Gökkuşağı alabağı glutatyon peroksidaz gen ailesinin genom çaplı karakterizasyonu
Genome-wide identification of the glutathione peroxidase gene family in rainbow trout
- Tez No: 1025785
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDULKADİR ÇİLTAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Biyoteknoloji, Agriculture, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu araştırmanın amacı, gökkuşağı alabalığında (Oncorhynchus mykiss) glutatyon peroksidaz (GPX) gen ailesinin genom çapında tanımlanması ve kapsamlı biyoinformatik analizlerinin gerçekleştirilmesidir. Yöntem: Oncorhynchus mykiss'te gpx gen ailesi genom çapında biyoinformatik yöntemlerle tanımlanmıştır. Aday genler BLASTP ve HMMER analizleri ile belirlenmiş ve domen analizleriyle doğrulanmıştır. Genlerin fiziko-kimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonları ve filogenetik ilişkileri analiz edilmiştir. Ayrıca gen yapısı, motifler ve kromozomal dağılım incelenmiş, seçilim baskısı Ka/Ks analizi ile değerlendirilmiştir. Ağır metal stresine yanıt ise in silico ekspresyon analizleri ile ortaya konmuştur. Bulgular: Genom çapında analiz, Oncorhynchus mykiss'te korunmuş fonksiyonel domenlere sahip birden fazla GPX geninin varlığını ortaya koymuştur. Filogenetik ve yapısal analizler evrimsel korunumu ve fonksiyonel çeşitlenmeyi göstermiştir. Gen çoğalma olaylarının gen ailesinin genişlemesine katkı sağladığı ve çoğu genin negatif seçilim altında olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, in silico ifade analizi bazı gpx genlerinin ağır metal stresine yanıt verdiğini göstermiştir. Sonuç: Bu çalışma, Oncorhynchus mykiss'te gpx gen ailesinin genom çapında kapsamlı bir karakterizasyonunu sunarak evrimsel korunumu ve olası fonksiyonel çeşitlenmesini ortaya koymaktadır. Bu sonuçlar, balıklarda gelecekteki fonksiyonel ve çevresel çalışmalar için değerli bir temel sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Purpose: The aim of this study was to perform a genome-wide identification and comprehensive bioinformatics characterization of the glutathione peroxidase (GPX) gene family in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Method: The gpx gene family in Oncorhynchus mykiss was identified genome-wide using bioinformatics approaches. Candidate genes were detected via BLASTP and HMMER and validated through domain analysis. Physicochemical properties, subcellular localization, and phylogenetic relationships were analyzed, along with gene structure, motifs, and chromosomal distribution. Selection pressure was assessed using Ka/Ks analysis, and responses to heavy metal stress were evaluated through in silico expression profiling. Findings: Genome-wide analysis identified several gpx genes in Oncorhynchus mykiss, all containing conserved functional domains. Phylogenetic and structural analyses indicated evolutionary conservation with signs of functional diversification. Gene duplication events contributed to family expansion, and most genes were under purifying selection. In silico expression analysis suggested that some gpx genes are responsive to heavy metal stress, highlighting their role in oxidative stress defense. Conclusion: This study provides a comprehensive genome-wide characterization of the gpx gene family in Oncorhynchus mykiss, highlighting their evolutionary conservation and potential functional diversification. These results offer a valuable foundation for future functional and environmental studies in fish.
Benzer Tezler
- Gökkuşağı alabalığında (Oncorhynchus mykiss) kromozom incelenmesi
Başlık çevirisi yok
ÖMER MURAT TÜFEK
- Gökkuşağı alabalığı'nda sindirim kanalının histolojik olarak incelenmesi
Histological study on digestive tract of the rainbow trout
SİBEL ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Su ÜrünleriFırat ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA SARIEYYÜPOĞLU
- Taze ve soğukta depolanan gökkuşağı alabalığının (Oncorhynchus mykiss) fiziksel ve kimyasal parametrelerinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
SÜHENDAN METİN MOL TOKAY
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. CANDAN VARLIK
- Soğuk depolamanın gökkuşağı alabalığının (Oncorhynchus mykiss, L. 1758) protein ve yağ özelliklerine etkisinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA YILDIZ
Doktora
Türkçe
1995
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN VARLIK
- Beymelek Lagününde ağ kafeslerde gökkuşağı alabalığının yetiştirme olanakları
Cge culture of rainbow trout in Beymelek lagoon
ÖZNUR YILDIZ