Geri Dön

Akış sitometrisi yöntemi ile Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeruginosa'nın antimikrobiyal duyarlılığının hızlı tespiti

Rapid detection of antimicrobial susceptibility of Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa by flow cytometry

PDF İndir

  1. Tez No: 1023567
  2. Yazar: AHMET YILMAZER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. IRMAK BARAN, UZMAN EDA AKÇAY
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Microbiology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Akış sitometrisi, Bakteri sayımı, Meropenem, Minimum inhibitör konsantrasyon, Bacterial count, Flow cytometry, Meropenem, Minimum inhibitory concentration
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Çalışmamızda, akış sitometrisinde erken saatlerde bakteri hücre sayılarının ölçülmesiyle antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarını doğru tespit edebilen, pratik ve düşük maliyetli bir yöntem geliştirmesi hedeflendi. Bu sayede ampirik antibiyotik tedavilerinin erken sürede doğru yönlendirilmesi, antibiyotik direncinin önüne geçilmesi ve hastaların prognozuna olumlu katkı sağlanabileceği düşünüldü. Gereç-Yöntem: Çalışmaya 25 adet Klebsiella pneumoniae ve 24 adet Pseudomonas aeruginosa izolatı dahil edildi. İzolatların önce referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon ile meropenem minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) belirlendi. Sonra her bir izolat akış sitometrisinde ayrı ayrı çalışıldı. Akış sitometri çalışmasında, içerisinde 2 mL katyon ayarlı Müller Hinton Broth bulunan 16*100 mm boyutlarındaki tüplerden oluşturulmuş setler kullanıldı. Her bir set; ilk 9 tüp ardışık (iki kat) konsantrasyonlarda meropenem içerecek şekilde hazırlandı. 10. tüp antibiyotik içermeyen pozitif kontrol tüpü (PC) olarak tasarlandı. Hazırlanan setler 35°C'de etüvde inkübe edilmeye başlandı. K.pneumoniae izolatları için 90-150-240. dakikalarda, P.aeruginosa izolatları içinse 120-240-360. dakikalarda Sysmex UF‐4000 (Sysmex, Kobe, Japonya) cihazında UF modda bakteri hücre sayımı yapıldı ve sonuçlar kaydedildi. Yapılan ölçümler sonucu elde edilen veriler farklı yöntemlerle analiz edilerek izolatların meropenem MİK'leri öngörülmeye çalışıldı. Pozitif kontrole göre düşüş analizinde; her bir setteki PC tüpünün içerdiği bakteri sayısı %100 kabul edilerek, setteki diğer tüplerdeki ölçümler PC tüpündeki ölçüme oranlandı. Her bir ölçüm zamanında bütün izolatların MİK tahminini isabetli öngören ortak bir“x miktarı”düşüşün varlığı araştırıldı. Ardışık tüpler arasındaki keskin düşüş analizinde; setteki birbirine komşu olan tüplerin bakteri sayıları arasında en fazla farkın hangi iki komşu tüp arasında olduğu araştırıldı. Zamana bağlı yatay analiz; farklı setlerdeki aynı meropenem konsantrasyonu içeren tüplerin ölçümlerinde, bakteri sayısının artışı veya azalışına göre yapılan değerlendirmedir. Bakteri sayısının ardışık ölçümlerde artış göstermesi dirençli karakter, azalış göstermesi ise duyarlı karakter olarak yorumlandı. Son olarak 8-4-2 µg/mL meropenem konsantrasyonu içeren tüplerin, bulundukları setteki PC değerlerine olan oranları hesaplandı. Hangi oranın cut-off olarak kullanılabileceğinin tespiti için ROC analizleri yapıldı. Bulgular: Pozitif kontrole göre yüzdesel düşüş analizinde K. pneumoniae izolatlarında temel ve kategorik uyum oranı %88, Küçük hata %8, çok büyük hata %17 saptandı. P. aeruginosa izolatlarında temel ve kategorik uyum oranı %92, küçük hata oranı %8 saptandı. Ardışık tüpler arasındaki keskin düşüş analizinde K. pneumoniae izolatlarında temel uyum oranı %92, kategorik uyum %84, küçük hata %12, çok büyük hata %17 olarak tespit edildi. P. aeruginosa izolatlarında temel uyum %92 , kategorik uyum %88, küçük hata %12 bulundu. Zamana bağlı yatay analizde K. pneumoniae izolatlarında temel uyum %83, kategorik uyum %84, küçük hata %16 saptandı. P. aeruginosa izolatlarında temel ve kategorik uyum %96, küçük hata %4 saptandı. ROC analizi sonucu belirlenen iki basamaklı algoritmalarda; K. pneumoniae izolatlarında kategorik uyum %88 , küçük hata %12; P. aeruginosa izolatlarında kategorik uyum %96, küçük hata %4 saptandı. Sonuç: Bakteri hücre sayımı ile antimikrobiyal duyarlılık tespitinde farklı antibiyotiklerle büyük örneklemler üzerinde yapılacak çalışmalar yöntemlerin standardizasyonuna katkı sağlayacaktır. Yöntemlerin başarılı olmasının yanında, klinik pratikte uygulanması kolay ve düşük maliyetli olarak tasarlanması; rutin kullanımını yaygınlaştıracaktır. Çalışmamızda elde edilen veriler, önerilen analiz yöntemlerinin antimikrobiyal duyarlılığı hızlı tespit edebilecek ümit verici alternatifler olduğunu göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Aim: The aim of our study was to develop a practical and low-cost method capable of accurately determining antimicrobial susceptibility results by measuring bacterial cell counts rapidly using flow cytometry. It was believed that this approach could help ensure the early and appropriate administration of empirical antibiotic therapy, prevent antibiotic resistance, and improve patient outcomes. Materials and Methods: The study included 25 Klebsiella pneumoniae and 24 Pseudomonas aeruginosa isolates. The minimum inhibitory concentrations (MICs) of meropenem for the isolates were first determined using the reference method, broth microdilution. Subsequently, each isolate was analyzed individually by flow cytometry. In the flow cytometry study, sets consisting of 16 × 100 mm tubes containing 2 mL of cation-adjusted Müller-Hinton Broth were used. Each set was prepared such that the first 9 tubes contained meropenem at sequential (two-fold) concentrations. The 10th tube was designed as a positive control (PC) tube without antibiotics. The prepared sets were incubated in an incubator at 35°C. Bacterial cell counts were performed at 90, 150, and 240 minutes for K. pneumoniae isolates and at 120, 240, and 360 minutes for P. aeruginosa isolates using the Sysmex UF-4000 (Sysmex, Kobe, Japan) instrument in UF mode, and the results were recorded. The data obtained from these measurements were analyzed using various methods to predict the meropenem MICs of the isolates. In the decline analysis relative to the positive control, the bacterial count in the PC tube of each set was accepted as 100%, and the measurements in the other tubes of the set were normalized relative to the measurement in the PC tube. The presence of a common“x amount”of decline that accurately predicted the MIC for all isolates at each measurement time point was investigated. In the analysis of sharp decreases between consecutive tubes, the study investigated which two adjacent tubes in a set exhibited the greatest difference in bacterial counts. The time-dependent horizontal analysis evaluated whether bacterial counts increased or decreased across measurements in tubes containing the same meropenem concentration but from different sets. An increase in bacterial count in consecutive measurements was interpreted as a resistant phenotype, while a decrease was interpreted as a susceptible phenotype. Finally, the ratios of tubes containing meropenem concentrations of 8, 4, and 2 µg/mL to the PC values in their respective sets were calculated. ROC analyses were performed to determine which ratio could be used as a cut-off. Results: In the percentage decrease analysis relative to the positive control, the essential and categorical agreement rates for K. pneumoniae isolates were 88%, with a minor discrepancy of 8% and a major discrepancy of 17%. For P. aeruginosa isolates, the essential and categorical agreement rates were 92%, with a minor discrepancy of 8%. In the sharp drop analysis between consecutive tubes, the essential agreement rate for K. pneumoniae isolates was 92%, the categorical agreement rate was 84%, the minor discrepancy was 12%, and the major discrepancy was 17%. For P. aeruginosa isolates, the essential agreement rate was 92%, the categorical agreement rate was 88%, and the minor discrepancy was 12%. In the time-dependent horizontal analysis, the essential agreement rate for K. pneumoniae isolates was 83%, the categorical agreement rate was 84%, and the minor discrepancy was 16%. For P. aeruginosa isolates, the essential and categorical agreement rates were 96%, and the minor discrepancy was 4%. In the two-step algorithms determined by ROC analysis, categorical agreement was 88% and minor discrepancy was 12% for K. pneumoniae isolates; for P. aeruginosa isolates, categorical agreement was 96% and minor discrepancy was 4%. Conclusion: Studies conducted on large samples using different antibiotics to determine antimicrobial susceptibility through bacterial cell counting will contribute to the standardization of these methods. In addition to their effectiveness, designing these methods to be easy to implement and low-cost in clinical practice will promote their widespread routine use. The data obtained in our study indicate that the proposed analytical methods are promising alternatives capable of rapidly determining antimicrobial susceptibility.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    242172

