Havuç (Daucus carota) CCCH-tipi çinko parmak transkripsiyon faktör ailesinin genom tabanlı tespiti ve abiyotik streslere tepkilerinin değerlendirilmesi
Genome-wide identification and evaluation of abiotic stress responses of CCCH-type zinc-finger transcription factors in carrot (Daucus carota)
- Tez No: 997880
- Danışmanlar: PROF. DR. ZAHİDE NESLİHAN ÖZTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Genetik, Agriculture, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Abiyotik faktörler, Abiyotik stres, Filogenetik, Moleküler genetik, Abiotic factors, Abiotic stress, Phylogenetic, Molecular genetic
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
CCCH-tipi çinko parmak proteinleri, bitkilerde abiyotik stres yanıtında rol alan önemli bir transkripsiyon faktör ailesidir. Bu gen ailesi farklı bitki türlerinde incelenmiş olmakla birlikte, havuç bitkisinde bugüne kadar genom çapında tanımlanmamış ve abiyotik stres koşullarıyla ilişkilendirilmemiştir. Bu çalışmanın amacı, havuçta CCCH-tipi çinko parmak gen ailesini genom seviyesinde ilk kez tanımlamak ve seçilen aday genlerin abiyotik stres koşullarındaki transkripsiyonel yanıtlarını incelemektir. Genom çaplı analizler sonucunda havuç genomunda 71 adet CCCH-tipi çinko parmak geni ilk kez belirlenmiş ve bu genler filogenetik ve evrimsel açıdan değerlendirilmiştir. Fizyolojik ve biyokimyasal analizler, stres koşulları altında yaprak sıcaklığında artış, yaprak oransal su içeriği ve klorofil miktarında azalma ile prolin birikiminde artış olduğunu göstermiştir. Bu veriler doğrultusunda seçilen 25 CCCH geni qRT-PCR ile analiz edilmiş ve genlerin kuraklık, tuzluluk ve soğuk streslerine özgül veya ortak ekspresyon profilleri sergilediği ortaya konmuştur. Toplamda 3 genin sadece kurağa, 2 genin sadece tuza, 4 genin tuz ve kurağa, 1 genin kurak ve soğuğa, 2 genin tuz ve soğuğa, 3 genin sadece soğuğa, kalan 3 genin ise soğuk, kurak ve tuz streslerine yanıt oluşturduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma, CCCH-tipi çinko parmak gen ailesinin havuçta ilk kez genom çapında tanımlanması ve abiyotik stres koşullarındaki ekspresyon profilleriyle ilişkilendirilmesi açısından özgün bir katkı sunmakta, ayrıca tanımlanan genler ileri çalışmalarda RNAi ve CRISPR/Cas tabanlı fonksiyonel doğrulama yaklaşımları için aday hedefler oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
The CCCH-type zinc finger family is an important transcription factor family involved in abiotic stress responses; however, it has not previously been characterized in carrot. In this study, a genome-wide analysis identified 71 CCCH-type zinc finger genes in carrot, which were evaluated phylogenetically and evolutionarily. Drought, salt, and cold stresses were applied to Nantes cultivar carrots, and stress-induced morphological, physiological, and biochemical changes were assessed. Stress treatments generally resulted in increased leaf temperature and decreased relative water content and chlorophyll levels. While proline content increased under all stress conditions and MDA levels decreased under salt and cold stress. Molecular expression analysis of 25 CCCH genes revealed stress-specific and overlapping expression patterns, with genes responding to drought, salt, and cold stresses Overall, three genes were identified as drought-specific, two genes as salt-specific, and three genes as cold-specific. In addition, four genes were responsive to both salt and drought, one gene to drought and cold, two genes to salt and cold, while the remaining three genes showed combined responses to drought, salt, and cold stresses. These findings provide fundamental insights into CCCH-mediated abiotic stress responses in carrot and establish a basis for future functional studies such as RNAi, miRNA and CRISPR-based genome editing.
Benzer Tezler
- Bornova (İzmir) koşullarında çeşitli kültür bitkilerinde zarar yapan Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae)'un biyolojisi ve ekolojisi üzerinde araştırmalar
Investigations on the biology and ecology of Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae) which attacks to various plants of economic importance at Bornova (İzmir)
YUSUF KARSAVURAN
