Geri Dön

Evaluation of rapid bacterial identification and antimicrobial susceptibility testing for samples obtained directly from positive blood culture bottles

Pozitif kan kültürü şişelerinden doğrudan elde edilen örneklerde hızlı bakteri tanımlama ve antimikrobiyal duyarlılık testinin değerlendirilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 1004199
  2. Yazar: NAIMA SIRAD
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: RAST, antimikrobiyal duyarlılık testi, MALDI-TOF, VITEK MS, VITEK 2, BD Phoenix, Blood Culture, Direct antimicrobial susceptibility test, Direct identification, MALDI-TOF MS
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

POZITIF KAN KÜLTÜRÜ ŞIŞELERINDEN DOĞRUDAN ELDE EDILEN ÖRNEKLERDE HIZLI BAKTERI TANIMLAMA VE ANTIMIKROBIYAL DUYARLILIK TESTININ DEĞERLENDIRILMESI Naima SIRAD Erciyes Üniversitesi, Saglik Bilimleri Enstitusu Tıp Fakültesi Tıbbı Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Department of Medical Microbiology Doktora Tezi, Ekim 2025 Supervisor: Prof. Dr. Mustafa Altay ATALAY OZET Kan dolaşımı enfeksiyonlarının (BSI) zamanında ve doğru tanısı, hasta sonuçlarını iyileştirmek ve uygun antimikrobiyal tedaviyi yönlendirmek açısından kritik öneme sahiptir. Bu çalışma, Tween-80 (T80) ve serum ayırıcı tüplerinin (SST) kullanıldığı bir protokolü doğrudan tanımlama ve antimikrobiyal duyarlılık testi (AST) için değerlendirmiş ve pozitif kan kültürlerine doğrudan uygulanan otomatik sistemlerin güvenilirliğini incelemiştir. Toplam 477 monomikrobiyal pozitif kan kültürü şişesi, hem direkt hem de konvansiyonel tanımlama (ID) yöntemleri kullanılarak analiz edilmiştir. Direkt ID, SST içinde T80 ile santrifüj edilerek elde edilen pelletlerin VITEK MS (VMS) ve VITEK® MS PRIME (VMS-P) sistemleriyle tanımlanmasını içermiştir. Elde edilen sonuçlar, katı besiyerinde subkültür sonrası yapılan konvansiyonel ID ile karşılaştırılmıştır. AST dört yöntemle yürütülmüştür: EUCAST protokolüne göre 6 saat inkübasyon sonrası yapılan hızlı AST (RAST); pelletten direkt çalışılan BD Phoenix ve VITEK 2 sistemlerindeki direkt AST (DAST); aynı platformlarda subkültür sonrası yapılan konvansiyonel AST (CAST); ve referans yöntem olarak disk difüzyon ile yapılan standart AST (SAST). Direkt ID, VMS için genel kategorik uyumun (CA) cins düzeyinde %60.3 ve tür düzeyinde %56.6 olduğunu göstermiştir; VMS-P ise sırasıyla %48.4 ve %47.8 uyum sağlamıştır. Sistemler arasında genel CA performansı açısından istatistiksel fark bulunmamıştır. DAST ile CAST arasındaki CA, BD Phoenix sisteminde Enterobacterales için %95.3, non-fermenterler için %100, S. aureus için %100 ve Enterococcus türleri için %100 olarak bulunmuştur; VITEK 2'de ise sırasıyla %94.8, %94.7, %80 ve %100 olarak saptanmıştır. CAST ile SAST arasındaki uyum Phoenix için %86.9, %95.3, %100 ve %82.3; VITEK 2 için ise aynı gruplarda %91.8, %91.9, %85.7 ve %84.6 olarak belirlenmiştir. VITEK 2, Gram-negatif bakterilerde %90'ın üzerinde CA göstererek hem DAST hem CAST için yüksek güvenilirlik sunmuştur. RAST'in SAST ile karşılaştırılmasında tüm bakteriyel izolatlarda %95.7'nin üzerinde CA elde edilmiştir. Direkt ID'nin RAST veya DAST ile birleştirilmesi, Gram-negatif bakteriler için güvenilir ve daha hızlı sonuçlar sağlayarak BSI tanısında işlem süresini azaltmaktadır.

