Konjenital sitomegalovirüs enfeksiyonu tanısında sitomegalovirüs DNA'sının filtre kağıdında kurutulmuş idrarda polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması: Yöntem validasyonu
Detection of cytomegalovirus DNA in dried urine on filter paper by polymerase chain reaction for the diagnosis of congenital cytomegalovirus infection: Method validation
- Tez No: 986383
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK ÇOLAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: sitomegalovirüs (cmv), konjenital cmv tanısı, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), filtre kağıdında kurulmuş idrar örneği, validasyon, Enfeksiyonlar, PCR, Cytomegalovirus (CMV), congenital CMV diagnosis, polymerase chain reaction (PCR), dried urine on filter paper, validation, Infections
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı ulusal tarama programına olanak sağlamak için; filtre kağıtlarına emdirilerek kurutulmuş idrar örneklerinden CMV DNA'sının saptanmasında gerçek zamanlı PZR yönteminin valide edilmesidir. Yöntem: CMV DNA pozitif örnek olarak konjenital CMV enfeksiyonu olan bir bebeğin idrarı, filtre kâğıdı olarak da Guthrie kartları kullanılmıştır. 10⁵ IU/mL CMV DNA'ya sahip idrar örneğinden yapılan seri dilüsyonlar (10⁴, 10³, 10² IU/mL) filtre kağıtlarına damlatılarak kurutulmuş ve standart laboratuvar koşullarında saklanmıştır. DNA ekstraksiyonu kurutmanın ardından belirlenen belirli günlerde (1., 2., 4., 8. ve 16. gün) yapılmış, ardından PZR analizi gerçekleştirilmiştir. Veriler karışıklık matrisi üzerinden değerlendirilmiş; doğruluk, duyarlılık, özgüllük, kesinlik ve ROC analizi hesaplanmıştır. Bulgular: Yöntem yüksek analitik performans göstermiştir. 10³, 10⁴ ve 10⁵ IU/mL konsantrasyonlarında %100 pozitiflik saptanırken, 10² IU/mL düzeyinde pozitiflik oranı düşük saptanmıştır. Testin doğruluk, duyarlılık, özgüllük ve kesinlik değerleri %100 bulunmuştur. ROC analizi ( Receiver Operating Characteristic – Alıcı İşlem Karakteristik Eğrisi) sonucunda AUC değeri (Area Under the Curve – Eğri Altındaki Alan) 1.0 olup, pozitif ve negatif grupların mükemmel şekilde ayrıldığını göstermektedir. Optimal eşik değeri 10³ IU/mL olarak belirlenmiş, farklı günlerde yapılan analizlerde sonuçların değişmemesi örneklerin yüksek stabilitesini doğrulamıştır. Sonuç: Filtre kağıtlarında kurutulmuş idrar örneklerinin PZR yöntemiyle analiz edilmesinin konjenital CMV enfeksiyonunun tanısında yüksek doğruluk ve pratiklik sunduğunu göstermektedir. Yöntem, örnek toplama, stabilite ve taşınabilirlik açısından avantaj sağlamakta olup hem laboratuvar hem saha koşullarında uygulanabilir. Ayrıca yenidoğan tarama programlarına entegre edilerek CMV'ye bağlı komplikasyonların önlenmesine katkı sağlayabilir.
Özet (Çeviri)
Objective: This study aimed to contribute to national screening programs by developing a standardized and validated method based on the evaluation of dried urine samples on filter paper using the polymerase chain reaction (PCR) technique for the diagnosis of congenital cytomegalovirus (cCMV) infection. Method: The urine of a newborn diagnosed with congenital CMV infection was used as the CMV DNA–positive sample, and Guthrie cards were used as the filter paper. Serial dilutions (10⁴, 10³, 10² copies/mL) were prepared from urine containing 10⁵ copies/mL CMV DNA, spotted onto filter papers, dried, and stored under standard laboratory conditions. DNA extraction was performed on predetermined days (1st, 2nd, 4th, 8th, and 16th days) following drying, and subsequently, PCR analysis was conducted. Data were evaluated through a confusion matrix, and diagnostic performance parameters such as accuracy, sensitivity, specificity, precision, and ROC analysis were calculated. Results: The method demonstrated high analytical performance. A 100% positivity rate was obtained at 10³, 10⁴, and 10⁵ copies/mL concentrations, whereas a lower positivity rate was observed at 10² copies/mL. The test achieved 100% accuracy, sensitivity, specificity, and precision. ROC analysis revealed an AUC value of 1.0, indicating perfect discrimination between positive and negative groups. The optimal cut-off value was determined as 10³ copies/mL. Consistent results across different test days confirmed the high stability of the dried urine samples. Conclusion: The analysis of dried urine samples on filter paper using the PCR method demonstrated high accuracy and practicality in the diagnosis of congenital CMV infection. The method provides advantages in terms of sample collection, stability, and portability, making it applicable under both laboratory and field conditions. Furthermore, it may contribute to the prevention of CMV-related complications when integrated into neonatal screening programs.
Benzer Tezler
- Konjenital sitomegalovirüs enfeksiyonu tanılı hastalarda risk faktörlerinin belirlenmesi, tanı yöntemlerinin, tedavi yanıtının ve prognozun değerlendirilmesi
Determination of risk factors, evaluation of diagnostic methods, treatment response and prognosis in patients diagnosed with congenital citomegalovirus infection
HÜSEYİN ÇAĞRI BULUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERYA ALABAZ
- Konjenital sitomegalovirus infeksiyonu tanısında sitomegalovirus en erken antijenin yeri ve immüperoksidaz boyama yöntemiyle gösterilmesi
Başlık çevirisi yok
AYŞE SEVAL ERDİNÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1993
Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CİHAT ŞEN
- CMV enfeksiyonlarının serolojik tanısında kullanılan tarama yöntemleri
Başlık çevirisi yok
SEVDA BABACAN
- Hastanemizde 2005–2010 yılları arasında sitomegalovirus enfeksiyonu tanısı almış immunkompetan çocukların değerlendirilmesi
Evaluation of immuncompatant children diagnosed with citomegalovirus infection between 2005-2010 in our hospital
ELİF ÇELİKEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık BakanlığıÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN TEZER
- Sitomegalovirus enfeksiyonu tanısı alan bebeklerin işitme kaybıdurumlarının araştırılması
Investigation of hearing loss status in infants diagnosed withcytomegalovirus infection
ENES FURKAN BELDÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM MURAT HIRFANOĞLU