Exploring the protein interactors of the potential mitochondrial disease gene PYROXD2 using BIOID2-Based proximity labeling
BIOID2 tabanlı yakınlık etiketleme yöntemiyle potansiyel mitokondriyal hastalık geni olan PYROXD2'nin protein etkileşimlerinin araştırılması
- Tez No: 989165
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mitokondriyal hastalıklar, mitokondriyal ve nükleer genlerdeki bozukluklardan kaynaklanarak geniş bir klinik yelpazede ortaya çıkan ve tanı süreçlerini zorlaştıran heterojen bir hastalık grubudur. Bu heterojenite, özellikle fonksiyonu tam olarak aydınlatılmamış mitokondriyal proteinlerin araştırılmasını klinik açıdan önemli hâle getirmektedir. Piridin nükleotid-disülfür oksidoredüktaz ailesinin bir üyesi olan PYROXD2, son yıllarda bildirilen bialelik varyantlar ile ağır nörogelişimsel ve metabolik fenotiplerle ilişkilendirilmiş olsa da, proteinin hücresel işlevi ve patojenik varyantların etkileri büyük ölçüde belirsizdir. Bu tez çalışmasında, PYROXD2'nin mitokondriyal homeostazdaki olası rolü ve c.257G>A ile c.1276G>A varyantlarının hücresel düzeyde oluşturabileceği etkiler, HEK293T hücre modelinde incelenmiştir. PYROXD2'nin komşu proteomunu tanımlamak amacıyla BioID2 tabanlı bir yakınlık etiketleme yaklaşımı uygulanmış; potansiyel etkileşim adayları Western blot, streptavidin-HRP analizi ve immünofloresan boyama kullanılarak değerlendirilmiştir. Ek olarak, hasta ve sağlıklı bireylere ait dermal fibroblastlarda Seahorse XF Hücre Mito Stres Testi analizi yapılmış ve mitokondriyal morfolojiyi değerlendirmek amacıyla immünofloresan boyamalar incelenmiştir. Elde edilen bulgular, PYROXD2'nin mitokondriyal süreçlerle ilişkili olabileceğini ve varyantların hücresel enerji metabolizması ile mitokondriyal yapı üzerinde etkiler oluşturabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışma, PYROXD2'nin fonksiyonel özelliklerinin anlaşılmasına ve patojenik varyantların hücresel etkilerinin değerlendirilmesine yönelik önemli veriler sunmakta; mitokondriyal hastalıkların moleküler mekanizmalarının araştırılmasına katkı sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Mitochondrial diseases are a heterogeneous group of disorders arising from defects in mitochondrial and nuclear genes, presenting with a wide clinical spectrum and complicating diagnostic processes. This heterogeneity makes the investigation of mitochondrial proteins, whose function is not fully understood, clinically significant. PYROXD2, a member of the pyrimidine nucleotide disulfide oxidoreductase family, has been associated with severe neurodevelopmental and metabolic phenotypes in recent reports of biallelic variants; however, the cellular function of the protein and the effects of pathogenic variants remain largely unclear. In this study, the potential role of PYROXD2 in mitochondrial homeostasis and the effects that the c.257G>A and c.1276G>A variants may exert at the cellular level were investigated in HEK293T cell model. A BioID2-based proximity tagging approach was employed to identify the neighboring proteome of PYROXD2; potential interaction candidates were evaluated using Western blot, streptavidin-HRP analysis, and immunofluorescence staining. Additionally, the Seahorse XF Cell Mito Stress Test analysis was performed on dermal fibroblasts from patients and healthy individuals, and immunofluorescence staining was examined to evaluate mitochondrial morphology. The findings suggest that PYROXD2 may be associated with mitochondrial processes and that variants may have effects on cellular energy metabolism and mitochondrial structure. This study provides important data for understanding the functional properties of PYROXD2 and evaluating the cellular effects of pathogenic variants, contributing to the investigation of the molecular mechanisms of mitochondrial diseases.
Benzer Tezler
- Antioksidan oksidan etkileşimlerinin oksidatif stres ve farklı hücre ölüm süreçlerine etkisi
Effect of antioxidant-oxidant interactions on oxidative stress and different cell death processes
SABİHA TOK
- Investigating molecular interaction networks of nuclear factor one transcription factors
Nükleer faktör I transkripsyon faktörlerinin moleküler etkileşim ağlarının araştırılması
DİCLE MALAYMAR PİNAR
Doktora
İngilizce
2024
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
DOÇ. DR. MARKKU VARJOSALO
- Bilgisayar tabanlı ilaç tasarımı yoluyla yaşam süreciyle ilişkili sirtuin proteinlerindeki doğal biyoaktif bileşiklerin potansiyelinin araştırılması
Exploring the potential of natural bioactive compounds in sirtuin proteins associated with the lifespan process through computer-based drug design
MAZHAR TUĞTEKİN KAYA
Doktora
Türkçe
2025
Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKAN ÇELİK
DR. NAİL BEŞLİ
- Exploring the conformational transition between closed and open states of the sars-CoV-2 spike glycoprotein using molecular dynamics simulations
Sars-CoV-2 spike glikoproteininin kapalı ve açık halleri arasındaki konformasyonel geçişin moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
CEREN KILINÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Exploring molecular mechanisms that underlie regulation of transcription factor NFIB by the peptidyl prolyl isomerase pin1
NFIB transkripsiyon faktörünün peptidil prolil isomeraz PIN1 tarafından regülasyonunun moleküler mekanizmalarının araştırılması
SİNEM SARITAŞ ERDOĞAN
Doktora
İngilizce
2025
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR