Ramlıç koyunlarında döl ve süt verimi özelliklerinde etkili genomik bölgelerin belirlenmesi
Determination of genomic regions effecting fertility and milk production traits in Ramliç sheep
- Tez No: 1002000
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA TEKERLİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Afyon Kocatepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Zootekni Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada Ramlıç koyunlarında süt verimi, süt bileşenleri, laktasyon eğrisi parametreleri ve döl verimi ile ilişkili aday gen bölgelerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmanın verilerini 2022–2023 koç katımı ve doğum sezonunda Afyon Kocatepe Üniversitesi Veteriner Fakültesi Eğitim, Araştırma ve Uygulama Çiftliğinde yetiştirilen Ramlıç koyunlarından elde edilen süt kayıtları ve döl verimi bilgileri oluşturmuştur. Süt verimine ilişkin ara kontrol sağımı, 13.03.2023 tarihinde başlayıp 24.07.2023 tarihindeki sütten kesime kadar iki haftalık periyotlarla toplam 10 kez gerçekleştirilmiş; sütten kesim sonrasında ise laktasyondaki koyunlar kuruya çıkıncaya kadar her gün sağılmıştır. Süt bileşenleri analizleri, aynı gün içinde Funke Gerber Lactoflash cihazı kullanılarak yapılmıştır. Laktasyon süresi boyunca her bir koyunun süt, yağ, protein, laktoz ve yağsız kuru madde miktarlarına ilişkin parametre tahminleri, R yazılımında yer alan“nls”fonksiyonu kullanılarak Wood'un gamma fonksiyonuna dayalı iteratif doğrusal olmayan regresyon analiziyle elde edilmiştir. Toplam laktasyon verimleri ise aynı yazılımın“base”paketinde bulunan“integrate”fonksiyonu yardımıyla tahmin edilmiştir. Ayrıca süt, yağ, protein, laktoz ve yağsız kuru madde verimleri Microsoft Excel ortamında Trapez II (Fleischmann) yöntemiyle de belirlenmiştir. Laktasyon dönemi tamamlandıktan sonra 96 baş koyunun kanından DNA izolasyonu yapılmıştır. Genotipik veriler DNA örneklerinden Illumina iScan cihazı yoluyla“OvineSNP 50K BeadChip”tüm genom genotipleme kiti ile elde edilmiştir. Trapez II yöntemiyle hesaplanan laktasyon süt ve süt bileşen verimlerine yönelik genom boyu ilişkilendirme analizlerinde, genom çapında önemli (p<0,000001) bir, kromozom çapında önemli (p<0,000029) dokuz ve fikir verici düzeyde önemli (p<0,0001) toplam 20 SNP tespit edilmiştir. Trapez II ve Wood'un gamma fonksiyonu ile hesaplanan süt bileşen yüzdelerine yönelik genom boyu ilişkilendirme analizlerinde dördü kromozom çapında 12'si fikir verici düzeyde önemli toplam 16 SNP bulunmuştur. Wood'un gamma fonksiyonu kullanılarak hesaplanan laktasyon süt ve süt bileşen verimlerine yönelik genom boyu ilişkilendirme analizlerinde biri kromozom çapında yedisi fikir verici düzeyde önemli toplam sekiz SNP saptanmıştır. Wood'un gamma fonksiyonu ile hesaplanan laktasyon eğrisinin a katsayısına yönelik genom boyu ilişkilendirme analizlerinde biri genom çapında, altısı kromozom çapında ve dokuz SNP fikir verici düzeyde önemli toplam 16 SNP bulunmuştur. Wood'un gamma fonksiyonu ile hesaplanan laktasyon eğrisinin b katsayısına yönelik genom boyu ilişkilendirme analizlerinde biri kromozom çapında, altısı fikir verici düzeyde olmak üzere toplam yedi SNP tespit edilmiştir. Doğum tipine yönelik genom boyu ilişkilendirme analizlerinde üçü kromozom çapında ikisi fikir verici düzeyde önemli toplam beş SNP belirlenmiştir. Genom boyu ilişkilendirme analizleri sonucunda genom çapında 2, kromozom çapında 24 ve fikir verici düzeyde 56 önemli SNP tespit edilmiştir. Önemli SNP bölgelerinin yakınında bulunan genlerin belirlenmesinde NCBI'nin koyun referans genomu olan Oar_3.1 derlemesi kullanılmıştır. Bu gen bölgeleri arasında özellikle SOX9, UTP20, CDC42, GHR, PRICKLE1, LAMA2, NEK10, IRX3, SLC7A11 ve ARID3B gibi genlerin süt sentezi, bileşimi ve döl verimi üzerinde etkili olabilecek güçlü biyolojik adaylar olabileceği kararına varılmıştır.