm genom analizi
Whole genome analysis of Salmonella spp. isolated from Çanakkale Onsekiz Mart University Hospital
- Tez No: 976537
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVİNÇ YENİCE AKTAŞ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Giriş ve Amaç: Salmonella spp., dünya genelinde yaygın görülen gıda kaynaklı enfeksiyon olup halk sağlığı açısından ciddi bir tehdit oluşturmaktadır. Bu çalışmada Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Hastanesi'nde elde edilen Salmonella spp. klinik izolatlarının genetik analizinin yapılması ve izolatlar arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Hastanemize başvuran gastroenteritli hastalardan izole edilen 17 Salmonella izolatının, yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisi ile tüm genom dizilemesi yapılmıştır. Virülans ve direnç genleri ile patojenite adaları analiz edilmiştir. İzolatlar arasındaki filogenetik ilişkiler core genom, MLST ve SNP analizi ile değerlendirilmiştir. Bulgular: İzolatların büyük çoğunluğu (%76,5) S. Enteritidis olarak tanımlanmış, diğerleri S. Hadar, S. Infantis, S. Typhimurium ve S. Montevideo serotiplerine ait bulunmuştur. Virülans analizi sonucunda toplam 132 virülans geninden 92'sinin tüm izolatlarda ortak olduğu belirlenmiştir. İzolatların genomik direnç profilinde aac(6')-Iaa geni %100 tespit edilmiştir. qnrB19, aph(3'')-Ib, aph(6)-Id ve tet(A) genleri %17,6; diğer direnç genleri (floR, tet(C), sul2, dfrA14, dfrA32, aadA2, ere(A), aph(3')-Ia ise %5,9 oranında bulunmuştur. Ayrıca florokinolon direnci ile ilişkili kromozomal mutasyonlar izolatların %23,5'inde mevcut olduğu belirlenmiştir. Core gen hizalamasına dayalı filogenetik analizde S. Enteritidis izolatlarının kendi içinde alt kümelere ayrıldığı görülmüştür. cgMLST ve SNP analizleri ise birlikte değerlendirilmiştir. Bazı S. Enteritidis suşları arasında yakın genetik ilişki olabileceği düşünülmüştür. Sonuç: Çalışmamız, Türkiye'de insan kaynaklı Salmonella izolatlarının genomik düzeyde karakterizasyonuna katkı sağlamaktadır. WGS tabanlı analizlerin epidemiyolojik gözetim ve halk sağlığı açısından önemli bir araç olduğu vurgulanmaktadır.
Özet (Çeviri)
Introduction and Aim: Salmonella spp. is a globally prevalent cause of foodborne infection and poses a serious threat to public health. In this study, genetic analysis of clinical Salmonella spp. isolates obtained from Çanakkale Onsekiz Mart University Hospital was performed, and the phylogenetic relationships among the isolates were determined. Methods: A total of 17 Salmonella isolates obtained from gastroenteritis patients presenting to our hospital were subjected to WGS using NGS technology. Virulence and antimicrobial resistance genes, as well as pathogenicity islands, were analyzed. Phylogenetic relationships among the isolates were evaluated using core genome alignment, MLST and SNP analyses. Results: The majority of the isolates (76.5%) were identified as S. Enteritidis, while the remaining strains were classified as S. Hadar, S. Infantis, S. Typhimurium, and S. Montevideo serotypes. Virulence gene analysis revealed that 92 out of 132 virulence genes were conserved across all isolates. In terms of genomic resistance profiles, the aac(6')-Iaa gene was detected in 100% of the isolates. The qnrB19, aph(3'')-Ib, aph(6)-Id, and tet(A) genes were present in 17.6% of the isolates, while other resistance genes including floR, tet(C), sul2, dfrA14, dfrA32, aadA2, ere(A), and aph(3')-Ia were each identified in 5.9% of the isolates. Chromosomal mutations associated with fluoroquinolone resistance were detected in 23.5% of the isolates. Phylogenetic analysis based on core gene alignment showed that S. Enteritidis isolates clustered into distinct subgroups. The results of core genome MLST (cgMLST) and SNP analyses were evaluated together and suggested potential close genetic relationships among certain S. Enteritidis strains. Conclusion: This study contributes to the genomic characterization of human-derived Salmonella isolates in Turkey. It highlights the importance of WGS-based analyses as powerful tools for epidemiological surveillance and public health monitoring.
Benzer Tezler
- COVİD-19 nedeniyle hastane yatışında hiperglisemi tespit edilen hastaların uzun dönem glisemik takip sonuçları
LONG-TERM glycemic follow-UP results of hyperglycemic hospitalized COVİD-19 patients
SİNEM GEÇTİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
İç HastalıklarıÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE SEDAR SAYGILI
- Çanakkale Onsekiz Mart üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Hastanesi Yenidoğan Yoğun Bakım Ünitesi'nde 2016-2021 yılları arasında bakım alan bebeklerde, endokrinolojik sorunların sıklık ve çeşitliliğinin saptanması
Determination of the frequency and diversity of endocrinological problems in babies requested at the Çanakkale Onsekiz Mart university health practice and Research Hospital Newborn Intensive Care Unit between 2016-2021
GÖKAY CANDAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DURMUŞ DOĞAN
- Üniversite hastanesi çalışanlarının aşı davranışları ve aşı karşıtlığı düzeyi
Vaccine attitude and antivaccination level of employee at university hospital
CİHAN COŞKUNTUNCEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Aile HekimliğiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERKAN MELİH ŞAHİN
- Hemşire ve ebelerin engelli bireylere yönelik tutumlarının incelenmesi: Çanakkale ili örneği
Examining the attitudes of nurses and midwives towards inviduals with disabilities: The case of Çanakkale
FELEMEZ OSMAN GÜLTEPE
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Sağlık YönetimiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiSağlık Yönetimi Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. AYTEN DİNÇ
- Pediatrik KVC yoğun bakım ünitesinde yatan post-op yenidoğanlarda pozisyonun gastrik rezidüel volüme ve konfor düzeyine etkisi
The effect of positions given to post-op newborns hospitalized in pediatric CVC intensive care unit on their gastric residual volume and comfort level
EDA MEMİŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HemşirelikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA YILMAZ KURT