Susam alerjen proteinini tanıyıcı DNA aptamerlerinin geliştirilmesi
Development of DNA aptamers for recognition of sesame allergen protein
- Tez No: 1008836
- Danışmanlar: PROF. DR. SERAP EVRAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Genetik, Biochemistry, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gıda ürünlerinde alerjen tespiti, özellikle eser miktarda bulunan protein kalıntılarının belirlenmesi açısından önemli teknik güçlükler içermektedir. Bu alanda kullanılan geleneksel analiz yöntemleri genellikle yüksek maliyetli olup, sınırlı dayanıklılık gibi dezavantajlara sahiptir. Bu bağlamda, sentetik olarak üretilebilen ve özgül bağlanma özellikleri gösteren kısa DNA veya RNA dizileri, mevcut sınırlamaların aşılmasında potansiyel bir çözüm olarak öne çıkmaktadır. Bu çalışmada, susam alerjen proteinlerden biri olan Ses i 3 hedef alınarak özgül DNA aptamerlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu hedef doğrultusunda, ilgili proteinin çözünürlüğünü artırmak için genin N-terminaline mCherry proteini eklenerek füzyon protein yapısı oluşturulmuştur. Zenginleştirme sürecinin son aşamasında elde edilen diziler Sanger sekanslama yöntemiyle analiz edilmiş; aday aptamerlerin belirlenmesinde yapısal özellikler ve tekrar eden motifler dikkate alınarak biyoinformatik analiz araçları kullanılmıştır. Beş farklı aptamer dizisinin etkileşim potansiyeli EMSA ile değerlendirildi. EMSA sonuçlarında, özellikle 3.1.1 ve 33.2.1 numaralı dizilerin göç profillerinde protein varlığına bağlı olarak daha belirgin ve kararlı değişiklikler gözlendi. Bu tez çalışması sonucunda, Ses i 3 alerjen proteini ile spesifik olarak etkileşime girebilen DNA aptamer adayları geliştirildi. Elde edilen veriler, bu aptamerlerin alerjen tanısında kullanılabilecek yeni nesil biyotanıma elemanları olarak değerlendirilebileceğini göstermekte ve gıda güvenliği alanında yapılacak ileri uygulamalara bilimsel katkı sağlayacağı öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
The detection of allergenic compounds in food products presents considerable analytical difficulties, particularly when targeting trace amounts of residual proteins. Traditional detection techniques, although widely used, are often limited by high operational costs and suboptimal stability. In recent years, synthetic oligonucleotides known as aptamers—characterized by their strong structural stability and high binding affinity—have emerged as promising molecular tools to address the shortcomings of conventional approaches. This study aimed to develop DNA aptamers with high specificity for the sesame-derived allergenic protein Ses i 3. To enhance the solubility of the recombinant protein, a fusion construct was created by attaching the mCherry protein to the N-terminus of the target gene. DNA sequences obtained from the final round of enrichment were analyzed by Sanger sequencing and evaluated using bioinformatic tools based on structural features and recurring motifs to identify potential aptamer candidates. The interaction potential of five different aptamer sequences was assessed by EMSA. Aptamers 3.1.1 and 33.2.1 exhibited more pronounced and consistent gel mobility shifts in the presence of the target protein. In this thesis study, DNA aptamer candidates capable of specifically interacting with the Ses i 3 allergen protein were successfully developed. The findings indicate that these aptamers may serve as novel biorecognition elements for allergen detection and provide a scientific basis for future applications in food safety.
Benzer Tezler
- Lateks spesifik IgE'nin tanısal değerinin araştırılması
The research of diagnostic value of lateks spesific IgE
FERİDUN GÜRLEK
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2014
Allerji ve İmmünolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. E. NİHAL METE GÖKMEN
- Pediatri hekimlerinin besin alerjisi ile ilgili besin etiketi okuma ve alerjen içeriği farkındalık ve bilgilerinin eğitim öncesi ve sonrası değerlendirilmesi
The assessment of pediatricians' pre- and post-education awareness and knowledge regarding reading food labels for food allergies and understanding allergen content
SHABNAM ALIYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEVDET ÖZDEMİR
- Pastanelerde satılan kurabiyelerde susam kalıntılarının tespiti ve çalışanların gıda alerjisi bilgi ve farkındalıklarının incelenmesi
Detection of sesame residues in cookies sold in pastry shops and examination of employees' food allergy knowledge and awareness
AYŞE SERAY ENGİN
Doktora
Türkçe
2025
Gastronomi ve Mutfak Sanatlarıİstanbul Gelişim ÜniversitesiGastronomi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT DOĞAN
- Sesamum indicum L. (Susam) x Papaver somniferum L. (haşhaş) arasındakı çapraz reaksiyonların western blott ile gösterilmesi
Determination of the cross reaction between Sesamum indicum L. and Papaver somniferum L.
DAMLA YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT ENİS ŞEKEREL
- Adana atmosferinden izole edilen küf mantarlarından alerjen üretimi
Production of skin test material from Adana atmospheric isolate molds
DENİZ TANRISEVER BİLTEKİN