Enfeksiyon hastalıklarla mücadelede moleküler yaklaşımlar
Molecular approaches to combat infectious diseases
- Tez No: 983125
- Danışmanlar: DOÇ. DR. URARTU ÖZGÜR ŞAFAK ŞEKER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Microbiology, Biotechnology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sentetik biyoloji, bulaşıcı hastalıklarla mücadelede kullanılmak üzere programlanabilir, modüler ve çok işlevli moleküler sistemlerin mantıksal olarak tasarlanmasını mümkün kılarak, geleneksel aşılar ve antimikrobiyal tedavilerin sınırlarının ötesinde yeni çözümler sunar. Bu tez, sentetik biyolojiden yararlanarak, ağır akut solunum yolu sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2) ve Mycobacterium tuberculosis (Mtb) olmak üzere iki önemli solunum yolu patojenine karşı terapötik ve tanısal platformlar geliştirmektedir. İlk çalışmada, inaktive SARS-CoV-2 partiküllerine yüksek bağlanma afinitesi gösteren 12 amino asit uzunluğunda peptitlerin seçilmesi için bir M13 faj gösterim kütüphanesi kullanılmıştır. Seçilen peptitler sentezlenmiş ve spike proteini ile etkileşimleri kuvars kristal mikrobalans (QCM) ile, spike–ACE2 bağlanma inhibisyonu ise enzim bağlantılı immünosorbent analiz (ELISA) ile hem yaban tipi hem de varyant suşlarda değerlendirilmiştir. Birçok aday, güçlü nötralizasyon aktivitesi göstermiş ve bu durum onların antiviral ilaçlar ile tanı sistemlerinin çok yönlü bileşenleri olarak potansiyelini ortaya koymuştur. İkinci projede, Mtb'nin bağışıklık sisteminden kaçış mekanizmaları, maya yüzey gösterim kütüphanesinden seçilen EsxA ve EsxB hedefli nanoküçük antikorların (nanobody) üretilmesi ve bağışıklık tanılamayı TLR2'den mühendislik ürünü TLR4 sinyal yoluna yönlendirecek kimerik Toll-benzeri reseptörlerin (TLR) tasarlanması ile hedeflenmiştir. In vitro hata eğilimli PCR mutagenezi ve in silico dizi çeşitlendirmesi, ileri düzey yüksek verimli taramalarda kullanılmak üzere bir TLR4 reseptör kütüphanesi oluşturmak için tamamlayıcı şekilde uygulanmıştır. Genel olarak, bu yaklaşımlar, çeşitli ve ortaya çıkan patojenik tehditlere hızla uyarlanabilecek modüler terapötik ve tanısal reaktiflerin geliştirilmesine yönelik sentetik biyoloji rehberliğinde bir platformu ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Synthetic biology enables the logical design of programmable, modular, and multifunctional molecular systems to combat infectious diseases, offering new solutions outside the limitations of conventional vaccines and antimicrobial therapies. This thesis takes advantage of synthetic biology to develop therapeutic and diagnostic platforms against two leading respiratory pathogens, which are severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and Mycobacterium tuberculosis (Mtb). In the first study, a phage display library of M13 was used to select 12-mer peptides with high binding affinity to inactivated SARS-CoV-2 particles. Selected peptides were synthesized and evaluated by quartz crystal microbalance (QCM) for Spike (S) protein interaction by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for S-ACE2 binding inhibition in wild-type as well as variant strains. Several candidates exhibited vigorous neutralization activity, suggesting their potential as antiviral drugs and versatile components of diagnostic systems. The second project addressed Mtb immune evasion by generating EsxA- and EsxB-targeting nanobodies from a yeast surface display library and engineering chimeric Toll-like receptors (TLRs) to redirect immune recognition from TLR2 to engineered chimeric TLR4 signaling pathways. Also, in vitro error-prone PCR mutagenesis and in silico sequence diversification were complementarily utilized to create a TLR4 library for further high-throughput screening. Collectively, these approaches illustrate a synthetic biology-guided platform for developing modular therapeutic and diagnostic reagents that can be quickly tailored to varied and emerging pathogenic threats.
Benzer Tezler
- Discovery of small molecules with inhibitory potential and therapeutic peptide design against clostridium difficile infection
Clostridium difficile enfeksiyonuna yönelik inhibitör potansiyeline sahip küçük molekül keşfi ve terapötik peptid tasarımı
DAMLA NUR ÇAMLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER ZORLUUYSAL
- Restoration of vancomycin sensitivity using antisense RNA and investigation of its efficacy in vancomycin-resistant Enterococci in infected mice
Antisens RNA kullanarak vankomisin hassasiyetinin restorasyonu ve vankomisin dirençli Enterokok ile enfekte farelerde etkinliğinin araştırılması
MELİS YALÇIN BENLİ
Doktora
İngilizce
2025
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT BOZDOĞAN
- Ankara ilindeki üç ilköğretim okulu öğrencilerinin epilepsiye yaklaşımı ve hastalık hakkındaki bilgi düzeyleri
Knowledge of epilepsy and attitudes towards the condition among three elementary schools students in Ankara
İKBAL OK BOZKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE SERDAROĞLU
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Hassas buğday (Triticum aestivum L.) seri82 çeşidinde sarı pas (Puccinia striiformis f. sp. tritici) enfeksiyonu gelişiminde rol alan proteinlerin proteomik yaklaşımla incelenmesi
Proteomic analysis of proteins in susceptible wheat cultivar (Triticum aestivum L.) seri82 upon development of yellow rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) infection
YAHYA EMİN DEMİRCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
ZiraatYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SENAY VURAL KORKUT