Çukurova Bölgesi'ndeki Mycobacterium tuberculosis suşlarının filogenetik ilişkisinin SNP ile incelenmesi
SNP-based phylogenetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains in the Çukurova Region
- Tez No: 1007424
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Microbiology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tüberküloz, küresel ölçekte en önemli enfeksiyon hastalıklarından biri olmayı sürdürmektedir ve etkeni olan Mycobacterium tuberculosis(M. tuberculosis), yüksek genetik kararlılığına rağmen zaman içinde çeşitli mutasyonlara uğramaktadır. Bu mutasyonlardan özellikle tek nükleotid polimorfizm (SNP)'ler, bakterinin virülans mekanizmaları üzerinde belirleyici etkilere sahip olabilir. SNP'ler insersiyon, delesyon ve substitüsyon gibi farklı tiplerde ortaya çıkabilmekte ve protein yapısı, gen ekspresyonu ya da regülasyon yolları üzerinden patojenin biyolojisini etkilemektedir. Bu çalışmada, Çukurova Bölgesi'nde izole edilen, en az bir antitüberküloz ilaca dirençli M. tuberculosis suşlarının virülansla ilişkili olduğu öngörülen mce1R, mce1A, yrbE1A, yrbE1A, phoP ve phoR gen bölgelerinde SNP varlığının araştırılması, varsa suşlar arasındaki filogenetik ilişkinin incelenmesi amaçlandı. Bunun için DNA Dizi Analizi yöntemi uygulandı. NCBI veritabanına dayanılarak, H37Rv ve H37Ra referans suşlarındaki bu gen dizilimlerinin karşılaştırılması sonucunda yalnızca phoP geninde tek bir noktada transversiyon (C→T) olduğu belirlenmiş olup, bütün klinik izolatlarımız bu pozisyonda virülan H37Rv suşu ile aynı dizilimi gösterdi. phoR geninde, H37Rv referans suşunun 852910. pozisyonundaki C nükleotidinin bütün klinik örneklerimizde T ile yer değiştirdiği, ayrıca farklı klinik örneklerimizde yrbE1A geni başta olmak üzere bütün gen bölgelerinde çeşitli SNP'ler tespit edildiği gözlendi. Sonuç olarak, bu tez kapsamında mce1 gen kümesi ve phoPR sistemi üzerinde yapılan SNP analizleri, insersiyon, delesyon ve substitüsyon şeklindeki bu farklı SNP tiplerinin M. tuberculosis'in virülans mekanizmalarını etkileyebileceğine dair ön veriler sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
Tuberculosis remains one of the most significant infectious diseases worldwide, and its causative agent, the Mycobacterium tuberculosis(MTBC), undergoes various mutations over time despite its high genetic stability. Among these mutations, single nucleotide polymorphisms (SNPs) may have decisive effects on the bacterial virulence mechanisms. SNPs can occur as insertions, deletions, or substitutions, and may influence the pathogen's biology by altering protein structure, gene expression, or regulatory pathways. In this study, we aimed to investigate the presence of SNPs in the mce1R, mce1A, yrbE1A, yrbE1A, phoP, and phoR gene regions—predicted to be associated with virulence—in M. tuberculosis strains isolated from the Çukurova Region that are resistant to at least one anti-tuberculosis drug, and to examine possible phylogenetic relationships among these strains. For this purpose, DNA sequence analysis was performed. According to the NCBI database, comparison of these genes in the H37Rv and H37Ra reference strains revealed a single transversion (C→T) at one site in the phoP gene, where all our clinical isolates showed the same sequence as the virulent H37Rv strain. In the phoR gene, the C nucleotide at position 852910 in the H37Rv reference strain was replaced by T in all clinical samples. Moreover, various SNPs were detected across all gene regions, particularly in the yrbE1A gene, in different clinical isolates. In conclusion, the SNP analyses conducted on the mce1 gene cluster and the phoPR system within the scope of this thesis provided preliminary evidence that these different SNP types insertions, deletions, and substitutions may influence the virulence mechanisms of M. tuberculosis.
Benzer Tezler
- Bedaquiline delamanid, and linezolid minimum inhibitory concentration distributions and resistance-related gene mutations in multidrug-resistant tuberculosis strains isolated from south of Turkey
Çukurova Bölgesinde pulmoner tüberkülozlu hastalardan izole olacak çoklu ilaca dirençli tüberküloz suşlarında Bedaquiline, delamanid ve linezolid minimum inhibitör konsantrasyonlarının ve dirençle ilişkili gen mutasyonlarının belirlenmesi
HUDA ALI MOHAMEDALI AHMED
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Çukurova bölgesinde izole edilen akciğer tüberkülozlu hastalara ait Mycobacterium tuberculosis suşlarının Spoligotyping ve Mycobacterial İnterspersed Repetetive Unit-Variable Number Of Tandem Repeat (MIRU-VNTR)) yöntemiyle tiplendirilmesi
Genotyping of Mycobacterium Tuberculosis strains isolated from pulmonary tuberculosis patients by Spoligotyping and MIRU-VNTR (Mycobacterial İnterspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat) methods in cukurova region
ÜLKÜ ORAL ZEYTİNLİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Çukurova bölgesinde keratitli olgularda mikobakteriyal infeksiyonların rolü
The role of mycobacterial infections in keratitis cases in :Çukurova region
ALİ ÜÇKAYABAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV
- Çukurova bölgesindeki pulmoner tüberkülozlu hastaların balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında pirazinamid direncinin moleküler mekanizmalarının araştırılması
Molecular mechanisms of pyrazinamide resistance among strains of mycobacterium tuberculosis clinical isolates in Cukurova region
AISIKAER TUERXUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Çukurova bölgesindeki klinik örneklerde tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of distribution and antibiotic susceptibility of nontuberculous mycobacteria (NTM) species in clinical samples from the cukurova region
FARHAD KOHANSAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV