Salmonella typhımurıum 1-deoksi-d-ksilüloz 5-fosfat redüktoizomerazın klonlanması ve analizi
Cloning and analysis of salmonella typhimurium 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
- Tez No: 1011672
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK BALIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyomühendislik, Biotechnology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kontamine gıda ve suyla bulaşan, geniş konak aralığına sahip zoonotik Gram negatif bir patojen olan Salmonella Typhimurium, dünya genelinde önemli morbidite ve mortalite nedenidir. S. Typhimurium enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılan antimikrobiyallere karşı artan direnç tedavinin ana sorunu olup halk sağlığı için ciddi tehdit oluşturmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü artan antibiyotik direncinin önemini vurgulamak için 2025'te yeni antibiyotik geliştirilmesi gereken öncelikli patojenlerin listesini yayınlamış olup, Salmonella bu listede yüksek öncelikli patojen olarak kategorize edilmiştir. Tüm organizmalar için hücresel solunum, hücre duvarı biyosentezi ve protein biyosentezi gibi birçok hayati öneme sahip olan izoprenoidler, izopentenil difosfat ve dimetilalil difosfat öncüllerinden sentezlenmekte olup, bu öncüllerin sentezi Salmonella dahil birçok patojende metileritrol-4 fosfat yolağında gerçekleştirilmektedir. Ökaryotlarda bulunmayan bu yolakta görev alan 1-deoksi-D-ksilüloz-5-fosfat redüktoizomeraz (DXR), yolaktaki metabolik akışı yönlendirmesiyle potansiyel ilaç hedefi olarak önem taşımaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, S. Typhimurium kaynaklı enfeksiyonlarının baskılanması için in vitro ve in silico çalışmalar yürütülmüştür. İleri inhibisyon deneylerinde kullanılmak üzere, StDXR aLICator Ligasyon Bağımsız Klonlama ve İfade Vektör Sistemine klonlanlanarak rekombinant olarak üretilip yüksek saflıkta elde edilmiş ve enzim aktivitesi değerlendirilmiştir. S. Typhimurium'a karşı potansiyel öncü antimikrobiyal moleküllerin geliştirilmesi için ileri in silico analizlerde kullanılmak üzere StDXR için homoloji modelleri SWISS-MODEL kullanılarak tasarlanmış ve PRANK2 ile potansiyel bağlanma cepleri belirlenmiştir. Yapılan çalışma sonucunda literatürde, StDXR ilk kez aLICator sistemiyle rekombinant olarak elde edilmiş ve ileri in silico analizlerde kullanılmak üzere homoloji modellemesi yapılmıştır. Bu sonuçlar, S. Typhimurium enfeksiyonlarına karşı yeni inhibitör adaylarının geliştirilmesine katkıda bulunmakta ve antibakteriyel ilaç geliştirme çalışmaları için bir ön çalışma niteliğine sahiptir.
Özet (Çeviri)
Salmonella enterica serovar Typhimurium is a zoonotic Gram-negative pathogen transmitted through contaminated food and water, with a broad host range, and represents a significant cause of morbidity and mortality worldwide. The increasing resistance to antimicrobials used in the treatment of S. Typhimurium infections constitutes a major therapeutic problem and poses a critical challenge to public health. To emphasize the global threat of antimicrobial resistance, the World Health Organization published a priority pathogen list in 2025, in which Salmonella spp. are categorized as high-priority pathogens requiring the urgent development of new antibiotics. Isoprenoids, which play essential roles in cellular respiration, cell wall biosynthesis, and protein synthesis, are synthesized from the universal precursors isopentenyl diphosphate and dimethylallyl diphosphate. In many pathogenic bacteria, including Salmonella, these precursors are produced via the methylerythritol-4-phosphate (MEP) pathway, which is absent in eukaryotic organisms. 1-Deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase (DXR), a key enzyme of the MEP pathway that regulates metabolic flux, therefore represents an attractive target for antibacterial drug development. In this thesis, both in vitro and in silico approaches were employed to investigate DXR from S. Typhimurium (StDXR). The StDXR enzyme was recombinantly produced for the first time using the aLICator ligation-independent cloning and expression system, purified to high homogeneity, and its enzymatic activity was determined by enzyme activity assays. In addition, homology models of StDXR were constructed using SWISS-MODEL, and potential ligand-binding pockets were identified using the PrankWeb server for future structure-based inhibitor design studies. Overall, the successful recombinant production and in silico characterization of StDXR provide a foundation for the identification of novel inhibitor candidates and represent a preliminary step toward the development of new antibacterial agents against S. Typhimurium infections.
Benzer Tezler
- Bir intrasellüler mikroorganizmanın, fare peritoneal makrofajlarında oluşturduğu nitrik oksid ve“Respiratory burst”(Solunum Patlaması) yanıtların değerlendirilmesi
Determination of nitric oxide and respiratory burst responses of mice peritoneal macrophages after an intracellular pathogen infection
A. HÜSEYİN BASKIN
Doktora
Türkçe
1995
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEDİM ÇAKIR
- Bazı yeni sinnamik asit türevi 1,3,4-tiyadiazol bileşiklerinin sentezi, karakterizasyonu ve antimikrobiyal aktivitelerinin belirlenmesi
Synthesis and characterization of some new 1,3,4-thiadiazole compounds derived from cinnamic acid and determination of antimicrobial activity
MAESM AHMED MOHAMED BEN HSIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiKastamonu ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALİT MUĞLU
- Salmonella typhimurium'da tip 1 fimbriyanın biyofilm oluşumu üzerine etkisi
Effect of type 1 fimbriae on biofilm formation in Salmonella typhimurium
TUBA NUR SÜRKAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Salmonella typhimurium ve salmonella enteritidis suşlarının bazı biyolojik özellikleri üzerine bir çalışma
A study on some biological features of salmonella typhimurium and salmonella enteritidis strains
SEMA TİRYAKİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MİNE ANĞ KÜÇÜKER
- Koruyucu kültür ve laktik asit uygulamalarının tavuk etlerinde raf ömrü ve salmonella typhimurium gelişimi ve önemli bazı mikroorganizmaların inhibisyonu üzerine etkileri
Effects of protective cultures and lactic acid treatments on shelf life and salmonella typhimurium growth and on inhibition of some potential microorganisms in poultry meat
BÜLENT ÇETİN
Doktora
Türkçe
2006
Gıda MühendisliğiAtatürk ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELAHATTİN SERT