Çeşitli klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of carbapenemase presence in carbapenem resistant Acinetobacter baumannii strains isolated from various clinical samples by phenotypic and genotypic methods
- Tez No: 979664
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMET HAMİDULLAH UYANIK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Acinetobacter baumannii (A. baumannii) özellikle yoğun bakım ünitelerinde fırsatçı enfeksiyonlar başta olmak üzere sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonlara neden olan en önemli etkenlerinden biridir. Yaşamı tehdit eden enfeksiyonlara ve hastane salgınlarına neden olabilen karbapenem dirençli mikroorganizmalar giderek artmakta ve dünya genelinde yayılmaktadır. Tedavide kullanılan son seçenek antibiyotiklerden biri olan karbapenemlere karşı artan direnç endişe verici boyutlardadır. Çalışmamızın amacı, karbapenem direncine neden olan karbapenemaz enzimlerini fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirleyerek, tedavinin yönlendirilmesine ve hastane kaynaklı enfeksiyonların kontrolü için gerekli önlemlerin alınmasına katkıda bulunmaktır. Elde edilen verilerle Erzurum ve bölgemizde karbapenem direnç genlerinin dağılımı ve oranları belirlenerek, literatüre epidemiyolojik veri sağlanacaktır. Yöntem: Nisan 2023-Haziran 2024 tarih aralığında Atatürk Üniversitesi Araştırma Hastanesinde kliniklerde yatan hastalardan Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen kan ve BOS örneklerinden izole edilen 96 karbapenem dirençli A. baumannii (CRAB) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Fenotipik yöntemlerden aminofenilboronik asit (APBA) ve etilen diamin tetra-asetik asit (EDTA) ile yapılan kombine disk testi (CDT), karbapenem inaktivasyon metodu (CIM) uygulanarak karbapenemaz aktivitesi araştırılmıştır. Genotipik araştırma için DNA ektraksiyonu sonrası RT-PCR ile karbapenem direnç genlerinden bla KPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM ve blaOXA-23 benzeri, blaOXA-24 benzeri, blaOXA-48 benzeri direnç gen bölgeleri araştırılmıştır. Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen CRAB izolatlarında fenotipik yöntemlerle 96 (%100) izolatta CIM, 44 (%45,8) izolatta APBA ile yapılan (CDT), 49 (%51,0) izolatta EDTA ile yapılan CDT pozitifliği bulunmuştur. İzolatların 88 (%91,7)'inde blaOXA-23 benzeri, 18 (%18,8)'inde blaNDM, 10 (%10,4)'unda bla OXA-24 benzeri gen bölgesi tespit edilmiştir. BlaKPC, blaIMP, blaVIM, blaOXA-48 benzeri gen bölgeleri hiçbir izolatta tespit edilmemiştir. Sonuç: Çalışmamızda kullanılan CRAB izolatlarında karbapenem direncine neden olan karbapenemaz enzimlerinin fenotipik yöntemlerle tespiti için kullandığımız CIM, moleküler olarak direnç geni saptanan tüm izolatlarda pozitif bulunmuştur. EDTA ile yapılan CDT'yi moleküler testlerle karşılaştırdığımızda 18 blaNDM pozitif izolatın 7'sinde yanlış negatiflik saptanmıştır. Genotipik olarak blaKPC tespit edilmediğinden APBA ile yapılan CDT için değerlendirme yapılamamıştır. Karbapenem dirençli izolatlarda blaOXA-23 benzeri baskın olmak üzere, blaOXA-24 benzeri ve blaNDM varlığı tespit edilmiştir. Direnç mekanizmalarının belirlenmesi; tedavinin doğru planlanmasına, enfeksiyon kontrol önlemlerinin alınmasına ve salgınların önüne geçilmesine yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Objective: Acinetobacter baumannii (A. baumannii) is one of the most important agents causing healthcare-associated infections, especially opportunistic infections in intensive care units. Carbapenem resistant microorganisms, which can cause life-threatening infections and hospital outbreaks, are increasing and spreading worldwide. The increasing resistance to carbapenems, one of the last choice antibiotics used in treatment, is at alarming levels. The aim of our study is to determine the carbapenemase enzymes causing carbapenem resistance by phenotypic and genotypic methods and to contribute to the guidance of treatment and to take necessary measures for the control of hospital-acquired infections. With the obtained data, the distribution and rates of carbapenem resistance genes in Erzurum and our