Geri Dön

Akciğer tüberkülozunun laboratuvar tanısında Xpert MTB/RIF ultra testinin dışkı örneklerinde tanısal performansının değerlendirilmesi

Evaluation of the diagnostic performance of Xpert MTB/RIF ultra test in stool samples for the laboratory diagnosis of pulmonary tuberculosis

PDF İndir

  1. Tez No: 985254
  2. Yazar: AYLİN VAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALİ ALBAY
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Tüberküloz, akciğer tüberkülozu, Xpert MTB/RIF Ultra, dışkı, Tuberculosis, pulmonary tuberculosis, Xpert MTB/RIF Ultra, stool
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: Ankara Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Giriş-Amaç: Tüberküloz (TB), etkeni Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTK) olan ve genellikle akciğer tutulumunun yanında bütün vücudu etkileyerek farklı klinik tablolar oluşturabilen bir hastalıktır. Tanıda altın standart, kültür yöntemi ile etkenin izole edilmesidir. Balgam, akciğer tüberkülozu şüphesinde ilk tercih edilen örnek türüdür. Ancak balgam örneklerinin her zaman istenilen kalitede olmaması, az bakteri içerebilmesi, toplanmasındaki zorluklar ve kültür süresinin uzun olması, tüberküloz tanısının geç konulmasına neden olabilmektedir. İnsanlarda, fizyolojik olarak, üretilen balgamın çoğu yutulur ve gastrointestinal sistemden geçerek dışkı ile atılır. Dolayısıyla dışkı örnekleri, akciğer tüberkülozunu gösteren mikobakteriyel DNA'nın varlığını tespit etmek için moleküler yöntemler ile kullanılabilen alternatif bir örnek türü olabilmektedir. Bu çalışmada balgam kültürü ile akciğer tüberkülozu tanısı almış hastalardan elde edilen dışkı örneklerinde Xpert MTB/RIF Ultra (Cepheid, Sunnyvale, CA, USA) testinin tanısal performansının değerlendirilmesi ve sonuçların altın standart yöntem ile karşılaştırarak dışkı örneklerinin akciğer TB'nin moleküler tanısında alternatif bir örnek türü olarak kullanılabilirliğini araştırmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma, 2024-2025 yılları arasında Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi ile Ankara Atatürk Sanatoryum Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde, balgam örneklerinde BACTEC MGIT (Mycobacteria Growth Indicator Tube) 960 (Becton Dickinson Diagnostic Systems) otomatik sıvı kültür sistemi veya Löwenstein-Jensen (LJ) katı besiyeri kullanılarak akciğer tüberkülozu tanısı konulmuş hastalardan alınan dışkı örnekleri üzerinde gerçekleştirilmiştir. Çalışmaya toplam 90 hasta dahil edilmiştir. Hastalara ait dışkı örnekleri, Cepheid firmasının alternatif örnekler için yayınladığı kılavuzda yer alan Kokuto ve ark. yöntemi ile çalışılmış ve MTK DNA'nın tespiti için Xpert MTB/RIF Ultra testi kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, altın standart kültür yöntemi ile karşılaştırılarak testin istatistiksel olarak performansı değerlendirilmiştir. x Bulgular: Çalışmaya 90 vaka dahil edilmiştir. Xpert MTB/RIF Ultra dışkı testinde olguların %6,7'si negatif, %93,3'ü pozitif saptanmıştır. Pozitif olguların basil yüklerine bakıldığında, %27,8'i eser (trace), %25,6'sı çok düşük (very low), %37,8'i düşük (low) ve %2,2'si orta (medium) düzeyinde saptanmıştır. Yüksek (high) olarak saptanan sonuç olmamıştır. Rifampisin duyarlılık durumuna bakıldığında dışkı örneklerinin %32,2'si rifampsin direnci belirsiz, %44,4'ü duyarlı ve %16,7'si ise dirençli olarak saptanmıştır. MGIT 960 balgam sıvı kültür sisteminde örneklerin %95,7'inde üreme olmuş, %3,3'lük kısmında üreme olmamıştır. MGIT 960 sıvı kültür yöntemi ile balgam örneklerindeki rifampisin duyarlılığına bakıldığında olguların %27,8'i dirençli, %72,2'si duyarlı bulunmuştur. LJ kültüründe ise balgam örneklerinin %71,1'inde üreme olmuş, %28,9'inde üreme olmadığı tespit edilmiştir. Her iki kültür yönteminin birleşik sonuçları referans olarak alındığında Xpert MTB/RIF Ultra testinin dışkı örnekleri için tanısal duyarlılığı %93,3 olarak saptanmıştır. Çalışmada kontrol (sağlam) grup olmadığı için özgüllük, pozitif prediktif değer, negatif prediktif değer, negatif olabilirlik oranı, pozitif olabilirlik oranı ve doğruluk hesaplanamamıştır. MGIT 960 balgam sıvı kültür sisteminde rifampisin duyarlılık sonuçları referans olarak alındığında Xpert MTB/RIF Ultra testinin dışkı örneklerinde rifampisin direncini saptama duyarlılığı %81,25 (GA: 54,35–95,95), özgüllüğü %94,87 (GA: 82,68–99,37), pozitif prediktif değeri (PPD) %86,67 (GA: 62,28–96,24) ve negatif prediktif değeri (NPD) %92,50 (GA: 81,60–97,17) olarak hesaplanmıştır. Pozitif olabilirlik oranı (POO) 15,84 (GA: 4,02–62,37), negatif olabilirlik oranı (NOO) 0,20 (GA: 0,07–0,55) olarak saptanmış, testin doğruluk oranı ise %90,91 (GA: 80,05–96,98) olarak bulunmuştur. Sonuç: Tüberküloz önlenebilir ve genellikle tedavi edilebilir bir hastalık olmasına rağmen tanı koyulmasındaki gecikmeler hastalığın prognozunu etkilemektedir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), akciğer tüberkülozu (ATB) tanısında, Xpert MTB/RIF ve Xpert MTB/RIF Ultra testlerinin dışkı örneklerinde kullanımını önermektedir. Bunun için farklı dışkı işleme yöntemleri geliştirilmiştir. Dışkı örneklerinin moleküler testlerde kullanımına dair optimize edilmiş bir yöntem olmaması daha fazla farklı yöntemin değerlendirilmesini ve bu konuda çalışmalar xi yapılmasını gerektirmektedir. Böylelikle dışkı örneklerinin ileride akciğer tüberkülozunun moleküler tanısında kullanımı yaygınlaşabilir ve hastalığın erken tanısının koyulmasında fayda sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