Özet (Çeviri)

EVALUATION OF RAPID BACTERIAL IDENTIFICATION AND ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY TESTING FOR SAMPLES OBTAINED DIRECTLY FROM POSITIVE BLOOD CULTURE BOTTLES Naima SIRAD Erciyes University, Graduate School of Health Science Department of Medical Microbiology Ph.D. Thesis, October 2025 Supervisor: Prof. Dr. Mustafa Altay ATALAY ABSTRACT Timely and accurate diagnosis of bloodstream infections (BSIs) is critical for improving patient outcomes and guiding appropriate antimicrobial therapy. This study evaluated a protocol utilizing Tween-80 (T80) and serum separator tubes (SST) for direct identification and antimicrobial susceptibility testing (AST) and assessed the reliability of automated systems applied directly to positive blood cultures. A total of 477 monomicrobial-positive blood culture bottles were analyzed using both direct and conventional identification (ID) methods. Direct ID utilized pellets derived from centrifugation with T80 in SST, followed by identification using VITEK MS (VMS) and VITEK® MS PRIME (VMS-P) systems. Results were compared to conventional ID, performed after subculture on solid media. AST was performed by four approaches: rapid AST (RAST) following the EUCAST protocol after 6-hour incubation; direct AST (DAST) performed directly from the pellet on BD Phoenix and VITEK 2 systems; conventional AST (CAST) conducted after subculture on the same platforms; and standard AST (SAST) using the disk diffusion method as reference. Direct ID achieved an overall categorical agreement (CA) of 60.3% (genus) and 56.6% (species) for VMS, while VMS-P achieved 48.4% and 47.8%. Statistical difference between the systems was observed only at genus level but not at species level. The CA in DAST with the CAST using BD Phoenix was 95.3% (Enterobacterales), 100% (non-fermenters), 100% S. aureus, and 100% Enterococci spp. compared with 94.8%, 94.7%, 80%, and 100% using VITEK 2. Agreement between CAST and SAST was 86.9%, 95.3%, 100%, and 82.3% for Phoenix, and 91.8%, 91.9%, 85.7%, and 84.6% for VITEK 2 across the same groups. VITEK 2 showed >90% CA for Gram-negative bacteria, indicating high reliability for both DAST and CAST. RAST compared to SAST showed a CA of >95.7% in all bacterial isolates. Direct ID combined with RAST or DAST yields reliable and faster results for Gram-negative bacteria, reducing turnaround-time workflow in diagnosing BSIs.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    865478

    Steril vücut sıvılarından üretilen etkenlerin hızlı antibiyotik duyarlılık test sonuçlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of rapid antibiotic susceptibility test results of agents produced from sterile body fluids

    HATİCE ŞEYMA BAYKUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATİFET YASEMİN ÖZTOP

  2. Tez No

    912595

    Pozitif kan kültürlerinden yapılacak hızlı antimikrobiyal duyarlılık testi (HADT) ile uygun antibiyotik tedaviye katkı sağlanması

    Contributing to appropriate antibiotic treatment with rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) from positive blood cultures

    FURKAN ARABACI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiTrakya Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU

  3. Tez No

    1014670

    Üriner sistem enfeksiyonlarının erken tanısında mikrokoloni gözlem yönteminin araştırılması

    Evaluation of the microcolony observation method for the early diagnosis of urinary tract infections

    SEVİNÇ VURAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    MikrobiyolojiSakarya Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET KÖROĞLU

  4. Tez No

    945626

    Yoğun bakım ünitelerinde takip edilen gram-negatif bakterilerin neden olduğu kan dolaşımı enfeksiyonları: Epidemiyolojik, klinik ve mikrobiyolojik özellikleri

    Bloodstream infections caused by gram-negative bacteria monitored in intensive care units: Epidemiological, clinical and microbiological characteristics

    AZADE KANAT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAMİ ÇELİK

  5. Tez No

    338519

    MEMS based electrochemical dna sensor to detect methicillin resistant Staphylococcus aureus and vancomycin resistant enterococcus species

    Metisilin dirençli Staphylococcus aureus ve vankomisin dirençli enterococcus suşlarının tanısı için MEMS tabanlı elektrokimyasal sensör

    HATİCE CEYLAN KOYDEMİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANAN ÖZGEN

    DOÇ. DR. HALUK KÜLAH

Geri Dön