Geri Dön

Türkiye şap virüsü serotiplerinin hızlı ve güvenilir teşhisi için ilmek aracılı izotermal amplifikasyon (loop-mediated isothermal amplification-LAMP) yöntemi geliştirilmesi ve validasyonu

Development and validation of loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for rapid and reliable diagnosis of foot and mouth virus serotypes in Türkiye

PDF İndir

  1. Tez No: 985505
  2. Yazar: SENA İNEL TURGUT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL YAVRU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Selçuk Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Viroloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Şap Hastalığı çift tırnaklı hayvanların, akut seyirli, yüksek ekonomik kayba sebebiyet veren viral bir hastalığıdır. Şap virüsünün yedi serotipi vardır ve ülkemizde A, O, Asia1 tipleri görülmektedir. Ancak 2015 yılından beri Asia1, 2018 yılından beri A serotipi tespit edilememiştir. Şap hastalığı ile mücadele tüm dünyada büyük önem taşımaktadır. Ülkemizde mevcut kontrol ve mücadelede itlaf olmadığından, hastalığın erken teşhisi ile karantina önlemlerinin hızla alınması, hayvan hareketi kısıtlamaları ve aşılama önemli unsurlardandır. İdeal bir teşhis yöntemi spesifik, duyarlı, hızlı ve ekonomik olmalıdır. Moleküler teşhis yöntemleri, in-vitro virüs izolasyonuna ve serolojik testlere göre daha hızlı sonuç veren testlerdir. Moleküler teşhis yöntemlerinden en bilineni polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) cihazlarının maliyetleri laboratuvarları ekonomik yönden zorlamaktadır. Sahada veya düşük bütçeli laboratuvarlarda, uygun maliyetli ekipmanlar ile hızlı, spesifik ve duyarlı bir teşhis yöntemi geliştirmek amacı ile 2000'li yıllarda nükleik asit amplifikasyonuna dayalı İlmek Aracılı Izotermal Amplifikasyon (LAMP) yöntemi geliştirilmiş ve birçok viral hastalık teşhisinde çalışmalar yapılmıştır. LAMP yöntemi basit çalışma prensibi ile ısı değişimlerine ihtiyaç olmadığından, cihazların diğer moleküler teşhis cihazlarına (PCR vb.) göre daha ekonomiktir ve cihaz yokluğunda ise sabit ısıya ayarlanabilen bir ısı bloğu veya su banyosu ile amplifiye ürünler oluşturmak mümkündür. Sonuç değerlendirme aşamasında floresan boyalar veya turbidimetre cihazlarının yanı sıra basit end-point sistemleri de kullanılabilir. Diğer moleküler teşhis yöntemleri ile kıyaslandığında kullanımı kolay ve ulaşılabilir olması ve yapılan bazı çalışmalarda hassasiyetin konvansiyonel PCR'dan 1000 kat daha hassas olduğu tartışması bu teşhis yönteminin ülkemiz suşlarını tespit edebilmesi için geliştirilmesi ve konvansiyonel ve real-time PCR yöntemleri ile karşılaştırılmasına temel hazırlamıştır. Son zamanlarda gelişen teknoloji ile PCR mastermikslerin ve cihazların iyileşmesine rağmen 35-40 sikluslu bir PCR testi en az 1.5-2 saat sürmekte iken LAMP ile bu süre 30-60 dakika arasındadır. Bu çalışmada, arşiv örnekleri ile LAMP teşhisi optimize ve valide edilerek serotiplerin tayini yapılacaktır ve sonuçlar konvensiyonel PCR ve rt-RT-qPCR ile karşılaştırılacaktır.

Özet (Çeviri)

Foot and mouth disease is the disease of ungulate animals with and acute course and high economic loss. There are seven different serotypes of the foot-and-mouth disease virus and the serotypes of A,O and Asia 1 are seen in Turkey. However, serotype Asia 1 has not been detected since 2015 and serotype A since 2018 January. The fight against foot and mouth disease is of great importance all over the world. Since culling is not yet included in the current control and intervention programs in our country, early diagnosis of the disease and quarantine measures are taken quickly. Animal movement restrictions and vaccination are the main elements in effective intervention and control. An ideal diagnostic method should be specific, sensitive, rapid and economical. Molecular diagnostic methods are tests that give faster results than in-vitro virus isolation and serological tests. Even the cost of the most well-known molecular diagnostic method, polymerase chain reaction (PCR) challenges laboratories economically. Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) method based on nucleic acid amplification was developed in the 2000s in order to develop a fast, specific and sensitive diagnostic method with cost-effective equipment in the field or in low-budget laboratories, and studies were carried out in the diagnosis of many viral diseases. Since the LAMP method, with its simple working principle, does not require heat exchanges, it ensures that the devices are more economical than other molecular diagnostic devices (PCR, etc.), and in the absence of the device, it is possible to create amplified products with a heat block or water bath that can be adjusted to a constant temperature. Due to the nature of the reaction that occurs, simple end-point systems can be used in addition to fluorescent dyes or turbidimeter devices during the result evaluation phase. The fact that it is easer to use and more accessible compared to other molecular diagnostic methods, and the evaluation that the sensitivity is 1000 times higher than conventional PCR in some studies has laid the groundwork for the development of this diagnostic method to detect strains in our country and to compare it with conventional and real-time PCR methods. Despite the improvement of PCR mastermixes and devices with the recently developed technology, a PCR test with 35-40 cycles takes at least 1,5-2 hours, while this time is between 30-60 minutes with LAMP. In this study, serotypes will be determined by optimizing and validating LAMP diagnosis with archival samples and the results will be compared with conventional PCR and rt-RT-qPCR.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    242633

    Türkiye'de şap viruslarının tanı ve tiplendirilmesinde multipleks RT-PCR tekniği geliştirilmesi ve tanısal değerinin araştırılması

    Devolopment of multiplex RT-PCR technique for FMDV diagnosis and typing in Turkey

    BEYHAN SAREYYÜPOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM BURGU

  2. Tez No

    739907

    Farklı büyüme karekteristiğine sahip BHK21 hücrelerinin integrin ve HSPG membran proteinlerinin şap virüsü serotiplerine karşı afinitelerinin karşılaştırılması

    Comparison of integrin and HSPG membrane protein affinity of BHK cells with different growth characteristics against FMD viruses

    HİLAL PARLAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiEskişehir Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE MEHTAP KUTLU

    DR. ŞÜKRAN YILMAZ

  3. Tez No

    30037

    Türkiye'de izole edilen A ve O tipi şap virusu suşlarının antijenik varyasyonlarının SDS-PAGE ile incelenmesi

    Determination of antigenic variations of A and O type foot and mouth disease virus strains isolated in Turkey by SDS-PAGE

    S. İSMET GÜRHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Veteriner HekimliğiSelçuk Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDUN ÖZTÜRK

  4. Tez No

    163999

    Türkiye`de izole edilen şap viruslarının genetik ve antijenik karakterizasyonu

    Genetic and antigenic characterisation of foot-and-mouth disease viruses isolated from Turkey

    ÜNAL PARLAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERAY ALKAN

  5. Tez No

    281881

    Şap hastalığının Afyokarahisar'da faaiyet gösteren veteriner hekimler tarafından değerlendirilmesi

    Evaluation of food and mooth diseases by veterinarians working in the of province Afyonkarahisar

    MUHAMMED NEVZAT ALGAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Veteriner HekimliğiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Veterinerlik İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİH MEHMET BİRDANE

Geri Dön