region will be determined and epidemiological data will be provided to the literature. Method: Between April 2023 and June 2024, 96 carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) strains isolated from blood and CSF samples sent to the Medical Microbiology Laboratory from patients hospitalised in the clinics of Atatürk University Research Hospital were included in the study. Phenotypic methods such as combined disc test (CDT) with aminophenylboronic acid (APBA) and ethylene diamine tetra-acetic acid (EDTA), carbapenem inactivation method (CIM) were applied to investigate carbapenemase activity. For genotypic research, bla KPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM and blaOXA-23 like, blaOXA-24 like, blaOXA-48 like resistance gene regions were investigated by RT-PCR after DNA extraction. Findings: Among CRAB isolates included in the study, 96 (100%) isolates were positive for CIM, 44 (45.8%) for CDT with APBA, and 49 (51.0%) for CDT with EDTA by phenotypic methods. BlaOXA-23 like gene region was detected in 88 (91.7%), blaNDM in 18 (18.8%), bla OXA-24 like gene region in 10 (10.4%) of the isolates. BlaKPC, blaIMP, blaVIM, blaOXA-48 like gene regions were not detected in any isolate. Result: CIM, which we applied for the phenotypic detection of carbapenemase enzymes causing carbapenem resistance in CRAB isolates used in our study, was found positive in all isolates with molecular resistance genes. When we compared the CDT performed with EDTA and molecular tests, false negativity was detected in 7 of 18 blaNDM positive isolates. Since blaKPC was not detected genotypically, no evaluation could be made for the CDT with APBA. The presence of blaOXA-23 like, blaOXA-24 like and blaNDM were detected in carbapenem resistant isolates. Determination of resistance mechanisms will help to plan the treatment correctly, to take infection control measures and to prevent outbreaks.
Benzer Tezler
- Çoklu ilaca dirençli acinetobacter baumannii suşları ile gram negatif enterik bakterilerde çeşitli antibiyotiklerin sinerjistik etkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of synergistic activity of various antibiotic combinations against multidrug-resistant acinetobacter baumannii and gram negative enteric bacteria
GÜLE AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Ankara ÜniversitesiKlinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of resistance genes by molecular methods in clinical isolates of Acinetobacter baumannii
GÜLŞAH AŞIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Afyon Kocatepe ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Acinetobacter baumannii suşlarında OXA-23 ve OXA-58 tipi genişlemiş spektrumlu Beta laktamaz varlığının araştırılması ve PFGE yöntemi ile klonal yakınlığının incelenmesi
Detection of extended spectrum Beta lactamase type OXA-23 ve OXA-58 from the acinetobacter baumannii species and investigation of clonal relationship by PFGE
ŞERAFETTİN KEYİK
- Nonfermentatif gram negatif bakterilerde metallo-beta-laktamaz varlığının araştırılması
Investigation of metallo-beta-lactamases enzyme in nonfermentative gram-negative bacteria
ZEYNEP ERDİL
- Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi enfeksiyon hastalıkları kliniğince izlenen yoğun bakım ünitelerinde 2010-2013 yılları arasında gelişen hastane enfeksiyonlarının değerlendirilmesi
Evaluation of the nosocomial infections seen between 2010-2013 in the intensive care units which controlled by infectious disease clinic of the Necmettin Erbakan University Meram Medical Faculty
ARZU ARIBAŞ TARAKÇI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Necmettin Erbakan ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Çeşitli klinik örneklerden hastane enfeksiyon etkeni olarak izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii suşlarının pfge yöntemiyle genotiplendirilmesi
Various factors as a clinical samples from hospitals infecti̇on resi̇stant aci̇netobacter baumanni̇i̇ i̇solated carbapenem be genotyped by pfge strai̇ns
YASEMİN KIRIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Fırat ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...