Genomik yöntemlerle çözülemeyen diamond-blackfan anemisine sahip bireylerde RNAseq ile genetik sebebin araştırılması
Investigation of genetic etiology using RNAseq in individuals with genomically unsolved diamond-blackfan anemia
- Tez No: 990557
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ARDA ÇETİNKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Nadir hastalıklar, Rare diseases
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoinformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Diamond-Blackfan Anemisi (DBA), genellikle ribozomal protein (RP) genlerindeki fonksiyon kaybı mutasyonları ile ilişkilendirilen, eritroid öncüllerinin olgunlaşma eksikliği ile karakterize nadir bir ribozomopatidir. Bu tez çalışmasında, literatürdeki bu genel tablonun aksine, RPL5 genini de içeren geniş bir genomik duplikasyona sahip bir hastada fonksiyon kazancı mekanizmasının, transkriptomik düzeydeki sonuçlarını ve hastalık mekanizmasıyla ilişkisini aydınlatmak amacıyla RNA dizileme (RNAseq) yöntemi kullanılmıştır. Hasta ve ebeveynlerinden elde edilen verilerde; diferansiyel gen ifadesi, gen seti zenginleştirme, alelik dengesizlik ve anormal splicing analizleri gerçekleştirilmiştir. Bulgularımız, duplikasyon bölgesindeki genlerin ifadesinde belirgin bir artış olduğunu göstermiştir. Bu artışın ve bölgedeki alel dağılımının genomun diğer bölgelerin anlamlı derecede farklı olduğu, Monte Carlo permütasyon tabanlı testler ile istatistiksel olarak doğrulanmıştır. Duplikasyon bölgesi dışında kalan diğer RP genlerinde de telafi edici bir mekanizma olarak aşırı ifade saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma, genomik düzeyde tespit edilen bir duplikasyonun fonksiyonel etkilerini kanıtlamak için RNAseq analizinin gücünü ortaya koymaktadır. Transkriptomik veriler, RP genlerinin dengesinin bozulduğunu açıkça göstermekte ve DBA patogenezinde alışılagelmiş fonksiyon kaybı bozuklukların aksine, RP genlerindeki fonksiyon kazanımının da hastalığa yol açan bir mekanizma olabileceğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Diamond-Blackfan Anemia (DBA) is a rare ribosomopathy characterized by a maturation defect of erythroid precursors, typically associated with loss-of-function mutations in ribosomal protein (RP) genes. In this thesis, contrary to this general consensus in the literature, RNA sequencing (RNAseq) was employed to elucidate the transcriptomic consequences and the relationship with the disease mechanism of a gain-of-function mechanism in a patient harboring a large genomic duplication encompassing the RPL5 gene. Differential gene expression, gene set enrichment, allelic imbalance, and aberrant splicing analyses were performed on data obtained from the patient and parents. Our findings demonstrated a marked increase in the expression of genes within the duplication region. It was statistically confirmed via Monte Carlo permutation-based tests that this increase and the allelic distribution in the region were significantly different from other regions of the genome. Overexpression was also detected in other RP genes outside the duplication region as a compensatory mechanism. In conclusion, this study highlights the power of RNAseq analysis in validating the functional impacts of a duplication detected at the genomic level. Transcriptomic data clearly indicate a disruption in RP gene balance and reveal that, contrary to the conventional loss-of-function defects in DBA pathogenesis, gain-of-function in RP genes can also be a disease-causing mechanism.
Benzer Tezler
- Vaccinomics to design a chimeric vaccine candidate against four bordetella species
Dört bordetella türüne karşı bir kimerik aşı adayının tasarımı için vaksinomik yaklaşım
BEYZA USLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM YILMAZ ÇOLAK
- Transcriptomic and physiological meta-analysis of multiple stress-resistant Saccharomyces cerevisiae strains
Çoklu streslere dayanıklı Saccharomyces cerevisiae suşlarının transkriptomik ve fizyolojik meta-analizi
ABDULKADİR ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
DOÇ. DR. MEHMET BAYSAN
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Hematolojik malign hastalıklarda genomik instabilitenin farklı sitogenetik yöntemlerle (kromozom aberasyonu, kardeş kromatid değişimi, mikronukleus) araştırılması
The investigation of genomic instability in patients with haematological malignant diseases by different type of cytogenetic methods (chromosomal aberation, sister chromatid exchange, micronucleus)
BAŞAK SEVİNÇ
- Miyelodisplastik sendromlu olgularda genomik instabilitenin farklı sitogenetik yöntemlerle (Kromozom aberasyonu, kardeş kromatid değişimi, mikronukleus) araştırılması
The evaluation of genomic instability in patients with Myelodysplastic syndrome by different type of cytogenetic methods (Chromosomal aberation, sister chromatid exchange, micronucleus)
ESRA NAZLIGÜL
