Geri Dön

Nohut (cicer arietinum l.) bitkisinde LBD gen ailesi üyelerinin genom düzeyinde tanımlanması ve abiyotik stres cevabı ile olan ilişkilerinin gen ifadesi düzeyinde belirlenmesi

Identification of LBD gene family members in chickpea (cicer arietinum L.) plant at genome level and determination of their relationship with abiotic stress response at gene expression level

PDF İndir

  1. Tez No: 997808
  2. Yazar: NESLİHAN ÜNAL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. EMİNE SÜMER ARAS
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Biotechnology, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Abiyotik stres, Biyoinformatik, Nohut, Abiotic stress, Bioinformatics, Chickpea
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

İnsan tüketimi ve hayvan yemi olarak kullanılan, özellikle protein, karbonhidrat ve vitamin gibi besinsel açısından zengin olan nohut bitkisi önemli bir baklagil ürünüdür. Bitkiye özgü transkripsiyon faktörü ailesi olan LBD (Lateral Boundaries Domain) gen ailesi; polen ve organ oluşumu, doku yenilenmesinde, azot döngüsü süreçlerinde ve doğal bitki pigmenti düzenlenmesi gibi biyolojik süreçlerde rol oynamaktadır. Yapılan bu çalışmada nohut bitkisinde toplamda 43 LBD geni tanımlanmıştır. Filogenetik analiz sonucunda LBD proteinlerinin Sınıf Ia, Sınıf Ib, Sınıf Ic, Sınıf Id, Sınıf Ie ve Sınıf IIa, Sınıf IIb olmak üzere yedi aileye ayrıldığı saptanmıştır. LBD genleriyle yapılan gen duplikasyon analiz sonuçlarına göre; 6. kromozom üzerinde 1 (CaLBD25/CaLBD27) tandem duplikasyon ve 10 segmental duplikasyon etkinliği belirlenmiştir. LBD gen ailesinin nohut ve diğer türler ile evrimsel ilişkilerini anlamak için Arabidopsis thaliana ve Phaseolus vulgaris ile sintenik haritalar oluşturulmuştur. LBD genlerinin promotör bölgelerinde bulunan çeşitli cis-elementler fonksiyonlarına göre; çevresel stres, hormon, ışık, gelişim/büyüme ilgili cis-elementleri olarak gruplandırılmıştır. Toplam 38 adet miRNA ailesi tespit edilmiştir. Tuzluluk stresi nohut kök dokusu RNA-seq verileri kullanılarak oluşturulan ısı haritası sonucuna göre, CaLBD genlerinin çoğunluğunun tuz stresinde kontrole göre farklı ifadeler verdiği gözlenmiştir. Tuz stresine maruz bırakılmış bitkilerin kök ve yapraklarından dokular alınarak gerçek zamanlı kantitatif PCR (RT-qPCR) çalışması yapılmıştır. Yapılan çalışmanın sonuçlarına göre; CaLBD08, CaLBD22, CaLBD23, CaLBD28, CaLBD33 genleri, nohut bitkisinin tuz stresine verdiği tepkiye katkı sağlamaktadır. Çalışmamız, nohut bitkisi LBD genlerinin tuz stresine cevabı ve potansiyel biyolojik rollerine ilişkin anlayışımıza ışık tutmaktadır.

Özet (Çeviri)

Chickpea plant, which is used for human consumption and animal feed and is rich in nutrients such as protein, carbohydrates and vitamins, is an important legume crop. The LBD (Lateral Boundaries Domain) gene family, which is a plant-specific transcription factor family, plays a role in biological processes such as pollen and organ formation, tissue regeneration, nitrogen cycle processes and natural plant pigment regulation. In this study, a total of 43 LBD genes were identified in chickpea plants. As a result of phylogenetic analysis, it was determined that LBD proteins were divided into seven families as Class Ia, Class Ib, Class Ic, Class Id, Class Ie and Class IIa, Class IIb. According to the results of gene duplication analysis performed with LBD genes, 1 tandem duplication (CaLBD25/CaLBD27) and 10 segmental duplication activities were determined on chromosome 6. In order to understand the evolutionary relationships of the LBD gene family with chickpea and other species, syntenic maps were created with Arabidopsis thaliana and Phaseolus vulgaris. Various cis-elements found in the promoter regions of LBD genes are grouped according to their functions as environmental stress, hormone, light, development/growth related cis-elements. A total of 38 miRNA families were identified. According to the heat map result created using salinity stress chickpea root tissue RNA-seq data, it was observed that the majority of CaLBD genes gave different expressions under salt stress compared to the control. Tissue samples were taken from the roots and leaves of plants exposed to salt stress, and real-time quantitative PCR (RT-qPCR) studies were performed. According to the results of the study; CaLBD08, CaLBD22, CaLBD23, CaLBD28, CaLBD33 genes contribute to the response of chickpea plants to salt stress. Our study sheds light on our understanding of the response of chickpea LBD genes to salt stress and their potential biological roles.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    546506

    Türkiye'de siyah nohut (Cicer arietinum L.) bitkisinde in vitro rejenerasyon çalışmaları

    In vitro regeneration studies of black chickpea (Cicer arietinum L.) plant of turkey

    ARİFE KİRTİŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHAMMAD AASIM

  2. Tez No

    109931

    Nohut (cicer arietinum L. ) bitkisinde farklı çeşitler arasındaki genetik polimorfizmin DNA markır teknolojisi ile tanımlanması

    Determining the genetic polymorphism between different chickpea (cicer arietinum L. ) varieties by utilizing DNA marker technique

    YAPRAK AKTEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. S. TÜLAY HEKİMBAŞI

  3. Tez No

    274984

    Nohut bitkisinde (Cicer arietinum L.) Agrobacterium aracılı gen transferinin etkinleştirilmesi için vakum infiltrasyonu ve sonikasyonun birlikte kullanımının araştırılması

    An investigation on the combination of sonication and vacuum infiltration to enhance Agrobacterium mediated transformation in chickpea (Cicer arietinum L.)

    SEMA SELVİ NUR TAŞYAPAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiErciyes Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MİKAİL AKBULUT

  4. Tez No

    55446

    Harran Ovası şartlarında sulamanın nohut (Cicer arietinum L.) bitkisinde verim ve verim unsurlarına etkisi üzerinde bir araştırma

    Başlık çevirisi yok

    ARİF ÇELİKDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    ZiraatHarran Üniversitesi

    Y.DOÇ.DR. ADNAN BAYRAK

  5. Tez No

    183918

    Bor toksisitesinin nohut (Cicer arietinum L.)bitkisinde bazı fizyolojik ve biyokimyasal özellikler üzerindeki etkileri

    Effects of boron toxicity on some physiological and biochemical characteristics of chickpea (Cicer arietinum L.)

    MURAT ARDIÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. SÜLEYMAN TOKUR

    PROF.DR. İSMAİL TÜRKAN

Geri Dön