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to identify candidate genomic regions associated with milk yield, milk components, lactation curve parameters, and reproductive performance in Ramlıç sheep. The data used in the research were obtained from milk yield records and reproductive performance data of Ramlıç sheep maintained at Research, and Application Farm of Afyon Kocatepe University Faculty of Veterinary Medicine during the 2022–2023 breeding season. Control milking for milk yield began on March 13, 2023, and continued at biweekly intervals until weaning on July 24, 2023, for a total of 10 sessions. After weaning, daily milking was continued until the ewes were dried off. Analyses of milk components were conducted on the same day using a Funke Gerber Lactoflash device. Estimates for milk, fat, protein, lactose, and solids not fat (SNF) components for each ewe throughout the lactation period were obtained using iterative nonlinear regression analysis based on Wood's gamma function via the“nls”function in R software. Total lactation yields were estimated using the“integrate”function in the“base”package of the same software. Additionally, lactation yields for milk and its components were calculated using the Trapezoidal II (Fleischmann) method in Microsoft Excel. Following the lactation period, DNA was isolated from the blood samples of 96 sheep. Genotypic data were obtained from DNA samples using the Illumina iScan platform with the OvineSNP 50K BeadChip genome wide genotyping kit. In the genome wide association analyses (GWAS) performed on lactation milk yield and milk components calculated via the Trapezoidal II method, one SNP was found to be genome wide significant (p<0.000001), nine SNPs were chromosome wide significant (p<0.000029), and 20 SNPs were suggestively significant (p<0.0001). For milk component percentages calculated using both the Trapezoidal II method and Wood's gamma function, 16 SNPs were identified, four of which were chromosome wide and 12 suggestively significant. In GWAS analyses of lactation milk and component yields calculated using Wood's gamma function, a total of eight SNPs were identified, including one chromosome wide significant and seven suggestively significant markers. Regarding the“a”parameter of the lactation curve derived from Wood's function, a total of 16 SNPs were found significant: one genome wide, six chromosome wide, and nine suggestively significant. For the“b”parameter, a total of seven SNPs were identified: one chromosome wide and six suggestively significant. In GWAS of birth type, five SNPs were found to be significant: three chromosome wide and two suggestively significant. In total, GWAS revealed 2 genome wide, 24 chromosome wide, and 56 suggestively significant SNPs. The Oar_3.1 assembly of the sheep reference genome from NCBI was used to identify genes located near these significant SNPs. Among these, genes such as SOX9, UTP20, CDC42, GHR, PRICKLE1, LAMA2, NEK10, IRX3, SLC7A11, and ARID3B were highlighted as strong biological candidates potentially influencing milk synthesis, composition, and reproductive traits.
Benzer Tezler
- Halk Elinde Yetiştirilen Ramlıç Koyunlarında Bazı Morfolojik ve Verim Özelliklerinin Araştırılması
Investigation of Some Morphological and Production Traits of Ramlıç Sheep Raised in A Private Farm
YETİŞ YAYVAN
Doktora
Türkçe
2021
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU YÜCEER ÖZKUL
- Ramlıç koyunlarda kızgınlık süresince plazma projesteron düzeyleri
Plasma progesterone levels during the oestrus cycle in Ramlıc sheep
ÖZLEM BAĞCI (ÖZLER)
- Ramlıç koyunlarının önemli verim özelliklerinin fenotipik ve genetik parametreleri
Başlık çevirisi yok
BURHAN HACIİSLAMOĞLU
Doktora
Türkçe
1992
Veteriner Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MEHMET EVRİM
- Türkiye'de yetiştirilen merinos melezi koyunlardan elde edilen yapağıların bazı fiziksel ve morfolojik özelliklerin analizi
Some morphological and physical characteristics of wool obtained from merino crossbreed grown in Turkey
SEDAT BEHREM
- Koyunlarda kuzulamanın kontrolü üzerinde çalışmalar
Studies on the control of lambing in sheep
TAYFUR BEKYÜREK
Doktora
Türkçe
1989
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiVeterinerlik Doğum ve Reprodüksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İ. HAKKI İZGÜR