Geri Dön

İnsan Uyarılmış Plüripotent Kök Hücrelerinde Kalite Kontrol Testlerinden Biri Olan Tüm Genom Dizileme Yöntemi ile Genom Bütünlüğünün Değerlendirilmesi

Evaluation of Genomic Integrity in Human Induced Pluripotent Stem Cells by Whole-Genom Sequencing As a Quality Control Test

  1. Tez No: 1021856
  2. Yazar: GÖKÇE ÇAKMAK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FAHRİYE DUYGU ÇETİNKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Genetik, Medical Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: İnsan uyarılmış pluripotent kök hücre, iPSC, tüm genom dizileme, genom bütünlüğü, kopya sayısı varyasyonu, tek nükleotit varyantı, yapısal varyant, Genetik varyasyon, Karşılaştırmalı genomik, Kök hücreler, Human induced pluripotent stem cell, iPSC, whole-genome sequencing, genomic integrity, copy number variation, single nucleotide variant, structural variant, Genetic variation, Comparative genomics, Stem cells
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Kök Hücre Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Çakmak, G. İnsan Uyarılmış Pluripotent Kök Hücrelerinde Kalite Kontrol Testlerinden Biri Olan Tüm Genom Dizileme Yöntemi ile Genom Bütünlüğünün Değerlendirilmesi. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Kök Hücre Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2026. İnsan uyarılmış pluripotent kök hücreleri (iPSC), sınırsız çoğalma ve farklı hücre tiplerine farklılaşabilme özellikleri nedeniyle hastalık modelleme, ilaç geliştirme, rejeneratif tıp ve hücresel tedavi uygulamalarında önemli bir potansiyele sahiptir. Ancak yeniden programlama ve hücre kültürü süreçleri genomik değişikliklere yol açabilmektedir. Bu çalışmada, farklı kaynak hücrelerden elde edilen iPSC klonlarının genom bütünlüğü tüm genom dizileme yöntemiyle değerlendirilmiştir. Kaynak hücreler ve bunlardan türetilen iPSC klonlarına ait tüm genom dizileme verileri kalite kontrol ve biyoinformatik analizlerden geçirilmiştir. Genomik değişiklikler CNV, SNV ve SV düzeyinde incelenmiş; CNV analizlerinde CNVkit, SV analizlerinde Delly2 kullanılmıştır. Yeniden programlama sürecinin etkisinin değerlendirilmesi amacıyla kaynak hücreler ile erken pasaj iPSC klonları karşılaştırılarak genomik değişiklikler değerlendirilmiştir. Analizlerde iPSC klonlarında yüksek riskli genomik instabilite saptanmamıştır. Bazı CNV'lerin kaynak hücrelerden korunarak geldiği bazılarının ise klona özgü olduğu belirlenmiş; SNV analizlerinde yaygın patojenik varyant birikimi gözlenmemiş, SV analizlerinde delesyon, duplikasyon, inversiyon ve kırılma noktası ilişkili varyantlar tanımlanmıştır. Bulgular, erken pasaj iPSC klonlarında belirgin yüksek riskli genomik instabilite bulunmadığını, ancak klona özgü değişikliklerin kalite kontrol süreçlerinde dikkate alınması gerektiğini göstermiştir. Ek olarak, kaynak hücrelere kıyasla özellikle ekstraselüler matriks genlerinde saptanan klona özgü değişimlerin, yeniden programlama mekanizmalarını yansıttığı değerlendirilmiştir. Bu durum, genom dizileme yöntemlerinin yalnızca bir kalite değerlendirme aracı olmadığını, aynı zamanda mekanistik süreçlerin aydınlatılmasındaki önemini de ortaya koymaktadır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT Çakmak, G. Evaluation of Genomic Integrity by Whole-Genome Sequencing as One of the Quality Control Tests in Human Induced Pluripotent Stem Cells. Hacettepe University Graduate School of Health Sciences, Department of Stem Cell Sciences, Master's Thesis, Ankara, 2026. Human induced pluripotent stem cells (iPSCs) hold significant potential for disease modeling, drug discovery, regenerative medicine, and cellular therapy applications due to their capacity for unlimited self-renewal and differentiation into diverse cell types. However, reprogramming and cell culture processes can induce genomic alterations. In this study, the genomic integrity of iPSC clones derived from different donor cell sources was evaluated using whole-genome sequencing (WGS). Whole-genome sequencing data from donor cells and their derived iPSC clones were subjected to quality control and bioinformatics analysis. Genomic alterations were analyzed at the CNV, SNV, and SV levels, utilizing CNVkit for CNV analysis and Delly2 for SV analysis. To assess the impact of the reprogramming process, genomic changes were evaluated by comparing donor cells with early-passage iPSC clones.Analyses revealed no high-risk genomic instability in the iPSC clones. While certain CNVs were found to be inherited from donor cells, others were identified as clone-specific. SNV analysis showed no widespread accumulation of pathogenic variants, whereas SV analysis identified deletions, duplications, inversions, and breakpoint-associated variants. The findings demonstrated that early-passage iPSC clones lack marked high-risk genomic instability; however, clone-specific alterations must be carefully considered during quality control processes. Furthermore, clone-specific changes detected particularly in extracellular matrix-related genes compared to donor cells were evaluated as reflecting reprogramming mechanisms. This underscores that genome sequencing is not merely a quality assessment tool, but also holds significant value in elucidating underlying mechanistic processes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    631958

    Uyarılmış pluripotent kök hücrelerin araştırma amaçlı bankalanmasında standardizasyon ve kalite süreci - bir uygulama modeli:“pedi-stem”

    Standardization and quality process in research grade banking of induced pluripotent stem cells - an application model:“pedi-stem”

    SEMA AYGAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FAHRİYE DUYGU ÇETİNKAYA

  2. Tez No

    575418

    KCNQ1 geni CRISPR/CAS9 sistemi ile düzenlenmiş insan uyarılmış pluripotent kök hücre kaynaklı kardiyomiyositlerin karakterizasyonu

    Characterization of crispr/CAS9 edited kcnq1 gene variants in human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes

    TUĞCE TORUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Tıbbi Biyolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA ÇAĞAVİ

  3. Tez No

    836731

    Investigating genetic and epigenetic regulators of human naive pluripotent stem cells

    İnsan naif pluripotent kök hücrelerinin genetik ve epigenetik düzenleyicilerinin araştırılması

    NİLYA KARASÜRMELİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Tıbbi BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER

  4. Tez No

    418841

    Generation of a CRISPR/Cas based genome editing system for MEFV gene in familial mediterranean fever-specific induced pluripotent stem cells

    Ailesel Akdeniz ateşine özgü uyarılmış pluripotent kök hücrelerdeki MEFV geni için CRISPR/Cas temelli genom yazılım sisteminin oluşturulması

    GÜLNİHAL KAVAKLIOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    GenetikKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. TEVFİK TAMER ÖNDER

  5. Tez No

    511519

    Uzun QT sendromlu transgenik ve vahşi tip farelerden pluripotent kök hücre üretilmesi ve kardiyomiyosite farklılaştırılarak hastalık fenotipinin incelenmesi

    Generation of induced pluripotent stem cell derived cardi̇omyocytes from long QT-syndrome mouse model for disease modeling

    GÖKÇE İLAYDA GÖRGÜLÜ SÖZTEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Tıbbi Biyolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA ÇAĞAVİ

Geri Dön