Domateste tobamovırus multıplıcatıon1 (TOM1) homolog genlerine crıspr-Cas9 metodu uygulanarak tomato brown rugose fruıt vırus (ToBRFV)'e karşı dayanıklılık geliştirilmesi
Crispr/Cas9 mediated editing of tom1 homolog genes for the development of resistance to tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) in tomato
- Tez No: 999480
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAKAN FİDAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fitopatoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Domates (Solanum lycopersicum L.), dünyada ve ülkemizde üretim miktarı ve ekonomik değeri yüksek olan önemli bir sebze türüdür. Ancak RNA kökenli bir Tobamovirus olan Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), son yıllarda domates üretiminde ciddi verim ve kalite kayıplarına neden olmaktadır. Bu tez çalışmasında, ToBRFV'ye karşı dayanıklılık kazandırılması amacıyla CRISPR-Cas9 genom düzenleme teknolojisinin domateste uygulanabilirliği araştırılmıştır. Bu kapsamda, Tobamovirus replikasyonunda rol oynayan SlTOM1 gen ailesi CRISPR-Cas9 sistemi ile hedeflenmiş ve oluşturulan vektörler Agrobacterium tumefaciens aracılığıyla domatese aktarılmıştır. Sekans analizleri, SlTOM1a, b, c ve d genlerini hedefleyen gRNA'ların sırasıyla %25–37,5, %12,5, %50 ve %37,5–62,5 oranında gen düzenleme etkinliği gösterdiğini ortaya koymuştur. Oluşan indel mutasyonlarının büyük ölçüde frameshift potansiyeline sahip delesyonlardan oluştuğu ve özellikle SlTOM1d hedefli gRNA'nın yüksek frameshift etkisi oluşturduğu belirlenmiştir. Rejenerasyon denemelerinde B3 (%63,3; 38 bitki) ve B4 (%30,0; 18 bitki) genotipleri yüksek başarı göstermiştir. Sonuç olarak, SlTOM1 gen ailesinin CRISPR-Cas9 sistemi ile başarıyla hedeflenebildiği, yüksek oranda indel ve frameshift mutasyonlarının oluşturulabildiği ve bu yaklaşımın ToBRFV'ye karşı dayanıklılık geliştirme çalışmalarında etkili bir moleküler araç olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Tomato (Solanum lycopersicum L.) is one of the most economically important vegetable crops worldwide and in Türkiye. However, Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), an RNA virus belonging to the genus Tobamovirus, has recently caused significant yield and quality losses in tomato production. This thesis aimed to investigate the applicability of CRISPR-Cas9 genome editing technology to confer resistance against ToBRFV in tomato. In this study, the SlTOM1 gene family, which plays a critical role in tobamovirus replication, was targeted using the CRISPR-Cas9 system, and the constructed vectors were introduced into tomato via Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation. Sequence analysis revealed genome editing efficiencies ranging from 25–37.5%, 12.5%, 50%, and 37.5–62.5% for gRNAs targeting SlTOM1a, SlTOM1b, SlTOM1c, and SlTOM1d, respectively. The majority of mutations consisted of deletions with frameshift potential, and the gRNA targeting SlTOM1d showed particularly high frameshift efficiency. Regeneration experiments demonstrated high regeneration rates in B3 (63.3%; 38 plants) and B4 (30.0%; 18 plants) genotypes. Overall, the results demonstrate that the SlTOM1 gene family can be successfully targeted using the CRISPR-Cas9 system, enabling the generation of high-frequency indel and frameshift mutations. This approach represents an effective molecular strategy for functional analysis of ToBRFV-related host genes and for developing virus-resistant tomato plants.
Benzer Tezler
- Bazı Tobamovirus üyelerinin domates ve biber tohum örneklerinde bulunma oranlarının, tohumdan fideye geçiş ve bitkide yayılma durumlarının tespit edilmesi
The determination of some Tobamovirus members' presence rates in tomato and pepper seeds, their transmission from seed to seedlings and translocation in tomato and pepper plants
MÜGE ERGÜN
- Aydın ilinde yaygın olarak kullanılan domates tohumlarındaki viral etmenlerin serolojik biyolojik yöntemlerle saptanması üzerine çalışmalar
Studies on detection of viruses by DAS-ELISA and biological methods from common tomato seeds use in Aydin province
NAZLI FUNDA DEĞİRMENCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
ZiraatAdnan Menderes ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SERAP AÇIKGÖZ
- Domates tohumlarında bazı viral etmenlerin bulunma durumlarının belirlenmesi ve güncellenmesi
Detection and updating of some viral pathogens in tomato seeds
AYŞEN KÜBRA ATİK
- Tokat ili domates ekim alanlarındaki virus hastalıklarının tesbiti
Identification of virus diseases in tomato plantations in Tokat province
EMİNE ARZU ELİBÜYÜK
- Afyonkarahisar ili örtü altı domates yetiştiriciliğinde sorun olan bazı virüslerin enfeksiyonlarının ve yaygınlıklarının belirlenmesi
Determination of infections and prevalences of some viruses that are problem in greenhouses tomato growi̇ng in Afyonkarahi̇sar province
MERVE DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN YEŞİL