Drug repositioning and molecular docking approach targeting myelination process in neurodegenerative diseases
Nörobiyolojik hastalıklarda miyelinasyon sürecini hedef alan ilaç yeniden konumlandırma ve moleküler kenetleme yaklaşımı
- Tez No: 1008624
- Danışmanlar: DOÇ. BESTE TURANLI, DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER ZORLUUYSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Son yıllarda Parkinson hastalığı, Multipl Skleroz ve Alzheimer hastalığı gibi nörolojik hastalıkların dünya genelinde görülme sıklığının artması nedeniyle nörobiyolojik alanlardaki araştırmalar daha da önem kazanmıştır. Bu çalışmalarda hastalıkların genetik temellerinin tam olarak anlaşılamaması, tanı ve tedavi süreçlerinde boşluk bırakmaktadır. Ulusal Çevre Sağlığı Bilimleri Enstitüsü (NIEHS), nörodejeneratif hastalıkların dünya çapında milyonlarca kişiyi etkilediğini bildirmektedir. Hastalığın kesin etiyolojisi bilinmemekle birlikte, genetik ve çevresel faktörlerin önemli patofizyolojik etkilerinin olduğu kabul edilmektedir. Bu durum bireyler üzerindeki zararlı sonuçların yanı sıra toplum üzerinde sosyal ve ekonomik yansımalara da yol açmaktadır. Ayrıca sinir sistemindeki sinyal iletimini bozan ve sinirlerin zarar görmesi sonucu görme, hareket, duyu ve diğer fonksiyonların kaybına neden olan miyelin bozukluklarının da halen etkili bir tedavisi bulunmamaktadır. Miyelinasyon ve oligodendrosit olgunlaşmasındaki anormalliklerin bu hastalıklar için önemli olduğu önceki araştırmalardan bilinmektedir. Son yıllarda farklı biyomoleküler seviyelerdeki omik veriler, sistem biyolojisi ve yapısal biyolojideki hesapsal yöntemler kullanılarak hastalıklara karşı yeni teşhis ve tedavi amaçlı biyobelirteçlerin keşfedilmesini sağlamıştır. Özellikle ağ tabanlı omik veri entegrasyon analizi sadece biyobelirteç adaylarının keşfi değil, ilaç adaylarının belirlenmesi amacıyla da önemli fırsatlar sunmaktadır. Tezin amacı miyelinasyon prosesini merkez alarak bu hastalıkların teşhisi, prognozu ve tedavisi için sistem biyolojisi ve yapısal biyoloji yöntemlerinin uygulanması, elde edilen sonuçlarla alternatif tedavilerin geliştirilmesine katkıda bulunmaktır. Bu çalışmada öncelikle, belirtilen hastalıklarda ekspresyonu değişen genler bulunacaktır. Sonrasında miyelinasyon prosesi ilişkili protein listesi ile önceliklendirme yapılacak ve kurulan ağ ile hedef çekirdek proteinler belirlenecektir. Bu etkileşimleri hedef alan ilaçlar yeniden konumlandırma ile bulunacak ve moleküler kenetleme çalışmaları hem moleküler tarama aracı olarak hem de ağ biyolojisi yöntemleriyle doğrulama amacıyla kullanılacaktır.
Özet (Çeviri)
In recent years, due to the increasing prevalence of neurological disorders such as Parkinson's disease, Multiple Sclerosis, and Alzheimer's disease worldwide, research in the neurobiological fields has gained even greater significance. The inability to fully comprehend the genetic foundations of these diseases in such studies leaves gaps in the diagnosis and treatment processes. The National Institute of Environmental Health Sciences (NIEHS) reports that neurodegenerative diseases affect millions of people worldwide. While the exact etiology of the diseases is unknown, it is acknowledged that genetic and environmental factors have significant pathophysiological effects on these conditions. This not only results in harmful consequences for individuals, also leads to social and economic repercussions on society. In addition, there is currently no effective treatment for myelin disorders, which disrupt signal transmission in the nervous system and cause problems such as loss of vision, movement and sensation due to nerve damage. Previous research has established the importance of abnormalities in myelination and oligodendrocyte maturation for these diseases. On the other hand, the use of omics data at various biomolecular levels, coupled with computational methods in systems biology and structural biology, has facilitated the discovery of new biomarkers for diagnosis and treatment of diseases in recent years. The aim of this thesis is to contribute to the diagnosis, prognosis, and treatment of these diseases via systems biology and structural biology methods, focusing on the myelination process, and developing alternative treatments based on the obtained results. In this study, differentially expressed genes in the specified diseases will be identified first. Subsequently, prioritization will be performed with the list of proteins associated with the myelination process, and target hub proteins will be determined through the constructed network. In this research, the myelination process will be comparatively examined for three neurodegenerative diseases, drugs targeting the identified interactions will be repositioned, and molecular docking studies will be utilized both as a molecular screening tool and for validation purposes using network biology methods for drug repositioning.
Benzer Tezler
- Drug repositioning for alzheimer's disease and glioblastoma treatment
Alzheimer hastalığı ve glioblastoma tedavisi için ilaç yeniden konumlandırması
NASMA ANJRINI
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Bilim ve TeknolojiÜsküdar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA BAL
- Melanom ve yaşlanma için gen ekspresyon verilerinden faydalanarak ortak mekanizmaların keşfedilmesi ve bunlara yönelik ilaç önerileri
Discovering common mechanisms and drugs for melanoma and aging based on gene expression data
EDANUR AKARSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER
- Drug repositioning for liver cancer
Karaciğer kanseri için ilaç yeniden konumlandırması
SHATHA AHMED KHADRA
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyomühendislikÜsküdar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA BAL
- Transcriptome-based identification of molecular signatures and multi-target repositioned drug candidates with admet evaluation in intestinal metaplasia
İntestinal metaplazide transkriptom temelli moleküler imzaların belirlenmesi ve admet değerlendirmesi ile çok hedefli yeniden konumlandırılmış ilaç adaylarının tanımlanması
BEYZA NUR OKUTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
BiyoteknolojiKonya Gıda ve Tarım ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜŞRA AYDIN
- Feniramin hidrojen maleat'ın antikanser etkilerinin ilaç yeniden konumlandırma kapsamında akciğer kanseri modeli üzerinden in vitro ve in siliko değerlendirilmesi
In vitro and in silico evaluation of the anti-cancer effects of phenyramine hydrogen maleat on a lung cancer model within the scope of drug repositioning
ESRA TANYEL AKÇİT
Doktora
Türkçe
2025
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ECE ŞİMŞEK