Analysis of resistome transfer dynamics in the human gut microbiome: unraveling the spread of fluoroquinolone resistance genes.
İnsan bağırsak mikrobiyomunda rezistom transfer dinamiklerinin analizi: Florokinolon direnç genlerinin yayılımının aydınlatılması
- Tez No: 1004268
- Danışmanlar: Assist. Prof. Dr. ÇİĞDEM SEZER ZHMUROV
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: fluoroquinolone resistance, qnrB, mobile genetic elements, gut microbiome, antimicrobial resistance
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu in siliko genomik çalışma, insan bağırsak mikrobiyomunda plazmid aracılı kinolon direnç geni qnrB'nin genetik mekanizmalarını ve transfer dinamiklerini incelemiştir. İnsan bağırsak örneklerinden elde edilen 10.000 metagenomik kontig, bir biyoinformatik analiz hattı kullanılarak analiz edilmiştir. Analiz sonucunda qnrB'nin, yerleştirme dizisi IS26 ile sürekli olarak ilişkili olan ve IncFII, IncX3 ve IncR gibi epidemik plazmid iskeletleri üzerinde bulunan, klinik patojenlerde tanımlanan plazmidlerle tam nükleotid özdeşliği gösteren korunmuş bir çoklu ilaç direnç kasetinin parçası olduğu belirlenmiştir. qnrB'nin, florokinolon dışı antibiyotiklere karşı azalmış duyarlılık sağlayan sul1 ve dfrA14 gibi direnç genleriyle yüksek eş-bulunma oranları (olasılık oranı >10) gösterdiği saptanmış olup, bu durum florokinolon direncinin ko-seleksiyon yoluyla dolaylı olarak sürdürüldüğünü düşündürmektedir. Elde edilen bulgular, insan bağırsak mikrobiyomunun çoklu ilaç direnç modüllerinin devamlılığını ve mobilizasyonunu desteklediğini ortaya koymakta; yalnızca klinik izolatlara dayalı sürveyans yaklaşımlarının sınırlılıklarını ve antimikrobiyal direncin kapsamlı izlenmesi için metagenomik yöntemlerin önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Analysis of Resistome Transfer Dynamics in the Human Gut Microbiome: Unraveling the Spread of Fluoroquinolone Resistance Genes This in-silico genomic study examined the genetic mechanisms and transfer of the plasmid-mediated quinolone resistance gene qnrB in the human gut microbiome. The 10,000 metagenomic contigs obtained from human gut samples were analysed using a bioinformatics pipeline. The analysis identified qnrB as a conserved multidrug resistance cassette consistently linked to the insertion sequence IS26, as well as housed on epidemic plasmid backbones, such as IncFII, IncX3, and IncR, with full nucleotide identity to plasmids found in clinical pathogens. There were high co-occurrence rates of qnrB with resistance genes with reduced susceptibility to non-fluoroquinolone antibiotics such as sul1 and dfrA14 (odds ratio >10), which suggested that fluoroquinolone resistance was indirectly maintained by co-selection. Such results demonstrate the maintenance of multidrug resistance modules and their mobilization by the human gut microbiome, which suggests the limitation of the application of surveillance methods based on clinical isolates only and the significance of metagenomic methods of monitoring antimicrobial resistance comprehensively.
Benzer Tezler
- Nükleer rezonasta moleküler yapıların incelenmesi (yapısal faz geçiş kuramları üzerine bir inceleme)
Başlık çevirisi yok
ABDURRAHMAN ANDİÇ
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
