Antik kentlerden toplanan toprak örneklerinde metagenomik analizler
Metagenomic analyzes in soil samples collected from ancient cities
- Tez No: 995222
- Danışmanlar: PROF. DR. ERCAN ARICAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Arkeoloji, Mikrobiyoloji, Genetics, Archeology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoteknoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mikroorganizmalar, yeryüzündeki canlı çeşitliliğinin büyük bir kısmını oluşturarak biyosferin temel dinamiklerinden birini meydana getirir. Ancak, kültürleme yöntemlerinin sınırlı uygulanabilirliği nedeniyle bu mikroorganizmaların büyük bölümü laboratuvar koşullarında tanımlanamamakta ya da izole edilememektedir. Günümüze kadar yalnızca küçük bir kısmı kültürleme yöntemleriyle saptanabilmiş olup, kültürlenmeyen türler mikrobiyal çeşitliliğin büyük bir bölümünü oluşturmaktadır. Metagenomik analiz yaklaşımları, kültürleme gerektirmeksizin çevresel örneklerden doğrudan DNA izolasyonu yapılmasına ve bu sayede mikroorganizmaların tür çeşitliliği, genetik yapısı, popülasyon ilişkileri ve ekosistem üzerindeki işlevsel rollerin ortaya konmasına olanak sağlamaktadır. Bu yöntem, ilaç keşfi, biyoteknoloji, biyoyakıt üretimi, tarımsal verimlilik ve ekolojik denge gibi çok sayıda bilimsel alanda önemli bir araç haline gelmiştir Son yıllarda paleomikrobiyoloj araştırmalarında yaygın olarak kullanılmakta olan metagenomik, geçmiş dönemlere ait mikrobiyal toplulukların genetik izlerini çözümleyerek, insanlık tarihindeki mikrobiyal evrimin anlaşılmasına ve antik ekosistemlerin yeniden kurgulanmasına önemli katkılar sunmaktadır. Bu çalışma, Antandros Antik Kenti ve Nif Dağı (Olympos) Kazısı'ndan elde edilen arkeolojik bulguların metagenomik verilerle desteklenebileceğini göstermekte; arkeolojik araştırmalara multidisipliner bir perspektif kazandırma potansiyelini ortaya koymaktadır. Ayrıca, elde edilen bulgular geçmiş dönemlerin mikrobiyal topluluk yapısı ve ekolojik dinamikleri hakkında çıkarımlarda bulunulabileceğini göstermiştir. Bununla birlikte, bu tez çalışması Türkiye'de antik yerleşim alanlarından elde edilen örneklerde gerçekleştirilen ilk metagenomik uygulamalardan biri olma niteliği taşımakta; Oxford Nanopore dizileme yaklaşımının paleomikrobiyolojik araştırmalarda kullanılabilirliğine dair önemli bir örnek sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Microorganisms constitute a large part of the biodiversity on Earth, forming one of the fundamental dynamics of the biosphere. However, due to the limited applicability of culturing methods, a large portion of these microorganisms cannot be identified or isolated under laboratory conditions. To date, only a small fraction have been detected using culturing methods, and the uncultured species make up a large part of microbial diversity. Metagenomic analysis approaches allow for the direct isolation of DNA from environmental samples without the need for culturing, thereby enabling the revelation of microbial species diversity, genetic structure, population relationships, and functional roles within the ecosystem. This method has become an important tool in numerous scientific fields such as drug discovery, biotechnology, biofuel production, agricultural productivity, and ecological balance. In recent years, metagenomics, widely used in paleomicrobiology research, has made significant contributions to understanding microbial evolution in human history and reconstructing ancient ecosystems by analyzing the genetic traces of microbial communities from past periods. This study demonstrates that archaeological findings from the Antandros Ancient City and Nif Mountain (Olympos) excavations can be supported by metagenomic data, revealing its potential to bring a multidisciplinary perspective to archaeological research. Furthermore, the findings show that inferences can be made about the microbial community structure and ecological dynamics of past periods. Moreover, this thesis is one of the first metagenomic applications carried out on samples from ancient settlement sites in Turkey, providing an important example of the usability of the Oxford Nanopore sequencing approach in paleomicrobiological research.
Benzer Tezler
- Kastamonu şehir çöplüğünün çevresindeki toprak ve bitki örtüsünün ağır metal konsantrasyonunun belirlenmesi
Determination of heavy metal concentration of soil and vegetation the city waste of Kastamonu
ÇAĞATAY ÖKSÜZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Ormancılık ve Orman MühendisliğiKastamonu ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GAMZE SAVACI
- The most appropriate integrated solid waste management plan targeting circular economy
Döngüsel ekonomiyi hedefleyen en uygun entegre katı atık yönetim planı
SEVIL TUTUNCHIAN
Doktora
İngilizce
2023
Enerjiİstanbul Teknik ÜniversitesiEnerji Bilimi ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MAHMUT ALTINBAŞ
- Assessment of urbanization history of Addis Ababa city, Ethiopia
Addıs Ababa cıty, Ethıopıa'nın kentleşme tarihinin değerlendirilmesi
ABDURAHMAN HUSSEN YIMER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Şehircilik ve Bölge PlanlamaMersin ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ CENAP YOLOĞLU
- Optimization of solid waste collection system of Antalya
Antalya katı atık toplama sisteminin optimizasyonu
SERPİL KARAKOL
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Çevre MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. HİKMET TOPRAK
- Türkiye için arazi kullanımına yönelik konumsal veri altyapısının modellenmesi
Modelling the spatial data infrastructure towards the land use in Turkey
MUZAFFER CAN İBAN
Doktora
Türkçe
2019
Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Okan ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OKTAY AKSU