Klinik kökenli escherichia coli izolatlarında antibiyotik direnç genlerinin taranması ve bazı fitobileşiklerin bu izolatlara karşı in vitro etkinliklerinin analizi
Screening of antibiotic resistance genes in clinically derived escherichia coli isolates and analysis of the in vitro efficacy of certain phytocompounds against these isolates
- Tez No: 1017503
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMRAH SARIYER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal aktivite, Aromatik bitkiler, Bakteriler, Bitki-ilaç etkileşimi, İlaçlara direnç-çoklu, Antimicrobial activity, Aromatic plants, Bacteria, Herb-drug interactions, Drug resistance-multiple
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Artvin Çoruh Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli suşlarında antibiyotik direnç genlerinin varlığının moleküler yöntemlerle araştırılması ve seçilmiş bazı fitobileşiklerin bu izolatlara karşı in vitro antibakteriyel etkinliklerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Günümüzde E. coli, hem toplum hem de hastane kaynaklı enfeksiyonların en yaygın etkenlerinden biri olup, çoklu antibiyotik direnci geliştirme kapasitesi nedeniyle önemli bir halk sağlığı sorunu oluşturmaktadır. Özellikle genişletilmiş spektrumlu β-laktamaz (ESBL), karbapenemaz, aminoglikozid ve kinolon direnç genlerinin yaygınlaşması, mevcut tedavi seçeneklerini ciddi biçimde kısıtlamaktadır. Çalışma kapsamında klinik kökenli E. coli izolatları temin edilmiş ve antibiyotik duyarlılık profilleri CLSI ve EUCAST standartlarına göre belirlenmiştir. İzolatlardan elde edilen total DNA'lar kullanılarak sınıf 1 integron blaVIM, blaOXA-23, blaCMY2, qnr, aac(6')-Ib, fosA, fosA3, ve fosC2 gibi direnç genlerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle analiz edilmiştir. Bu çalışmada Bayburt Devlet Hastanesi'nden izole edilen 28 Escherichia coli suşunda antibiyotik direnç genlerinin varlığı araştırılmış ve PZR sonuçlarına göre araştırılan genler arasından yalnızca Aac-6-Ib geni pozitifliği saptanmıştır. Aminoglikozid modifiye edici enzimlerden biri olan Aac-6-Ib, özellikle gentamisin, amikasin ve tobramisin gibi antibiyotiklere direnç geliştirmekte kritik öneme sahiptir. Çalışmanın ikinci aşamasında, bitki kökenli bazı fitobileşiklerin (resveratrol, linalool ve vanillik asit) antibakteriyel etkinlikleri incelenmiştir. Bu bileşiklerin minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlenmiş, ayrıca antibiyotik fitobileşik kombinasyonlarının in vitro etkinliği değerlendirilmiştir. Sonuçlar, test edilen fitobileşiklerin E. coli izolatları üzerinde farklı düzeylerde antibakteriyel etki gösterdiğini ve bazı kombinasyonlarda antibiyotik etkinliğini artırıcı potansiyel taşıdığını ortaya koymuştur. Elde edilen veriler, antibiyotik direnciyle mücadelede fitobileşiklerin destekleyici veya alternatif ajanlar olarak değerlendirilebileceğini düşündürmektedir. Bu çalışma, klinik kökenli E. coli izolatlarında direnç genlerinin yaygınlığını ortaya koymasının yanı sıra, doğal kaynaklı bileşiklerin antimikrobiyal potansiyeline dikkat çekmesi açısından önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to investigate the presence of antibiotic resistance genes in Escherichia coli strains isolated from clinical samples using molecular methods and to evaluate the in vitro antibacterial activities of selected phytochemical compounds against these isolates. Escherichia coli is one of the most common causative agents of both community and hospital acquired infections and represents a significant public health problem due to its ability to develop multidrug resistance. In particular, the increasing prevalence of extended-spectrum β-lactamase (ESBL), carbapenemase, aminoglycoside, and quinolone resistance genes has severely limited current treatment options. Within the scope of the study, clinical E. coli isolates were obtained and their antibiotic susceptibility profiles were determined according to CLSI and EUCAST standards. Total DNA was extracted from the isolates, and the presence of class 1 integrons, blaVIM, blaOXA-23, blaCMY2, qnr, aac(6')-Ib, as well as fosA, fosA3, and fosC2 resistance genes was analyzed by polymerase chain reaction (PCR). In this study, the presence of antibiotic resistance genes was investigated in 28 Escherichia coli strains isolated from Bayburt State Hospital, and according to PCR results, only the Aac-6-Ib gene was found to be positive among the genes investigated. Aac-6-Ib, one of the aminoglycoside modifying enzymes, is critically important in developing resistance to antibiotics such as gentamicin, amikacin, and tobramycin. In the second phase of the study, the antibacterial activities of selected plant-derived phytochemicals (resveratrol, linalool, and vanillic acid) were evaluated. The minimum inhibitory concentrations (MICs) of these compounds were determined using the broth microdilution method, and the in vitro effectiveness of antibiotic phytochemical combinations was also assessed. The results demonstrated that the tested phytochemicals exhibited varying degrees of antibacterial activity against E. coli isolates and, in some combinations, enhanced the effectiveness of conventional antibiotics. Overall, the findings suggest that phytochemical compounds may serve as supportive or alternative agents in combating antibiotic resistant E. coli. This study is important in terms of revealing the distribution of resistance genes in clinical E. coli isolates and highlighting the antimicrobial potential of natural plant-derived compounds.
Benzer Tezler
- Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten nozokomiyal Escherichia coli izolatlarında beta-laktamaz genleri ve klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of beta lactamases genes and clonal relatedness among the extended-spectrum beta lactamase producing-nosocomial Escherichia coli isolates
SÜNDÜZ GÖRGEÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİnönü ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM KUZUCU
- Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten ve üretmeyen ekstra intestinal patojenik escherichia coli suşlarında moleküler karakterizasyonu, fimh genotiplemesi ve filogenetik gruplaması
Molecular characterization, fimh genotyping and phylogenetic grouping of extend spectrum beta lactamase (ESBL) producing and non producing extra intestinal pathogenic escherichia coli (expec)
AEVAR ASHRAF KHORSHED KHORSHED
- Yabani kuşlardan izole edilen esherichia coli izolatlarının antibiyotik direnç patternlerinin ve genotiplerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance patterns and genotypes of escherichia coli isolates isolated from wild birds
NEJASH ABDELA AHMED
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TİMUR GÜLHAN
- Klinik enterobacteriaceae izolatlarında fosfomisin direncinin moleküler epidemiyolojisi ve biyolojik özelliklere etkisi
Molecular epidemiology of fosfomycin resistance and effect on biological properties in clinical enterobacteriaceae isolates
MUSTAFA ÖKEER
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAYRI ERAÇ
- Eğitim ve araştırma hastanemizde son beş yıllık süreçte idrar kültürlerinin değerlendirilmesi ve direnç durumunun izlemi
Evaluation of urine cultures and monitoring of antimicrobial resistance over the last five years in our training and research hospital
SHAYMAA JASIM SHAKOR ALOBAIDI
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN USLU