Introduction-Objective: Tuberculosis (TB) is a disease caused by the Mycobacterium tuberculosis complex (MTK) that typically affects the lungs but can also affect the entire body, leading to various clinical presentations. The gold standard for diagnosis is isolation of the causative agent by culture. Sputum is the first choice sample type in suspected pulmonary tuberculosis. However, sputum samples may not always be of the desired quality, may contain few bacteria, may be difficult to collect, and the long culture time may delay the diagnosis of tuberculosis. Physiologically, most of the sputum produced in humans is swallowed and passes through the gastrointestinal system, being excreted in the feces. Therefore, stool samples can be an alternative sample type that can be used with molecular methods to detect the presence of mycobacterial DNA indicative of pulmonary tuberculosis. This study aimed to evaluate the diagnostic performance of the Xpert MTB/RIF Ultra (Cepheid, Sunnyvale, CA, USA) test in stool samples obtained from patients diagnosed with pulmonary tuberculosis using sputum culture and to investigate the feasibility of using stool samples as an alternative sample type for the molecular diagnosis of pulmonary TB by comparing the results with the gold standard method. Materials and Methods: This study was conducted at Gülhane Training and Research Hospital and Ankara Atatürk Sanatorium Training and Research Hospital between 2024 and 2025 on stool samples obtained from patients confirmed diagnosis of pulmonary tuberculosis on sputum samples using BACTEC MGIT (Mycobacteria Growth Indicator Tube) 960 (Becton Dickinson Diagnostic Systems) automated liquid culture system or Löwenstein-Jensen (LJ) solid medium. A total of 90 patients were included in the study. The stool samples from the patients were processed using the method described by Kokuto et al. in the Cepheid company's guidelines for alternative samples, and the Xpert MTB/RIF Ultra test was used for mycobacterial DNA detection. The results obtained were compared with the gold standard culture method to evaluate the statistical performance of the test. xiii Results: The study included 90 cases. In the Xpert MTB/RIF Ultra stool test, 6.7% of cases were negative and 93.3% were positive. When examining the bacterial loads of positive cases, 27.8% were trace, 25.6% were very low, 37.8% were low, and 2.2% were medium. No results were detected as high. Regarding rifampicin susceptibility, 32.2% of stool samples were found to be of indeterminate rifampicin resistance, 44.4% were susceptible, and 16.7% were resistant. In MGIT 960 sputum liquid culture, growth was detected in 95.7% of samples, while no growth was observed in 3.3%. When rifampicin susceptibility in sputum samples was examined using MGIT 960 liquid culture, 27.8% of cases were resistant and 72.2% were susceptible. In LJ culture, growth was observed in 71.1% of sputum samples, while no growth was detected in 28.9%. When the combined results of both cultures are taken as a reference, the diagnostic sensitivity of the Xpert MTB/RIF Ultra test for stool samples was determined to be 93.3%. Since there was no control group in the study, specificity, positive predictive value, negative predictive value, negative likelihood ratio, positive likelihood ratio, and accuracy could not be calculated. When MGIT 960 sputum liquid culture rifampicin susceptibility results were used as a reference, the sensitivity of the Xpert MTB/RIF Ultra test for detecting rifampicin resistance in stool samples was 81.25% (CI: 54.35–95.95), specificity was 94.87% (CI: 82.68–99.37), the positive predictive value (PPV) was 86.67% (CI: 62.28–96.24), and the negative predictive value (NPV) was 92.50% (CI: 81.60–97.17). The positive likelihood ratio was determined to be 15.84 (CI: 4.02–62.37), the negative likelihood ratio (NLR) was 0.20 (CI: 0.07–0.55), and the accuracy rate of the test was found as 90.91% (CI: 80.05–96.98). Conclusion: Although tuberculosis is a preventable and generally treatable disease, delays in diagnosis affect the prognosis of the disease. The World Health Organization (WHO) recommends the use of Xpert MTB/RIF and Xpert MTB/RIF Ultra tests on stool samples for the diagnosis of pulmonary tuberculosis (PTB). For this purpose, different stool processing methods have been developed. The lack of an optimized method for the use of stool samples in molecular tests necessitates the evaluation of more different methods and further research in this area. Thus, the use xiv of stool samples in the molecular diagnosis of pulmonary tuberculosis may become more widespread in the future and may be beneficial in the early diagnosis of the disease.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    662349

