Bilgisayar tabanlı ilaç tasarımı yoluyla yaşam süreciyle ilişkili sirtuin proteinlerindeki doğal biyoaktif bileşiklerin potansiyelinin araştırılması
Exploring the potential of natural bioactive compounds in sirtuin proteins associated with the lifespan process through computer-based drug design
- Tez No: 945562
- Danışmanlar: PROF. DR. ÜLKAN ÇELİK, DR. NAİL BEŞLİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu doktora tez çalışmasının amacı, doğal biyoaktif bileşiklerin SIRT 1, SIRT 3, SIRT 6 ve SIRT 7 proteinleri üzerindeki bağlanma modlarının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Bu amaç doğrultusunda öncelikle SIRT 1, 3, 6 ve 7 ile ilişkili doğal bileşiklerin tanımlanması için yüksek verimli sanal tarama (HTVS) gerçekleştirilmiştir. Tarama sonrası, hedef biyoaktif bileşiklerin belirlenmesi için ADMET analizi yapılmıştır. Son olarak, biyoaktif bileşikler ile hedef proteinler arasındaki yapısal stabilizasyonun incelenmesi için GROMACS paket programının kullanılması ile moleküler dinamik simülasyon (MDS) gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Sirtuin 1, 3, 6 ve 7 için yeni güçlü aktivatörler ligandları belirlemek amacıyla Gıda veritabanından (Food Database) 70,478 bileşik tarandı. Protein-ligand yerleştirme, ilk 15 küçük molekülden en yüksek yerleştirme puanına sahip beş aday molekül seçilerek gerçekleştirildi. Bu beş aday molekül; Fagopirin, emblikanin B, epikateşin-(4beta->8)-epikateşin-(2beta->7,4beta->8)-kateşin, withanolid ve dulcisisoflavon olarak belirlendi ve -12.7 ile -7.2 kcal/mol arasında değişen üstün bağlanma skorları gösterdiği tespit edildi. MDS, hedef proteinler ile biyobileşikler arasında 100 ns boyunca istikrarlı etkileşimlerin sürdüğünü ve önemli konformasyonel değişikliklerin yaşanmadığını ortaya koymuştur. Sonuç: Bu çalışma, sirtuinleri modüle eden bileşiklerin keşfi ve geliştirilmesi için hesaplamalı olarak verimli yeni bir yaklaşım sunarak anti-aging araştırmalarına önemli bir katkı sağlamaktadır. Ayrıca, yaşlanma ile ilişkili biyolojik yolların düzenlenmesinde doğal biyoaktif maddelerin henüz keşfedilmemiş potansiyeline dikkat çekerek, sağlığı ve uzun ömrü teşvik etmek amacıyla diyet temelli terapötik stratejilerin geliştirilmesi için yeni fırsatlar sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Aim: This PhD thesis aims to investigate the binding modes of natural bioactive compounds targeting SIRT1, SIRT3, SIRT6, and SIRT7 proteins. Materials and Methods: For this purpose, firstly high throughput virtual screening (HTVS) was performed to identify natural compounds related to SIRT 1, 3, 6 and 7. After screening, ADMET analysis was performed to identify target bioactive compounds. Finally, molecular dynamics simulation (MDS) was performed using GROMACS package program to investigate the structural stabilization between bioactive compounds and target proteins. Results: To identify novel potent activator ligands for Sirtuin 1, 3, 6, and 7, a total of 70,478 compounds from the Food Database were screened. Protein-ligand docking was performed by selecting five candidate molecules with the highest docking scores from the top 15 small molecules. These five candidate molecules were identified as fagopyrine, emblicanin B, epicatechin-(4beta->8)-epicatechin-(2beta->7,4beta->8)-catechin, withanolide, and dulcisisoflavone, demonstrating superior binding scores ranging from -12.7 to -7.2 kcal/mol. Molecular dynamics simulations (MDS) revealed that stable interactions between the target proteins and bioactive compounds persisted over a period of 100 ns, with no significant conformational changes observed. Conclusion: This study provides a computationally efficient novel approach for the discovery and development of sirtuin-modulating compounds, making a significant contribution to anti-aging research. Additionally, it highlights the untapped potential of natural bioactive substances in regulating biological pathways associated with aging, offering new opportunities for the development of diet-based therapeutic strategies aimed at promoting health and longevity.
Benzer Tezler
- Diesel motorları yakıt püskürtme sistemlerinin dinamik simülasyonu
Başlık çevirisi yok
İRFAN KARAGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ BORAT
- Ağızlık açma mekanizmalarının tasarımı
Başlık çevirisi yok
RECEP EREN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiUludağ ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİL R. ALPAY
- Doğuştan kalça çıkıklı hastalarda kalça patolojilerinin bilgisayarlı tomografi ile değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
NECDET ŞÜKRÜ ALTUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Ortopedi ve TravmatolojiGazi ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ORHAN ASLANOĞLU
- Kuyruk modelleri ve analizi üzerine bir uygulama
Başlık çevirisi yok
DİDEM ÖZPULAT
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
İstatistikEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİKRET İKİZ
- Landsat uydusu aracılığı ile elde edilen görüntülerin sınıflandırılmaları ve bunlara ilişkin bilgisayar programlarının hazırlanması
Başlık çevirisi yok
G. FERZAN KÜÇÜKA
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİS PÜSKÜLCÜ