    Random bağış trombosit süspansiyonlarında bakteriyel kontaminasyonun akış sitometrisi ile gösterilmesi.

    Flow cytometric presentation of bacterial contamination in random donor platelet suspentions.

    HEDİYE SOLTEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    HematolojiAkdeniz Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İHSAN KARADOĞAN

  2. Tez No

    707641

    Gen düzenleme yöntemi ile kontrol edilebilir mezenkimal kök hücrelerin üretimi

    Generation of controllable mesenchymal stem cell by gene editing method

    FATMA ZEHRA ARMAĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Moleküler Tıpİstinye Üniversitesi

    Kök Hücre ve Doku Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYCA ZEYNEP İLTER

  3. Tez No

    473171

    Development of a unified analysis framework for multicolor flow cytometry data based on quasi-supervised learning

    Çok renkli akış sitometrisi verileri için yarıgüdümlü öğrenme temelli tümleşik bir analiz platformu geliştirilmesi

    BAŞAK ESİN KÖKTÜRK GÜZEL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BİLGE KARAÇALI

  4. Tez No

    540521

    Selection and validation of aptamers against osteosarcoma by cell-selex method

    Osteosarkoma karşı aptamerlerin hücre-selex yöntemi ile seçimi ve sınanması

    KHALIUNSARNAI TSOGTBAATAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Mühendislik BilimleriHacettepe Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EDA ÇELİK AKDUR

    DOÇ. DR. LIGIA RODRIGUES

  5. Tez No

    682869

    Seramidaz inhibitörü aracılı sitotoksisite ile olası sinyal yolakları bağlantısının kanser hücre dizilerinde incelenmesi

    Investigation of the connection of possible signal pathways with ceramidase inhibitor-mediated cytotoxicity in cancer cell arrays

    EMRE ÇÖMLEKÇİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyolojiEskişehir Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE MEHTAP KUTLU

Geri Dön