    Akciğer ve akciğer dışı tüberkülozda xpert ve xpert ultra testlerinin tanısal verimliliği

    Başlık çevirisi yok

    İHSAN TOPALOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERİR ÖZKAN

  2. Tez No

    173087

    Böbrek tüberkülozu vakalarında klinik ve labaratuvar bulguları

    Başlık çevirisi yok

    ZİYA FATI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1971

    NefrolojiHacettepe Üniversitesi

  3. Tez No

    90026

    Laboratuvarımızda hazırladığımız ELISA kiti ile akciğer tüberkülozunun serolojik tanısı

    The serological diagnosis of pulmonary tuberculosis with ELISA kit which is produced in our laboratory

    ZEYNEP SÜMER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    Göğüs HastalıklarıCumhuriyet Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖMER POYRAZ

  4. Tez No

    638608

    Pediatrik romatoloji hastalarındaTNF-alfa blokörü kullanımı öncesi tüberküloz enfeksiyonu tanısında interferon-gama salınım testlerinin tanısal değeri

    Diagnostic value of interferon-gamma release assay in the diagnosis of tuberculosis infection before the use of TNF-alpha blocker in pediatric rheumatology patients

    FATMA TUĞBA ÇETİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİNE KOCABAŞ

  5. Tez No

    260239

    Tüberkülin cilt testi pozitif olan hastalarda akciğer grafisi ve toraks bilgisayarlı tomografi bulgularının karşılaştırılması

    Başlık çevirisi yok

    EVRİM EFE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bakanlığı

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DR. RENGİN ŞİRANECİ

Geri Dön