Klinik örneklerde multiomik çalışmalar için yeni örnek hazırlama stratejilerinin geliştirilmesi
Development of novel sample preparation strategies for multiomics studies in clinical samples
- Tez No: 1005092
- Danışmanlar: PROF. DR. FÜSUN PELİT
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Gaz kromatografisi, Kromatografi-sıvı, Metabolitler, Gas chromatography, Chromatography-liquid, Metabolites
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Analitik Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Akciğer kanseri, dünya genelinde kanser kaynaklı mortalitenin önde gelen nedenlerinden biri olup, erken evrede tanı konulamaması hastalığın prognozunu olumsuz yönde etkilemektedir. Bu nedenle, invaziv olmayan klinik örneklerde güvenilir biyobelirteçlerin belirlenmesine yönelik multiomik yaklaşımlar son yıllarda giderek önem kazanmıştır. Bu tezin temel amacı, akciğer kanseri hastalarından elde edilen idrar örneklerinde uygulanabilir, multiomik analizlerle uyumlu ve yenilikçi örnek hazırlama stratejilerinin geliştirilmesidir. Tez çalışması üç ana bölümden oluşmaktadır. Birinci bölümde, idrar örneklerinde uçucu olmayan endojen metabolitlerin izolasyonu için farklı adsorbanlar içeren ince film mikroekstraksiyon (IFME) çubukları geliştirilmiş ve LC-MS/MS ile entegre edilerek klinik örneklerde valide edilmiştir. İkinci bölümde, sigara içen ve içmeyen akciğer kanseri hastaları ile sağlıklı bireylerden oluşan grupların idrar örneklerinde poliaromatik hidrokarbon (PAH) metabolitleri, yeni adsorban materyaller kullanılarak geliştirilen mikro katı faz ekstraksiyonu (µ-SPE) yöntemi ve GC-MS ile analiz edilmiştir. Üçüncü bölümde ise, klinik idrar örneklerinde uçucu organik bileşikler, katı faz mikroözütleme (SPME) tekniği ile zenginleştirilmiş ve GC-Orbitrap-MS sistemi kullanılarak analiz edilmiştir Bu tez kapsamında geliştirilen IFME, µ-SPE ve SPME temelli yaklaşımlar, farklı uçuculuk özelliklerine sahip metabolitlerin aynı klinik örnekten multiomik perspektifle değerlendirilmesine olanak sağlamış ve akciğer kanserinin erken tanısına yönelik biyobelirteç keşfi çalışmalarına katkı sunmuştur.
Özet (Çeviri)
Lung cancer is one of the leading causes of cancer-related mortality worldwide, and failure to diagnose it in the early stages has a negative impact on the prognosis. Consequently, multiomic approaches for the determination of reliable biomarkers in non-invasive clinical samples have gained increasing importance in recent years. The central ambition of this thesis is to formulate pioneering sample preparation strategies that are applicable to and compatible with multiomic analyses in urine samples obtained from lung cancer patients. The thesis is divided into three sections. In the initial section, thin-film microextraction (IFME) rods containing various adsorbents were developed for the isolation of non-volatile endogenous metabolites in urine samples. These were then validated in clinical samples by integrating them with LC-MS/MS. In the second section, polyaromatic hydrocarbon (PAH) metabolites were analyzed in urine samples from groups of smoking and non-smoking lung cancer patients and healthy individuals using the micro-solid-phase extraction (µ-SPE) method developed with new adsorbent materials and gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS). In the third section, volatile organic compounds in clinical urine samples were enriched using solid-phase microextraction (SPME) technique and analyzed using the GC-Orbitrap-MS system. The IFME, µ-SPE, and SPME-based approaches developed within the scope of this thesis enabled the evaluation of metabolites with different volatility properties from the same clinical sample from a multiomics perspective and contributed to biomarker discovery studies for the early diagnosis of lung cancer.
Benzer Tezler
- Identification of key gene pathways in Alzheimer's disease using machine learning methods on gene expression data
Gen ekspresyon verileriyle Alzheimer risk tahmini ve yolak analizi
KERİM ALPER KAVUŞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET GÜRAY GÜLER
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Klinik örneklerde Neisseri Gonorrhoeae'nın polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile saptanması
Detection of Neisseria Gonorrhoeae in clinical samples with polimerase chain reaction (PCR)
N. FULYA İLHAN
Doktora
Türkçe
1998
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MEHMET ZİYA DOYMAZ
- Klinik örneklerde PZR - RFLP (polimeraz zincir reaksiyonu - restriksiyon bölümünün uzunluk değişkenliği) yöntemi kullanılarak leıshmanıa parazitlerinin tür tayini
Identification of leishmania parasites using PCR-RFLP method in clinical samples
KORAY GÜNEŞ
- Klinik örneklerde mycobacterium tuberculosis saptanmasında polimeraz zincir reaksiyonu ?enzim immunoassay (PCR-ELISA) yönteminin değerlendirilmesi
Evaluation of polimerase chain reaction-enzyme linked immunoassay (PCR-ELISA) for direct detection of mycobacterium tuberculosis in clinical specimens
MÜGE KARAKAYALI
Doktora
Türkçe
2007
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiCelal Bayar ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURİ ÖZKÜTÜK