Analysis of resistome transfer dynamics in the human gut microbiome: unraveling the spread of fluoroquinolone resistance genes.
İnsan bağırsak mikrobiyomunda rezistom transfer dinamiklerinin analizi: Florokinolon direnç genlerinin yayılımının aydınlatılması
- Tez No: 1004268
- Danışmanlar: Assist. Prof. Dr. ÇİĞDEM SEZER ZHMUROV
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: fluoroquinolone resistance, qnrB, mobile genetic elements, gut microbiome, antimicrobial resistance
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu in siliko genomik çalışma, insan bağırsak mikrobiyomunda plazmid aracılı kinolon direnç geni qnrB'nin genetik mekanizmalarını ve transfer dinamiklerini incelemiştir. İnsan bağırsak örneklerinden elde edilen 10.000 metagenomik kontig, bir biyoinformatik analiz hattı kullanılarak analiz edilmiştir. Analiz sonucunda qnrB'nin, yerleştirme dizisi IS26 ile sürekli olarak ilişkili olan ve IncFII, IncX3 ve IncR gibi epidemik plazmid iskeletleri üzerinde bulunan, klinik patojenlerde tanımlanan plazmidlerle tam nükleotid özdeşliği gösteren korunmuş bir çoklu ilaç direnç kasetinin parçası olduğu belirlenmiştir. qnrB'nin, florokinolon dışı antibiyotiklere karşı azalmış duyarlılık sağlayan sul1 ve dfrA14 gibi direnç genleriyle yüksek eş-bulunma oranları (olasılık oranı >10) gösterdiği saptanmış olup, bu durum florokinolon direncinin ko-seleksiyon yoluyla dolaylı olarak sürdürüldüğünü düşündürmektedir. Elde edilen bulgular, insan bağırsak mikrobiyomunun çoklu ilaç direnç modüllerinin devamlılığını ve mobilizasyonunu desteklediğini ortaya koymakta; yalnızca klinik izolatlara dayalı sürveyans yaklaşımlarının sınırlılıklarını ve antimikrobiyal direncin kapsamlı izlenmesi için metagenomik yöntemlerin önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Analysis of Resistome Transfer Dynamics in the Human Gut Microbiome: Unraveling the Spread of Fluoroquinolone Resistance Genes This in-silico genomic study examined the genetic mechanisms and transfer of the plasmid-mediated quinolone resistance gene qnrB in the human gut microbiome. The 10,000 metagenomic contigs obtained from human gut samples were analysed using a bioinformatics pipeline. The analysis identified qnrB as a conserved multidrug resistance cassette consistently linked to the insertion sequence IS26, as well as housed on epidemic plasmid backbones, such as IncFII, IncX3, and IncR, with full nucleotide identity to plasmids found in clinical pathogens. There were high co-occurrence rates of qnrB with resistance genes with reduced susceptibility to non-fluoroquinolone antibiotics such as sul1 and dfrA14 (odds ratio >10), which suggested that fluoroquinolone resistance was indirectly maintained by co-selection. Such results demonstrate the maintenance of multidrug resistance modules and their mobilization by the human gut microbiome, which suggests the limitation of the application of surveillance methods based on clinical isolates only and the significance of metagenomic methods of monitoring antimicrobial resistance comprehensively.
Benzer Tezler
- Türbin kanatlarında jet çarptırmalı soğutmanın deneyselve sayısal olarak incelenmesi
Başlık çevirisi yok
MEHMET BORA KÜÇÜKALPELLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEVENT ALİ KAVURMACIOĞLU
- CMOS paralel A/D çeviricide kıyıcı türü karşılaştırıcının analizi ve tasarımı
The Analysis and design of chopper type comparator in a CMOS flash A/D converter
YAMAN ÖZELÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1991
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. MELİH PAZARCI
- Üç kolonlu titreşimli ısı borusunun farklı çalışma basınçlarında deneysel olarak incelenmesi
An experimental analysis of an oscillating heat pipe consisting of three interconnected columns at various operating pressures
MURAT EMRE DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÖZDEMİR
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT GÜZEL
- Band geçiren aktif OTA-C filtrelerinin quad ve kaskad yöntemi kullanılarak tasarımı ve duyarlılık analizi
Design of bandpass active OTA-C filter using cascade and quad methods and sensitivity analysis
A. GÜNAY AĞALAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ NUR GÖNÜLEREN
- Alçak gerilim ark modelleri ve arkın ısıl analizi
Low voltage arc models and thermal analysis of arc
AYTUĞ FONT
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEVORK MARDİKYAN