Investigation of ATG9B functions by genetically engineered mouse models
ATG9B işlevlerinin genetiği değiştirilmiş fare modelleri kullanılarak araştırılması
- Tez No: 1016111
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHAMMED KASIM DİRİL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, nadir bir nörogelişimsel hastalıkla ilişkilendirilen ve evrimsel olarak düşük seviyede ifade edilen bir ATG9 paraloğu olan ATG9B'nin stressiz bazal koşullar altındaki temel in vivo fizyolojik rollerini incelemeyi amaçlamaktadır. Bu doğrultuda, CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılarak global Atg9b nakavt (KO) ve 3xFLAG etiketli knock-in olmak üzere iki yeni fare modeli üretilmiştir. Yetişkin ve embriyonik dokularda yaşayabilirlik, doğurganlık, biyokimyasal parametreler (serum ALT), doku mimarisi (H&E boyaması), transkript seviyeleri ve protein ekspresyon profilleri kapsamlı bir şekilde değerlendirilmiştir. Atg9b KO fareleri normal Mendel ayrılımı, sağlıklı postnatal gelişim ve yetişkin organ homeostazı sergilemiş; herhangi bir spontan doku hasarı veya yüksek ALT seviyesi gözlenmemiştir. Hedeflenen genetik delesyon, saptanabilir mutant transkriptin kaybıyla sonuçlandı ve böylece kırpılmış bir proteinin potansiyel birikimini engelledi. Bu gözleme dayanarak, mutant mRNA'nın hücresel kalite kontrol mekanizmaları, muhtemelen anlamsız mutasyon aracılı yıkım (NMD) yoluyla temizlenmiş olabileceği düşünülmüştür. Ayrıca, endojen ATG9B proteini sıkı evrimsel baskılanması nedeniyle bazal koşullar altında tespit edilemez düzeyde kalmıştır. Sonuç olarak, Atg9b normal koşullar altında farelerin bazal hayatta kalması ve gelişimi için zorunlu değildir. Kurulan bu genetik modeller, ATG9B'nin stres veya hastalık durumlarındaki spesifik rollerini araştıracak gelecekteki çalışmalar için net bir temel oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aims to investigate the fundamental in vivo physiological roles of ATG9B, an evolutionary low-abundance ATG9 paralog linked to a rare neurodevelopmental disease, under unstressed baseline conditions. To achieve this, two novel mouse models, a global Atg9b knockout (KO) and a 3xFLAG-tagged knock in line, were generated using CRISPR/Cas9 technology. Viability and fertility, biochemical parameters (serum ALT), tissue architecture (H&E staining), transcript levels, and protein expression profiles were comprehensively evaluated across adult and embryonic tissues. Atg9b KO mice exhibited normal Mendelian segregation, healthy postnatal development, and adult organ homeostasis without any spontaneous tissue damage or elevated ALT levels. The targeted genetic deletion resulted in the loss of the detectable mutant transcript, thereby preventing the potential accumulation of a truncated protein. Based on this observation, it was considered that the mutant mRNA might be cleared via cellular quality control mechanisms, possibly nonsense-mediated decay (NMD). Furthermore, endogenous ATG9B protein remained undetectable under basal conditions due to its strict evolutionary suppression. In conclusion, Atg9b is not essential for the baseline survival and development of mice under normal conditions. These established genetic models provide a clear foundation for future studies to investigate the specific roles of ATG9B during stress or disease.
Benzer Tezler
- Functional validation of candidate genes associated with inherited neurodevelopmental diseases
Nörogelişimsel hastalıklarla ilişkilendirilen aday genlerin işlevsel validasyonu
SEVAL KILIÇ
Doktora
İngilizce
2023
Moleküler TıpDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED KASIM DİRİL
- Meme kanseri hücrelerinin kanserojenik özellik kazanmasında ATG4 ve ULK1 genlerinin rollerinin araştırılması
Investigation of ATG4 and ULK1 genes roles in breast cancer cells in the cancerogenic characterization
ESRA HIZAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Tıbbi BiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZÜHAL HAMURCU
- Mir-96 ifadesinin otofaji üzerinde etkisinin meme kanseri hücre hatlarında araştırılması
Investigation of the effect of mir-96 expression on autophagy in breast cancer cell lines
SEVİL KIRKBEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
- Let-7C ifadesinin çeşitli meme kanser hücre hatlarında otofaji ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the effect of LET-7C expression on autophagy in breast cancer cell lines
SEÇİL DEMİRAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
- Investigation of production and service parameters of proximal femoral prosthesis
Başlık çevirisi yok
HACER AYGÜN